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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l1z
タイトルUnlocking the structural features for the exo-xylobiosidase activity of an unusual GH11 member identified in a compost-derived consortium - NT-truncated form
要素Exo-B-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase family 11 / GH11 / Exo-B-1 / 4-xylobiosidase
機能・相同性Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kadowaki, M.A.S. / Polikarpov, I. / Briganti, L. / Evangelista, D.E.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)15/13684-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)303988/2016-9 ブラジル
引用ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 2021
タイトル: Unlocking the structural features for the xylobiohydrolase activity of an unusual GH11 member identified in a compost-derived consortium.
著者: Kadowaki, M.A.S. / Briganti, L. / Evangelista, D.E. / Echevarria-Poza, A. / Tryfona, T. / Pellegrini, V.O.A. / Nakayama, D.G. / Dupree, P. / Polikarpov, I.
履歴
登録2020年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / database_2
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exo-B-1,4-beta-xylanase
B: Exo-B-1,4-beta-xylanase
C: Exo-B-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,41023
ポリマ－74,6593
非ポリマー1,75120
水9,116506
1
A: Exo-B-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5258
ポリマ－24,8861
非ポリマー6387
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exo-B-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4918
ポリマ－24,8861
非ポリマー6047
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Exo-B-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3957
ポリマ－24,8861
非ポリマー5086
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.562, 149.686, 79.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-519-

HOH

21B-487-

HOH

31B-558-

HOH

41C-510-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Exo-B-1,4-beta-xylanase


分子量: 24886.350 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Metatranscriptome / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pETM11/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 and 30% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→49.62 Å / Num. obs: 50051 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.2226 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Num. unique obs: 4942 / CC1/2: 0.641 / Rpim(I) all: 0.4272 / Rrim(I) all: 1.499

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc2_3794精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7L1W

7l1w


解像度: 2.05→49.62 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 2411 4.82 %
Rwork0.1859 47640 -
obs0.1879 50051 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 173.45 Å2 / Biso mean: 31.716 Å2 / Biso min: 12.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→49.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5298 0 95 506 5899
Biso mean--53.33 35.16 -
残基数----663
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.05-2.090.29091370.249927892926
2.09-2.140.2721410.243727542895
2.14-2.190.27161300.228327652895
2.19-2.240.24461490.213227722921
2.24-2.30.26911350.208927632898
2.3-2.370.25121420.209627972939
2.37-2.450.27191180.207127972915
2.45-2.530.25441630.216527602923
2.53-2.630.2791380.21527752913
2.63-2.750.21661220.197328132935
2.75-2.90.24831350.202127942929
2.9-3.080.2691570.201127952952
3.08-3.320.22991310.173828272958
3.32-3.650.18851570.151527932950
3.65-4.180.17091470.147728292976
4.18-5.270.18631680.136928373005
5.27-49.620.23891410.213329803121
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9734-1.02571.05480.8066-0.44381.4278-0.10820.08440.0140.00670.0305-0.2084-0.12370.077-0.01560.12530.0014-0.03370.15340.01230.2046-14.4579-29.02254.2406
22.7253-0.17460.20310.9298-0.05860.96180.00310.27340.0165-0.1649-0.0240.0614-0.0010.0229-0.00090.1445-0.00350.00940.1178-0.00830.122313.5088-52.05991.6936
30.7774-0.6379-0.67241.67051.08681.27780.09730.02920.08920.0133-0.0521-0.0825-0.2279-0.0323-0.04780.2034-0.0076-0.01770.1525-0.00070.086426.576-4.1101-17.7614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 27:247)A27 - 247
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 27:247)B27 - 247
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 27:247)C27 - 247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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