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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l4a | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cytidylate kinase from Encephalitozoon cuniculi GB-M1 in complex with two CDP molecules | ||||||
![]() | Cytidylate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SSGCID / cytidylate kinase / Encephalitozoon cuniculi / CDP / CTP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Cytidylate kinase from Encephalitozoon cuniculi GB-M1 in complex with two CDP molecules 著者: Abendroth, J.A. / Fox III, D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26337.838 Da / 分子数: 1 / 断片: EncuA.01086.a.AE1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: GB-M1 / 遺伝子: ECU03_1270 / プラスミド: Endua.01086.a.aE1 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Optimization condition: 100mM BisTris pH 6, 200mM ammonium sulfate, 26% (w/V) PEG 3350: EucuA.01086.a.AE1.PS38633 at 56.56mg/ml + 5mM CTP + 5mM MgCl2: tray 318933 a2: cryo: 20% EG + ligands: ...詳細: Optimization condition: 100mM BisTris pH 6, 200mM ammonium sulfate, 26% (w/V) PEG 3350: EucuA.01086.a.AE1.PS38633 at 56.56mg/ml + 5mM CTP + 5mM MgCl2: tray 318933 a2: cryo: 20% EG + ligands: puck akp1-5. For phasing, a crystal from MCSG1, condition D7 (20% (w/V) PEG 3000, 100mM sodium citrate tribasic / citric acid pH 5.5: EncuA.01086.a.AE1.PS38636 at 28.28mg/ml, tray 315976 d7) was dipped for 20sec in a solution of 4ul half saturated NaI in ethylene glycol and reservoir and directly vitrified. This crystal form could not be reproduced. |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 35784 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.026 % / Biso Wilson estimate: 25.36 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 0.948 / Net I/σ(I): 17.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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