+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l4k | ||||||
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Title | Crystal structure of the DRM2-CCG DNA complex | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA methyltransferase / complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / defense response to fungus / methylation / DNA binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.61 Å | ||||||
Authors | Fang, J. / Song, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2021 Title: Substrate deformation regulates DRM2-mediated DNA methylation in plants. Authors: Fang, J. / Leichter, S.M. / Jiang, J. / Biswal, M. / Lu, J. / Zhang, Z.M. / Ren, W. / Zhai, J. / Cui, Q. / Zhong, X. / Song, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7l4k.cif.gz | 201.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7l4k.ent.gz | 154.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7l4k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7l4k_validation.pdf.gz | 759.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7l4k_full_validation.pdf.gz | 763.6 KB | Display | |
Data in XML | 7l4k_validation.xml.gz | 17 KB | Display | |
Data in CIF | 7l4k_validation.cif.gz | 23 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/7l4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/7l4k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7l4cC 7l4fC 7l4hC 7l4mC 7l4nC 4onjS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 40622.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: DRM2, At5g14620/At5g14630, T15N1.110/T15N1.120 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q9M548, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules BC
#2: DNA chain | Mass: 5578.653 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Arabidopsis thaliana (thale cress) |
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#3: DNA chain | Mass: 5513.648 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Arabidopsis thaliana (thale cress) |
-Non-polymers , 3 types, 60 molecules
#4: Chemical | ChemComp-SAH / | ||
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#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.59 Å3/Da / Density % sol: 65.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 2% v/v Tacsimate(pH 6.0), 0.1 M BIS-TRIS (pH 6.5) and 20% w/v Polyethylene glycol 3,350. PH range: 6.0-7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 0.9774 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 21, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.61→49.2 Å / Num. obs: 23003 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.212 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 115890 / Scaling rejects: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ONJ Resolution: 2.61→41.318 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 167.49 Å2 / Biso mean: 58.6855 Å2 / Biso min: 24.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.61→41.318 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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