PDB-7l5r: Crystal Structure of the Oxacillin-hydrolyzing Class D Extended-s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l5r

タイトル

Crystal Structure of the Oxacillin-hydrolyzing Class D Extended-spectrum Beta-lactamase OXA-14 from Pseudomonas aeruginosa

要素

(Beta-lactamase) x 2

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / class D beta-lactamase / OXA-14

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Brunzelle, J.S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Characterization of OXA-935, a Novel OXA-10-Family beta-Lactamase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Pincus, N.B. / Rosas-Lemus, M. / Gatesy, S.W.M. / Bertucci, H.K. / Brunzelle, J.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L.A. / Lebrun-Corbin, M. / Satchell, K.J.F. / Ozer, E.A. / Hauser, A.R. / Bachta, K.E.R.

履歴

登録	2020年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l5r.cif.gz	223 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l5r.ent.gz	176.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l5r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l5r_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l5r_full_validation.pdf.gz	468 KB	表示
XML形式データ	7l5r_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	7l5r_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/7l5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/7l5r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l5vC 7n1mC 1e3uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hpb-d 7l5t-d 1k4e-d 1k55-1 1k57-2 5o5w-d 6skr-d 2wki-d 5fq9-d 5drp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97990

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.813, 96.346, 125.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase / OXA-14 Beta-lactamase 分子量: 27826.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The side chain of Lys-70 is N-carboxylated / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: OXA-14, blaOXA / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Magic / 参照: UniProt: Q59648, beta-lactamase
#2: タンパク質	Beta-lactamase / OXA-14 Beta-lactamase 分子量: 27783.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: OXA-14, blaOXA / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Magic / 参照: UniProt: Q59648, beta-lactamase
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: Protein: 8.0 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen, AmSO4 (F6): 0.1M Bicine pH 9.0, 2.4M Ammonium sulfate; Cryo: 2M Lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月13日 / 詳細: Be
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 71761 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 21.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.066 / R_sym value: 0.06 / Χ²: 1.007 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3530 / CC_1/2: 0.8 / CC star: 0.943 / R_pim(I) all: 0.365 / R_rim(I) all: 0.919 / R_sym value: 0.841 / Χ²: 1.001 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1E3U

1e3u

解像度: 1.65→29.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 3.517 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19	3543	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1636	-	-	-
obs	0.1648	68142	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.72 Å² / B_iso mean: 25.851 Å² / B_iso min: 12.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→29.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3811	0	128	505	4444
B_iso mean	-	-	54.39	36.45	-
残基数	-	-	-	-	483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4111
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3729
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.336	1.629	5582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.351	1.574	8712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.123	5	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.494	24.242	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.226	15	725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.855	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.057	0.02	4508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.053	0.02	813

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	237	-
R_work	0.245	4889	-
all	-	5126	-
obs	-	-	97.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7361	-0.5336	-2.1742	2.8578	0.4803	1.979	-0.1234	0.0367	-0.4928	-0.1709	-0.076	0.3739	0.176	-0.0891	0.1994	0.1364	-0.0591	-0.0188	0.1409	-0.0427	0.1028	-21.5902	-3.4884	-15.0693
2	0.5196	0.2002	0.5113	1.178	0.7373	2.2056	-0.0568	0.0828	-0.0466	-0.0653	0.0541	-0.0604	0.0571	0.0943	0.0026	0.0247	-0.0159	0.0212	0.0743	-0.0113	0.0313	-11.0592	6.2459	-5.484
3	5.5175	-3.6583	2.8426	3.8666	-2.0954	3.4516	-0.2685	-0.2868	0.0365	0.3433	0.2284	0.0121	-0.2316	-0.2502	0.0401	0.0362	0.0192	0.001	0.0965	0.0002	0.0017	-17.528	19.3746	15.0462
4	0.6479	0.1886	-0.171	0.5758	0.0478	1.2489	-0.0418	-0.0142	-0.0334	-0.049	0.0516	-0.0638	0.0233	0.0343	-0.0098	0.0106	-0.0072	0.0003	0.0706	0.0001	0.0254	-8.2177	11.129	1.5379
5	2.3663	-2.0708	1.1002	3.3113	-1.1527	2.0532	-0.0417	0.0014	-0.085	0.0012	0.0077	0.0681	0.1172	-0.1168	0.034	0.029	-0.0352	0.012	0.0639	-0.013	0.0162	-18.4483	3.9851	-4.3039
6	1.6795	-2.4447	0.6363	7.5941	-1.7242	1.2821	0.0015	-0.0445	-0.1633	0.0625	0.0589	0.3107	0.1023	-0.2242	-0.0604	0.0304	-0.0449	0.0101	0.0726	-0.0105	0.0365	-26.1358	0.7821	-4.2609
7	1.0371	0.4867	0.1861	2.7334	-0.2461	3.1097	0.0834	-0.1397	-0.0397	0.1787	-0.1179	0.1486	-0.0415	-0.4716	0.0345	0.0511	-0.0435	-0.0008	0.1901	0.0335	0.0333	-19.8231	-5.1468	36.3704
8	2.2967	0.182	0.678	2.8531	-0.6668	3.4981	-0.032	0.1911	-0.2941	-0.481	-0.1664	-0.3054	0.4793	0.3168	0.1985	0.1333	0.0657	0.0994	0.0656	0.0323	0.1475	-1.2203	-12.2657	13.8527
9	5.7483	-1.9491	1.8835	3.2377	-1.5015	4.6245	0.1467	0.2207	-0.6299	-0.4219	-0.016	0.0395	0.6859	0.1477	-0.1307	0.1558	0.0453	0.0621	0.057	0.0369	0.1741	-0.3212	-18.3172	19.6029
10	1.2855	0.1985	-0.6707	1.8746	-0.9479	3.0764	-0.0697	-0.0917	-0.2023	-0.002	-0.1651	-0.356	0.1917	0.2204	0.2348	0.0187	0.0014	-0.0051	0.0857	0.0752	0.1327	-2.5245	-8.3331	27.7784
11	0.6206	0.4487	0.015	1.962	-1.252	2.8508	0.002	-0.0008	-0.0982	-0.096	-0.032	0.003	0.232	-0.3663	0.03	0.0529	-0.0419	-0.0021	0.1597	0.0297	0.0569	-18.0609	-8.0973	25.589
12	1.6107	-1.2502	1.0173	10.0652	-2.1912	1.9565	0.057	-0.0447	-0.0532	-0.3667	0.1466	0.3535	0.2396	-0.4128	-0.2036	0.0367	-0.0635	-0.0278	0.1853	0.0438	0.03	-25.8148	-9.041	26.0412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	84 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	108 - 203
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	204 - 240
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	241 - 265
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	19 - 68
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	69 - 111
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	112 - 131
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	132 - 192
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	193 - 243
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	244 - 265

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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