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- PDB-7l4a: Crystal Structure of Cytidylate kinase from Encephalitozoon cunic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l4a
タイトルCrystal Structure of Cytidylate kinase from Encephalitozoon cuniculi GB-M1 in complex with two CDP molecules
要素Cytidylate kinase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / cytidylate kinase / Encephalitozoon cuniculi / CDP / CTP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


(d)CMP kinase / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Cytidylate kinase / Cytidylate kinase domain / Cytidylate kinase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Probable cytidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Cytidylate kinase from Encephalitozoon cuniculi GB-M1 in complex with two CDP molecules
著者: Abendroth, J.A. / Fox III, D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3025
ポリマ－26,3381
非ポリマー9644
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.520, 46.870, 53.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.592, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Cytidylate kinase / CK / Cytidine monophosphate kinase / CMP kinase


分子量: 26337.838 Da / 分子数: 1 / 断片: EncuA.01086.a.AE1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (strain GB-M1) (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 遺伝子: ECU03_1270 / プラスミド: Endua.01086.a.aE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SS83, (d)CMP kinase
#2: 化合物 ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP


分子量: 403.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Optimization condition: 100mM BisTris pH 6, 200mM ammonium sulfate, 26% (w/V) PEG 3350: EucuA.01086.a.AE1.PS38633 at 56.56mg/ml + 5mM CTP + 5mM MgCl2: tray 318933 a2: cryo: 20% EG + ligands: ...詳細: Optimization condition: 100mM BisTris pH 6, 200mM ammonium sulfate, 26% (w/V) PEG 3350: EucuA.01086.a.AE1.PS38633 at 56.56mg/ml + 5mM CTP + 5mM MgCl2: tray 318933 a2: cryo: 20% EG + ligands: puck akp1-5. For phasing, a crystal from MCSG1, condition D7 (20% (w/V) PEG 3000, 100mM sodium citrate tribasic / citric acid pH 5.5: EncuA.01086.a.AE1.PS38636 at 28.28mg/ml, tray 315976 d7) was dipped for 20sec in a solution of 4ul half saturated NaI in ethylene glycol and reservoir and directly vitrified. This crystal form could not be reproduced.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
RAYONIX MX-3001CCD2020年12月3日Beryllium Lenses
RIGAKU SATURN 944+2CCD2020年7月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond [111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2RIGAKU VARIMAXSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
21.54181
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 35784 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.026 % / Biso Wilson estimate: 25.36 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 0.948 / Net I/σ(I): 17.71
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.543.1890.4482.4925620.8220.53897
1.54-1.583.8820.3653.5425670.8990.424100
1.58-1.634.1160.2834.6925020.9490.32599.7
1.63-1.684.1230.2335.5724440.9660.26899.8
1.68-1.734.1270.1986.7923550.970.22799.7
1.73-1.794.1220.1548.6922720.9810.177100
1.79-1.864.1420.11711.0422020.990.13499.6
1.86-1.944.1340.09114.0621230.9930.10499.7
1.94-2.024.1310.07117.7420190.9960.081100
2.02-2.124.1170.05821.7719540.9960.06799.5
2.12-2.244.1380.04925.1618540.9970.05699.9
2.24-2.374.1220.04327.5617410.9970.0599.5
2.37-2.544.1070.03930.2316390.9980.04599.8
2.54-2.744.0940.03732.1315540.9980.04399.7
2.74-34.0810.03435.2414170.9980.03999.6
3-3.354.0850.0337.513010.9980.03599.5
3.35-3.874.070.02940.0311240.9980.03499.6
3.87-4.744.0730.02740.819710.9990.03199.7
4.74-6.713.9960.02739.877580.9990.03199.2
6.71-503.7320.02639.974250.9980.03198.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19rc4 4035精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
PARROT位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→44.8 Å / SU ML: 0.1657 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.4856
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1903 2003 5.6 %0
Rwork0.1482 33772 --
obs0.1507 35775 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1779 0 59 235 2073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95412688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0586304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0118365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1348813
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.26381280.19772341X-RAY DIFFRACTION96.82
1.54-1.580.24511390.16612396X-RAY DIFFRACTION99.92
1.58-1.630.22671280.15132420X-RAY DIFFRACTION99.96
1.63-1.680.23271560.15712403X-RAY DIFFRACTION99.84
1.68-1.740.26281310.16082425X-RAY DIFFRACTION99.92
1.74-1.810.23961390.16672386X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.890.21441380.15162426X-RAY DIFFRACTION99.81
1.89-1.990.22321570.14782391X-RAY DIFFRACTION99.96
1.99-2.110.21371400.14452427X-RAY DIFFRACTION99.84
2.11-2.280.16931210.14092411X-RAY DIFFRACTION99.76
2.28-2.510.18431520.14352422X-RAY DIFFRACTION99.92
2.51-2.870.18791490.16092423X-RAY DIFFRACTION99.84
2.87-3.610.18211620.14312426X-RAY DIFFRACTION99.77
3.61-44.80.15561630.13952475X-RAY DIFFRACTION99.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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