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- PDB-7l5k: Crystal structure of the DiB-RM protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l5k
タイトルCrystal structure of the DiB-RM protein
要素Lipocalin family protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / lipocalin / beta barrel / fluorogen activating protein / designed protein
機能・相同性ISOPROPYL ALCOHOL / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Bozhanova, N.G. / Harp, J.M. / Meiler, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM099842 米国
引用ジャーナル: Plos Comput.Biol. / 年: 2021
タイトル: Computational redesign of a fluorogen activating protein with Rosetta.
著者: Bozhanova, N.G. / Harp, J.M. / Bender, B.J. / Gavrikov, A.S. / Gorbachev, D.A. / Baranov, M.S. / Mercado, C.B. / Zhang, X. / Lukyanov, K.A. / Mishin, A.S. / Meiler, J.
履歴
登録2020年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipocalin family protein
B: Lipocalin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,80522
ポリマ－40,3692
非ポリマー3,43620
水3,045169
1
A: Lipocalin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,80610
ポリマ－20,1851
非ポリマー1,6229
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipocalin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,99912
ポリマ－20,1851
非ポリマー1,81411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.256, 69.256, 80.156
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Lipocalin family protein / DiB-RM


分子量: 20184.699 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-177 / 変異: P22S, A36C, F53A, N76F, S89Y, E90V, L141N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: HGR07_10045, HGR07_25230 / プラスミド: pBad / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): XJb(DE3) Autolysis / 参照: UniProt: A0A768MZ64
#2: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 M ammonium sulfate, 2.5% 2-propanol, 5% w/v n-Dodecyl-b-D-maltoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月17日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→33.32 Å / Num. obs: 36055 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 35.517 Å2 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 148895
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.86-1.893.92690517760.2260.46998.7
5.04-33.334.115.3734517840.0280.05798.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.354
最高解像度最低解像度
Rotation33.33 Å2.25 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
MOLREP位相決定
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QWD

1qwd


解像度: 1.86→33.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2224 1763 4.9 %RANDOM
Rwork0.1803 ---
obs0.1823 34256 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.26 Å2 / Biso mean: 38.022 Å2 / Biso min: 24.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.14 Å20 Å2
2--0.28 Å2-0 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→33.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2528 0 138 169 2835
Biso mean--64.8 43.1 -
残基数----316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0172463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6381.6753684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3041.6435678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5235316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.03620.581155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05615398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0071524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0483.7921264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0483.7911263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8035.6731577
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 138 -
Rwork0.266 2453 -
all-2591 -
obs--99.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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