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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l62 | ||||||
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タイトル | C-type carbohydrate-recognition domain 4 of the mannose receptor complexed with L-fucose-(alpha 1-2)-D-galactose-(beta1-4)-D-glucose | ||||||
![]() | Macrophage mannose receptor 1 | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / GLYCOBIOLOGY / CARBOHYDRATE-BINDING PROTEIN / C-TYPE LECTIN / COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() cargo receptor activity / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / cellular response to interleukin-4 / receptor-mediated endocytosis / cellular response to type II interferon / transmembrane signaling receptor activity / Modulation by Mtb of host immune system / virus receptor activity / signaling receptor activity ...cargo receptor activity / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / cellular response to interleukin-4 / receptor-mediated endocytosis / cellular response to type II interferon / transmembrane signaling receptor activity / Modulation by Mtb of host immune system / virus receptor activity / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / endosome membrane / cell surface / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weis, W.I. / Feinberg, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of carbohydrate binding by the macrophage mannose receptor CD206. 著者: Feinberg, H. / Jegouzo, S.A.F. / Lasanajak, Y. / Smith, D.F. / Drickamer, K. / Weis, W.I. / Taylor, M.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7jubC ![]() 7jucC ![]() 7judC ![]() 7jueSC ![]() 7jufC ![]() 7jugC ![]() 7juhC ![]() 7l61C ![]() 7l63C ![]() 7l64C ![]() 7l65C ![]() 7l66C ![]() 7l67C ![]() 7l68C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15493.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Protein solution: 6mg/ml protein in 5mM CaCl2, 10mM Tris, pH 8.0, 25mM NaCl, and 15mM L-fucose-(alpha 1-2)-D-galactose-(beta1-4)-D-glucose. Reservoir solution:12.5% Peg 8K, 0.1M MES, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→35.74 Å / Num. obs: 18748 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 129934 / Scaling rejects: 551 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7JUE 解像度: 1.55→33.95 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 16.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 49.8 Å2 / Biso mean: 16.7063 Å2 / Biso min: 4.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→33.95 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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