PDB-7l2y: HIV Integrase core domain in complex with inhibitor 2-(5-(3-fluor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l2y

タイトル

HIV Integrase core domain in complex with inhibitor 2-(5-(3-fluorophenyl)-2-(2-(thiophen-2-yl)ethynyl)-1- benzofuran-3-yl)ethanoic acid

要素

Integrase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / HIV Integrase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.982 Å

データ登録者

Gorman, M.A. / Parker, M.W.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: HIV Integrase core domain in complex with inhibitor
著者: Gorman, M.A. / Parker, M.W.

履歴

登録	2020年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l2y.cif.gz	42.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l2y.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l2y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/7l2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/7l2y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6w0uC 6wc8C 6we7C 7l1pC 7siaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7l23-1 6vx2-1 6vqs-1 6w0u-1 6w42-1 6vlh-d 3vqp-d 7l1p-d 3ibq-d 6g1j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Integrase

ヘテロ分子

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Integrase

ヘテロ分子

AAA: Integrase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.980, 45.980, 138.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Integrase 分子量: 17806.090 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 50-212 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2WR52
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物	ChemComp-XHY / 4-{[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}benzoic acid 分子量: 334.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.88 % / 解説: Bi-pyramid
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→32.62 Å / Num. obs: 11041 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.1 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.159 / Χ²: 0.85 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.98→2.03 Å / R_merge(I) obs: 1.322 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 758 / CC_1/2: 0.731 / R_pim(I) all: 0.514

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.982→32.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 4.081 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2494	835	7.587 %
R_work	0.2092	10170	-
all	0.212	-	-
obs	-	11005	99.665 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.879 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.657 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.657 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.314 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.982→32.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1069	0	50	42	1161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.635	1.67	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.357	1.598	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.599	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.934	23.673	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.445	15	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.811	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.326	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.229	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.029	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.985	3.006	558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.983	3	557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.376	4.483	695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.373	4.49	696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.829	3.648	584
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.673	3.636	581
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.21	5.254	854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.101	5.228	849
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.373	35.427	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.37	35.427	1289

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.982-2.033	0.3	57	0.251	734	X-RAY DIFFRACTION	99.7478
2.033-2.089	0.357	66	0.244	705	X-RAY DIFFRACTION	99.4839
2.089-2.149	0.302	51	0.236	679	X-RAY DIFFRACTION	99.7268
2.149-2.215	0.171	50	0.196	687	X-RAY DIFFRACTION	99.7294
2.215-2.288	0.251	50	0.189	668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.288-2.368	0.201	47	0.175	628	X-RAY DIFFRACTION	99.8521
2.368-2.457	0.268	47	0.196	611	X-RAY DIFFRACTION	99.697
2.457-2.557	0.221	49	0.199	616	X-RAY DIFFRACTION	99.5509
2.557-2.67	0.301	47	0.205	557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.8	0.266	47	0.217	541	X-RAY DIFFRACTION	99.8302
2.8-2.951	0.297	37	0.215	539	X-RAY DIFFRACTION	99.8267
2.951-3.129	0.252	51	0.188	489	X-RAY DIFFRACTION	100
3.129-3.344	0.265	49	0.221	454	X-RAY DIFFRACTION	99.8016
3.344-3.61	0.219	44	0.177	444	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.952	0.161	28	0.178	420	X-RAY DIFFRACTION	100
3.952-4.414	0.169	31	0.178	374	X-RAY DIFFRACTION	99.7537
4.414-5.088	0.201	31	0.197	343	X-RAY DIFFRACTION	100
5.088-6.21	0.266	22	0.256	282	X-RAY DIFFRACTION	97.7492
6.21-8.695	0.35	17	0.258	248	X-RAY DIFFRACTION	99.6241

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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