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- PDB-7l5r: Crystal Structure of the Oxacillin-hydrolyzing Class D Extended-s... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l5r | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Oxacillin-hydrolyzing Class D Extended-spectrum Beta-lactamase OXA-14 from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
![]() | (Beta-lactamase) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / class D beta-lactamase / OXA-14 | ||||||
Function / homology | ![]() penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Brunzelle, J.S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Functional and Structural Characterization of OXA-935, a Novel OXA-10-Family beta-Lactamase from Pseudomonas aeruginosa. Authors: Pincus, N.B. / Rosas-Lemus, M. / Gatesy, S.W.M. / Bertucci, H.K. / Brunzelle, J.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L.A. / Lebrun-Corbin, M. / Satchell, K.J.F. / Ozer, E.A. / Hauser, A.R. / Bachta, K.E.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 223 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 176.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7l5vC ![]() 7n1mC ![]() 1e3uS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27826.512 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The side chain of Lys-70 is N-carboxylated / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Protein | Mass: 27783.510 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: Protein: 8.0 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen, AmSO4 (F6): 0.1M Bicine pH 9.0, 2.4M Ammonium sulfate; Cryo: 2M Lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 13, 2020 / Details: Be |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→30 Å / Num. obs: 71761 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.06 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 27 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.68 Å / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3530 / CC1/2: 0.8 / CC star: 0.943 / Rpim(I) all: 0.365 / Rrim(I) all: 0.919 / Rsym value: 0.841 / Χ2: 1.001 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1E3U Resolution: 1.65→29.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.517 / SU ML: 0.058 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.72 Å2 / Biso mean: 25.851 Å2 / Biso min: 12.47 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→29.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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