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- PDB-7l4h: Crystal structure of the DRM2-CTG DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l4h
タイトルCrystal structure of the DRM2-CTG DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*(C49)P*TP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA methyltransferase (DNAメチルトランスフェラーゼ) / complex / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-methyltransferase activity / DNAメチルトランスフェラーゼ / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / defense response to fungus / メチル化 / DNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
SAM-dependent methyltransferase DRM / SAM-dependent methyltransferase DRM-type domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / S-アデノシル-L-ホモシステイン / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Fang, J. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM119721 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Substrate deformation regulates DRM2-mediated DNA methylation in plants.
著者: Fang, J. / Leichter, S.M. / Jiang, J. / Biswal, M. / Lu, J. / Zhang, Z.M. / Ren, W. / Zhai, J. / Cui, Q. / Zhong, X. / Song, J.
履歴
登録2020年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2
B: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*(C49)P*TP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,55613
ポリマ－51,1683
非ポリマー1,38710
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.888, 230.379, 54.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM2 / Protein DOMAINS REARRANGED METHYLASE 2


分子量: 40077.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DRM2, At5g14620/At5g14630, T15N1.110/T15N1.120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9M548, DNAメチルトランスフェラーゼ

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*T)-3')


分子量: 5562.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*(C49)P*TP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*A)-3')


分子量: 5528.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

-
非ポリマー , 4種, 108分子

#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Potassium iodide,20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7.0.
PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→115.19 Å / Num. obs: 23715 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 50.78 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.188 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 103577
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.56-2.684.41.3731205127290.5920.7231.561.294.3
8.88-115.193.80.05923676240.9960.0360.0721.896.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ONJ

4onj


解像度: 2.56→115.19 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 1996 8.45 %
Rwork0.2086 --
obs0.2119 23629 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→115.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2816 733 55 98 3702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7025269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.795753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.169567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.630.40061240.36791366X-RAY DIFFRACTION88
2.63-2.70.35411420.35231523X-RAY DIFFRACTION99
2.7-2.780.40451410.32821528X-RAY DIFFRACTION99
2.78-2.870.41211430.3171568X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.970.34261430.31161530X-RAY DIFFRACTION99
2.97-3.090.37241400.2891523X-RAY DIFFRACTION99
3.09-3.230.28211430.25531544X-RAY DIFFRACTION98
3.23-3.40.25571450.21961563X-RAY DIFFRACTION99
3.4-3.610.2471430.22321554X-RAY DIFFRACTION99
3.61-3.890.23021450.1971570X-RAY DIFFRACTION99
3.89-4.280.21381400.1621523X-RAY DIFFRACTION97
4.28-4.90.17581460.15091587X-RAY DIFFRACTION99
4.9-6.170.19951470.16271594X-RAY DIFFRACTION98
6.18-115.190.2081540.16251660X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.26283.27914.08551.4481.11737.57840.96120.0485-0.67190.7089-0.19670.20210.75140.3547-0.87020.8270.0668-0.00070.28340.01530.503813.299620.3191-5.5354
21.5659-1.36220.11372.82210.16114.0318-0.13370.0893-0.20490.369-0.04410.17150.5638-0.26520.19630.5049-0.00640.00810.34020.04290.324112.782529.54496.1485
33.18780.2617-0.18792.24250.32512.30740.1414-0.399-0.28810.2597-0.1301-0.10780.1131-0.16060.03420.5170.0147-0.02930.36840.03460.35417.947528.10880.2003
41.8034-0.5301-0.79160.50540.07142.7328-0.04310.3036-0.1558-0.059-0.08740.03580.34850.07660.16130.54610.05860.02610.3873-0.00490.363919.199130.5717-19.7685
56.12681.5967-1.13523.56582.10934.3812-0.0361-0.2528-0.8689-0.2366-0.0864-0.49860.64170.94320.22730.63610.27850.00110.85210.13720.56339.5726.8019-27.6557
63.53280.4042-1.81630.0822-0.3692.01840.15990.6280.3464-0.1562-0.1569-0.0308-0.1687-0.3009-0.04140.61730.0348-0.00870.53570.06770.410925.00141.2943-20.1599
77.68013.1207-3.41071.7493-1.1662.47650.18380.2665-0.1051-0.0715-0.0762-0.0255-0.18750.0004-0.17530.45810.08850.01270.37650.00010.389518.441339.8453-8.761
88.73212.19140.95861.97731.07971.6417-0.02880.11850.3388-0.27490.1167-0.0358-0.0743-0.1751-0.09350.49620.0511-0.01360.30570.04360.27510.71147.7816-3.1329
98.7536-2.34123.57153.70060.48166.0665-0.2242-0.62130.46180.5350.02060.072-0.6787-0.16480.29680.604-0.0678-0.00280.3369-0.01580.36212.72452.46497.6333
107.0815-3.1167-0.89442.18260.71510.79980.2171-0.29050.0563-0.0121-0.1406-0.1661-0.09460.1954-0.08760.5217-0.003-0.04470.41920.05620.361426.291837.15723.5896
112.979-3.9457-2.60075.67232.28953.7476-0.4172-1.1867-0.27781.00350.38570.35470.2220.44970.20420.61350.0236-00.55910.05510.32914.860440.034313.8458
125.5259-0.6010.92823.87425.51588.39380.3541-0.22870.120.0602-0.043-0.46350.2107-0.058-0.33060.7383-0.04160.09760.48760.07970.5938.755452.6059-12.7489
135.2543-3.36574.5672.0205-7.74559.69611.27210.38940.0497-2.4604-1.58540.08080.61031.33830.34630.85020.2570.09330.60520.14660.862642.965433.3239-9.8561
142.7307-0.5305-2.10813.30813.24414.08250.2493-0.1572-2.0722-0.6349-1.0915-02.1323-0.47380.55841.06650.0795-0.03790.51630.02280.980931.988316.9177-3.3669
159.5574-3.999-5.82222.84913.36082.0034-0.32290.8346-2.232-1.1539-0.76923.8123-0.22840.29531.07531.60060.1427-0.29740.635-0.08832.107834.78682.5121-8.1923
165.2761-2.9032.17353.80931.3375.36290.4445-0.6304-0.1466-0.6592-0.30680.83133.09890.9442-0.11821.53630.1525-0.01720.75310.39591.744839.37377.7641-2.9509
173.7814.2922-1.10198.1286-5.38445.44410.239-0.1944-0.2842-0.0919-0.4873-0.5999-0.14460.44890.27660.40060.14920.12880.36290.01430.449838.493537.5748-9.9449
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 275 through 294 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 295 through 320 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 321 through 353 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 354 through 400 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 401 through 435 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 436 through 470 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 471 through 494 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 495 through 547 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 548 through 575 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 576 through 605 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 606 through 626 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 5 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 6 through 10 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 11 through 15 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 16 through 18 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 5 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 6 through 18 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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