[日本語] English
万見
- PDB-7l1e: The Crystal Structure of Bromide-Bound GtACR1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l1e
タイトルThe Crystal Structure of Bromide-Bound GtACR1
要素Anion channelrhodopsin-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Bromide-Bound / Anion Tunnel / anion channel / rhodopsin
機能・相同性Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / BROMIDE ION / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Guillardia theta (クリプト藻（ヌクレオモルフ）)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li, H. / Huang, C.Y. / Wang, M. / Spudich, J.L. / Zheng, L.
資金援助 米国, スイス, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM027750-39 米国
Robert A. Welch FoundationAU-0009 米国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission701647 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: The crystal structure of bromide-bound Gt ACR1 reveals a pre-activated state in the transmembrane anion tunnel.
著者: Li, H. / Huang, C.Y. / Govorunova, E.G. / Sineshchekov, O.A. / Yi, A. / Rothschild, K.J. / Wang, M. / Zheng, L. / Spudich, J.L.
履歴
登録2020年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Anion channelrhodopsin-1
B: Anion channelrhodopsin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,63012
ポリマ－61,1472
非ポリマー2,48310
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, it is homologous to 6EDQ, which exists as a dimer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.660, 77.640, 73.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Anion channelrhodopsin-1 / ACR1


分子量: 30573.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Guillardia theta (クリプト藻（ヌクレオモルフ）)
遺伝子: GTHE00462_37052 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A6U6DEE4
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 15% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M NaBr with buffer 0.1 MES, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→44.94 Å / Num. obs: 11033 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 2.84
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Num. unique obs: 11033 / CC1/2: 0.975
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: COC film / Sample holding: IMISX h1 holder / Support base: IMISX h1 holder

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EDQ

6edq


解像度: 3.2→44.94 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2859 547 5.05 %
Rwork0.2412 --
obs0.2435 10833 93.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→44.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4257 0 164 17 4438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034531
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7196128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0921638
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041691
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.520.35681320.31222427X-RAY DIFFRACTION89
3.52-4.030.32021390.25812623X-RAY DIFFRACTION97
4.03-5.080.25161390.21792635X-RAY DIFFRACTION96
5.08-44.940.26111370.21892601X-RAY DIFFRACTION93

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る