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- PDB-5hp2: Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2) bound to dsRNA ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hp2 | ||||||
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Title | Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2) bound to dsRNA sequence derived from S. cerevisiae BDF2 gene with AU basepair at reaction site | ||||||
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![]() | HYDROLASE/RNA / deaminase / human / hydrolase-RNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() hypoglossal nerve morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / facial nerve morphogenesis / spinal cord ventral commissure morphogenesis / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / double-stranded RNA adenosine deaminase activity ...hypoglossal nerve morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / facial nerve morphogenesis / spinal cord ventral commissure morphogenesis / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / base conversion or substitution editing / neuromuscular process controlling posture / neuromuscular synaptic transmission / innervation / motor behavior / motor neuron apoptotic process / positive regulation of viral genome replication / RNA processing / negative regulation of cell migration / multicellular organism growth / mRNA processing / double-stranded RNA binding / defense response to virus / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / mRNA binding / synapse / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Matthews, M.M. / Fisher, A.J. / Beal, P.A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structures of human ADAR2 bound to dsRNA reveal base-flipping mechanism and basis for site selectivity. Authors: Matthews, M.M. / Thomas, J.M. / Zheng, Y. / Tran, K. / Phelps, K.J. / Scott, A.I. / Havel, J. / Fisher, A.J. / Beal, P.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 380.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 306.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ed1C ![]() 5ed2C ![]() 5hp3C ![]() 1zy7S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AD
#1: Protein | Mass: 45005.383 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 299-701 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P78563, double-stranded RNA adenine deaminase |
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-RNA chain , 2 types, 2 molecules BC
#2: RNA chain | Mass: 7225.293 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
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#3: RNA chain | Mass: 7490.546 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 5 molecules ![](data/chem/img/IHP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 17% PEG10000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 5, 2016 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.98→80.4 Å / Num. obs: 21442 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 4.787 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 2.98→3.06 Å / Redundancy: 4.562 % / Rmerge(I) obs: 0.863 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 90 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1ZY7 Resolution: 2.983→38.526 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.5
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.983→38.526 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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