PDB-7l5v: Crystal Structure of the Class D Beta-lactamase OXA-935 from Pseu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l5v

タイトル

Crystal Structure of the Class D Beta-lactamase OXA-935 from Pseudomonas aeruginosa, Monoclinic Crystal Form

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Class D Beta-lactamase / OXA-935

機能・相同性

Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Brunzelle, J.S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Characterization of OXA-935, a Novel OXA-10-Family beta-Lactamase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Pincus, N.B. / Rosas-Lemus, M. / Gatesy, S.W.M. / Bertucci, H.K. / Brunzelle, J.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L.A. / Lebrun-Corbin, M. / Satchell, K.J.F. / Ozer, E.A. / Hauser, A.R. / Bachta, K.E.R.

履歴

登録	2020年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l5v.cif.gz	243.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l5v.ent.gz	196.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l5v_validation.pdf.gz	427.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l5v_full_validation.pdf.gz	431.9 KB	表示
XML形式データ	7l5v_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	7l5v_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/7l5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/7l5v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l5rC 7n1mC 1e3uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wgv-d 1lqu-2 2x02-d 5mnu-d 1v84-d 3ov6-d 5mmy-d 5fq9-d 2x01-d 5xb6-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97990

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.074, 75.043, 82.746
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.930, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase / OXA-935 Beta-lactamase 分子量: 27723.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaOXA-935 / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Magic
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein: 6.0 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen - Classics II (G9): 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日 / 詳細: Be
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→30 Å / Num. obs: 126515 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 10.6 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.079 / R_sym value: 0.072 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 5121 / CC_1/2: 0.854 / CC star: 0.96 / R_pim(I) all: 0.247 / R_rim(I) all: 0.575 / R_sym value: 0.517 / Χ²: 1 / % possible all: 74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1E3U

1e3u

解像度: 1.3→23.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 1.461 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1699	6069	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1492	-	-	-
obs	0.1502	119981	91.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.15 Å² / B_iso mean: 15.778 Å² / B_iso min: 4.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	0 Å²	-1.17 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3→23.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3881	0	0	725	4606
B_iso mean	-	-	-	28.71	-
残基数	-	-	-	-	492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	4195
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	4012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.287	1.631	5698
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.327	1.58	9280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.825	5	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.736	23.632	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.189	15	768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.682	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	542
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.056	0.02	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.049	0.02	968
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.694	3	8207

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	390	-
R_work	0.232	7667	-
all	-	8057	-
obs	-	-	79.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2017	0.2396	0.5044	1.0738	-0.1887	0.7751	0.048	0.1302	-0.0278	-0.0835	-0.0136	0.0521	0.07	0.0426	-0.0344	0.0285	0.0079	0.0238	0.0245	-0.017	0.0791	2.044	-3.517	1.037
2	4.3439	-2.5759	2.3355	3.8349	-1.4374	4.0289	-0.2749	-0.0955	0.2114	0.3794	0.1469	-0.2518	-0.3864	-0.1057	0.1281	0.0859	0.0213	-0.0103	0.008	-0.001	0.0751	11.951	17.636	16.184
3	0.6963	-0.2232	0.44	1.0791	0.1476	0.875	-0.0277	0.1022	0.0676	-0.087	-0.0366	-0.0832	-0.0748	0.1115	0.0643	0.026	-0.0042	0.0343	0.0424	0.0248	0.0944	13.365	5.744	1.855
4	1.6146	-1.3036	2.1376	2.6692	-2.7418	4.0821	-0.0299	-0.1665	0.0442	0.0396	0.1325	0.2013	0.0324	-0.2837	-0.1026	0.0245	-0.0065	0.0258	0.0315	-0.0059	0.0881	1.367	1.198	10.662
5	1.7012	-1.1128	0.8058	2.2467	-1.0167	1.5249	0.003	-0.096	-0.0941	0.1204	0.0669	0.2206	0.0303	-0.1189	-0.0698	0.0224	-0.0096	0.0371	0.0178	-0.0076	0.0899	-2.32	-4.002	8.828
6	0.5656	-0.4627	0.1154	1.6263	0.5126	1.5619	-0.0863	-0.0583	0.0905	0.2645	-0.0243	-0.1015	-0.0178	0.0544	0.1106	0.0843	-0.0169	-0.0072	0.0207	-0.0085	0.0683	21.933	-1.502	39.316
7	1.5213	-0.1014	0.9241	1.47	-0.8539	2.2352	0.1092	-0.0603	-0.1137	-0.1354	-0.0383	-0.0089	0.2932	0.0653	-0.0709	0.1114	0.0101	0.0176	0.0113	0.0157	0.0652	20.076	-20.83	24.115
8	1.5121	-0.2918	1.2164	1.68	-1.0916	2.3357	0.1234	0.0677	-0.0397	0.061	-0.084	-0.1964	0.1749	0.2089	-0.0394	0.0773	0.0085	-0.0189	0.027	0.0038	0.0881	30.744	-10.393	35.732
9	0.8383	-0.3247	0.4331	1.0761	0.0061	1.4899	-0.042	0.0245	0.0621	0.1119	-0.0508	-0.0634	-0.0193	0.0159	0.0928	0.0365	-0.0054	0.0174	0.0028	0.006	0.0495	19.545	-4.329	27.556
10	1.4014	-0.8537	0.599	2.5459	-0.8794	2.2833	-0.0571	-0.1138	0.0019	0.1856	0.0207	0.2382	0.0072	-0.2008	0.0365	0.0842	-0.0118	0.025	0.0287	-0.0254	0.068	13.008	-1.377	38.489

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	21 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	84 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	109 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	193 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	217 - 266
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	20 - 83
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	84 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	134 - 172
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	173 - 216
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	217 - 265

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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