+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l4m | ||||||
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Title | Crystal structure of the DRM2-CCT DNA complex | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA methyltransferase / complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / defense response to fungus / methylation / DNA binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.805 Å | ||||||
Authors | Fang, J. / Song, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2021 Title: Substrate deformation regulates DRM2-mediated DNA methylation in plants. Authors: Fang, J. / Leichter, S.M. / Jiang, J. / Biswal, M. / Lu, J. / Zhang, Z.M. / Ren, W. / Zhai, J. / Cui, Q. / Zhong, X. / Song, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7l4m.cif.gz | 371.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7l4m.ent.gz | 298.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7l4m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7l4m_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7l4m_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 7l4m_validation.xml.gz | 29.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7l4m_validation.cif.gz | 39.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/7l4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/7l4m | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7l4cC 7l4fC 7l4hC 7l4kC 7l4nC 4onjS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 40622.496 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: DRM2, At5g14620/At5g14630, T15N1.110/T15N1.120 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q9M548, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules CEDG
#2: DNA chain | Mass: 5702.729 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Arabidopsis thaliana (thale cress) #3: DNA chain | Mass: 5392.535 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Arabidopsis thaliana (thale cress) |
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-Non-polymers , 3 types, 15 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-DT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M Sodium formate pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350. PH range: 6.5-7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 0.9774 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 15, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 30526 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 67.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.638 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 108188 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ONJ Resolution: 2.805→47.056 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 330.86 Å2 / Biso mean: 105.8656 Å2 / Biso min: 32.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.805→47.056 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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