PDB-7l3y: Crystal structure of oxy-I107E CuB myoglobin (I107E L29H F43H spe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l3y

タイトル

Crystal structure of oxy-I107E CuB myoglobin (I107E L29H F43H sperm whale myoglobin; partial occupancy)

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / globin / oxidase / oxygen binding / oxygen reduction / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Physeter catodon (マッコウクジラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.18 Å

データ登録者

Petrik, I. / Lu, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: An Engineered Glutamate in Biosynthetic Models of Heme-Copper Oxidases Drives Complete Product Selectivity by Tuning the Hydrogen-Bonding Network.
著者: Petrik, I.D. / Davydov, R. / Kahle, M. / Sandoval, B. / Dwaraknath, S. / Adelroth, P. / Hoffman, B. / Lu, Y.

履歴

登録	2020年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l3y.cif.gz	91.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l3y.ent.gz	63.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l3y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l3y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kyrC 7l3uC 4fwxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pqb-d 2frk-d 1mno-2 1mlg-d 2blj-d 2o5s-d 4it8-d 6ls8-5 2zt1-d 1vxg-d 2mya-d 5ut8-d 5ut9-d 4dc8-d 2myb-d 1dtm-d 5cn5-d 2zt0-d 4fwx-d 5ych-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (3) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

ヘテロ分子

18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.845, 46.982, 78.034
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 17398.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PER / PEROXIDE ION 分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 1.5-2.0 mM protein in 20 mM tris sulfate pH 8.0 buffer, mixed 1:1 with crystallization solution composed of 100 mM tris sulfate pH 8.6, 200 mM sodium acetate, and 30% w/v PEG 10000. After ...詳細: 1.5-2.0 mM protein in 20 mM tris sulfate pH 8.0 buffer, mixed 1:1 with crystallization solution composed of 100 mM tris sulfate pH 8.6, 200 mM sodium acetate, and 30% w/v PEG 10000. After crystalization, soaked, under anaerobic conditions, in 20 mM dithionite for 10 minutes, and washed with anaerobic buffer. Reduced crystals were sealed in an air-tight bomb and pressurized at ~1500 psi O2 for up to 10 minutes. Crystals were harvested and cryocooled after a brief soak in 50% PEG 400 supersaturated with O2.

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.4 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 1.5-2.0 mM protein in 20 mM tris sulfate pH 8.0 buffer, mixed 1:1 with crystallization solution composed of 100 mM tris sulfate pH 8.6, 200 mM sodium acetate, and 30% w/v PEG 10000. After ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月20日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.18→39.02 Å / Num. obs: 47352 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.024 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 31.7 / Num. measured all: 182510 / Scaling rejects: 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.18-1.2	2.1	0.216	3107	1510	0.902	0.169	0.275	4.1	63.4
6.47-39.02	4	0.017	1448	360	0.999	0.009	0.019	92.6	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc7_4070	精密化
Aimless	0.5.12	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS	v2015-03-01	データ削減
PHENIX	1.10.1_2155	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FWX

4fwx

解像度: 1.18→39.02 Å / SU ML: 0.1094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.559
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1902	4119	4.77 %
R_work	0.1566	82228	-
obs	0.1582	86347	92.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.18→39.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1219	0	46	297	1562

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0127	1371
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3967	1866
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1015	195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0107	232
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.941	533

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.18-1.19	0.3196	66	0.2408	1237	X-RAY DIFFRACTION	40.71
1.19-1.21	0.2404	128	0.2311	2555	X-RAY DIFFRACTION	82.53
1.21-1.22	0.2491	145	0.2159	2775	X-RAY DIFFRACTION	91.59
1.22-1.24	0.2298	142	0.208	2878	X-RAY DIFFRACTION	94.64
1.24-1.26	0.2458	148	0.2008	2918	X-RAY DIFFRACTION	94.43
1.26-1.28	0.2413	147	0.2022	2848	X-RAY DIFFRACTION	94.24
1.28-1.29	0.248	135	0.1782	2858	X-RAY DIFFRACTION	94.06
1.29-1.31	0.1931	140	0.1726	2916	X-RAY DIFFRACTION	95.02
1.31-1.34	0.2233	145	0.1851	2937	X-RAY DIFFRACTION	96.07
1.34-1.36	0.1911	143	0.17	2907	X-RAY DIFFRACTION	94.63
1.36-1.38	0.2114	143	0.1675	2947	X-RAY DIFFRACTION	96.05
1.38-1.41	0.1973	148	0.1662	2954	X-RAY DIFFRACTION	97.73
1.41-1.44	0.2062	150	0.1616	2979	X-RAY DIFFRACTION	96.72
1.44-1.47	0.1836	152	0.1621	2968	X-RAY DIFFRACTION	96.8
1.47-1.5	0.1753	141	0.1477	2942	X-RAY DIFFRACTION	96.95
1.5-1.54	0.1715	140	0.1518	2937	X-RAY DIFFRACTION	95.35
1.54-1.58	0.1777	150	0.1485	2888	X-RAY DIFFRACTION	94.88
1.58-1.63	0.1933	148	0.1412	2971	X-RAY DIFFRACTION	97.5
1.63-1.68	0.1483	150	0.1476	2979	X-RAY DIFFRACTION	97.08
1.68-1.74	0.1964	152	0.1492	2992	X-RAY DIFFRACTION	97.28
1.74-1.81	0.1712	148	0.1571	2933	X-RAY DIFFRACTION	96.52
1.81-1.9	0.1652	145	0.1552	2918	X-RAY DIFFRACTION	96.17
1.9-2	0.1602	147	0.1536	2770	X-RAY DIFFRACTION	90.93
2-2.12	0.1795	163	0.1451	2865	X-RAY DIFFRACTION	94.15
2.12-2.28	0.1797	147	0.1508	2843	X-RAY DIFFRACTION	93.79
2.28-2.51	0.1963	145	0.157	2928	X-RAY DIFFRACTION	95.43
2.51-2.88	0.1973	136	0.16	2770	X-RAY DIFFRACTION	90.78
2.88-3.63	0.2097	127	0.1484	2935	X-RAY DIFFRACTION	95.21
3.63-39.02	0.1837	148	0.1462	2880	X-RAY DIFFRACTION	94.62

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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