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万見
- PDB-7l0g: Monobody 12VC1 Bound to HRAS(G12C) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l0g
タイトルMonobody 12VC1 Bound to HRAS(G12C)
要素
  • GTPase HRas
  • Monobody 12VC1
キーワードSIGNALING PROTEIN / RAS GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase C activator activity / GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of ruffle assembly / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Signaling by RAS GAP mutants ...phospholipase C activator activity / GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of ruffle assembly / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / Signalling to RAS / adipose tissue development / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / protein-membrane adaptor activity / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / EPHB-mediated forward signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / myelination / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / intrinsic apoptotic signaling pathway / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / animal organ morphogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation / small monomeric GTPase / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / RAF activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / cellular response to gamma radiation / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / RAS processing / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / positive regulation of type II interferon production / endocytosis / positive regulation of fibroblast proliferation / chemotaxis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular senescence / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / insulin receptor signaling pathway / DAP12 signaling / MAPK cascade / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / G protein activity
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTPase HRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Teng, K.W. / Hattori, T. / Tsai, S. / Koide, S.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA194864 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA212608 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F32 CA225131 米国
American Cancer SocietyPF-18-180-01-TBE 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Selective and noncovalent targeting of RAS mutants for inhibition and degradation.
著者: Teng, K.W. / Tsai, S.T. / Hattori, T. / Fedele, C. / Koide, A. / Yang, C. / Hou, X. / Zhang, Y. / Neel, B.G. / O'Bryan, J.P. / Koide, S.
履歴
登録2020年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase HRas
B: GTPase HRas
C: Monobody 12VC1
D: Monobody 12VC1
E: GTPase HRas
F: Monobody 12VC1
G: GTPase HRas
H: Monobody 12VC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,20616
ポリマ－116,9528
非ポリマー2,2548
水95553
1
A: GTPase HRas
C: Monobody 12VC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8014
ポリマ－29,2382
非ポリマー5642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
2
B: GTPase HRas
D: Monobody 12VC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8014
ポリマ－29,2382
非ポリマー5642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
3
E: GTPase HRas
F: Monobody 12VC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8014
ポリマ－29,2382
非ポリマー5642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
4
G: GTPase HRas
H: Monobody 12VC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8014
ポリマ－29,2382
非ポリマー5642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area11830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.834, 62.596, 123.404
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
GTPase HRas / H-Ras-1 / Ha-Ras / Transforming protein p21 / c-H-ras / p21ras


分子量: 19008.359 Da / 分子数: 4 / 変異: G12C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112, small monomeric GTPase
#2: 抗体
Monobody 12VC1


分子量: 10229.587 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: Clear, rod shape crystal
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.225 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 51349 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 0.896 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 247542
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.24-2.284.60.925190.7370.4621.0140.59799.1
2.28-2.324.70.83626160.7330.4240.9410.62299.6
2.32-2.364.80.81225350.7360.4090.9120.63699.3
2.36-2.414.80.69325880.8160.3480.7780.69398.9
2.41-2.474.70.65725020.7980.3370.7410.72598.2
2.47-2.524.50.58125460.8420.3020.6580.7697.8
2.52-2.595.20.5425750.8930.2640.6030.76799.9
2.59-2.665.10.45326020.9140.2210.5050.8899.8
2.66-2.735.10.41625720.910.2050.4650.89399.8
2.73-2.825.10.36125590.9270.1770.4031.03699.1
2.82-2.925.10.31425690.9380.1560.3521.23799.3
2.92-3.0450.2725760.9540.1340.3031.17199.4
3.04-3.184.80.22525720.9630.1140.2530.96898.6
3.18-3.354.60.19225330.9590.10.2171.02297.5
3.35-3.565.10.17525850.9730.0890.1971.0699.1
3.56-3.834.90.15526020.9760.0810.1761.04599.1
3.83-4.224.70.13725650.9790.0730.1560.98498.2
4.22-4.824.10.12224690.9760.0690.1410.90393.9
4.82-6.084.80.12125830.9820.0630.1370.91998.1
6.08-504.50.11826810.9880.0640.1340.90198.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4g0n

4g0n


解像度: 2.54→46.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 11.739 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.644 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22852 1780 5.1 %RANDOM
Rwork0.19456 ---
obs0.19633 33379 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.323 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.28 Å2-0 Å2-0.27 Å2
2--6.73 Å20 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→46.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8084 0 132 53 8269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0198379
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.88711419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0662.92917756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.98951026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.8923.924367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6151382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9481552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021688
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2915.1784128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2915.1784127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0627.7565147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0617.7575147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9675.6614251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9685.6624249
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2628.2876274
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.90359.5838796
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.90259.5868795
LS精密化 シェル解像度: 2.542→2.608 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 115 -
Rwork0.29 2300 -
obs--91.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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