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- PDB-7kxi: Structure of XL5-ligated hRpn13 Pru domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kxi
タイトルStructure of XL5-ligated hRpn13 Pru domain
要素Proteasomal ubiquitin receptor ADRM1
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome regulatory particle, lid subcomplex / molecular function inhibitor activity / proteasome binding / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome complex / transcription elongation by RNA polymerase II / UCH proteinases / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protease binding ...proteasome regulatory particle, lid subcomplex / molecular function inhibitor activity / proteasome binding / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome complex / transcription elongation by RNA polymerase II / UCH proteinases / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protease binding / Ub-specific processing proteases / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
RPN13, DEUBAD domain / RPN13, DEUBAD domain superfamily / UCH-binding domain / DEUBAD domain / DEUBAD (DEUBiquitinase ADaptor) domain profile. / Proteasomal ubiquitin receptor Rpn13/ADRM1 / Proteasomal ubiquitin receptor Rpn13/ADRM1, Pru domain superfamily / Rpn13/ADRM1, Pru domain / Proteasome complex subunit Rpn13, Pru domain / Pru (pleckstrin-like receptor for ubiquitin) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XAY / Proteasomal ubiquitin receptor ADRM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lu, X. / Walters, K.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1 ZIA BC011490 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1 ZIA BC011627 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure-guided bifunctional molecules hit a DEUBAD-lacking hRpn13 species upregulated in multiple myeloma.
著者: Lu, X. / Sabbasani, V.R. / Osei-Amponsa, V. / Evans, C.N. / King, J.C. / Tarasov, S.G. / Dyba, M. / Das, S. / Chan, K.C. / Schwieters, C.D. / Choudhari, S. / Fromont, C. / Zhao, Y. / Tran, B. ...著者: Lu, X. / Sabbasani, V.R. / Osei-Amponsa, V. / Evans, C.N. / King, J.C. / Tarasov, S.G. / Dyba, M. / Das, S. / Chan, K.C. / Schwieters, C.D. / Choudhari, S. / Fromont, C. / Zhao, Y. / Tran, B. / Chen, X. / Matsuo, H. / Andresson, T. / Chari, R. / Swenson, R.E. / Tarasova, N.I. / Walters, K.J.
履歴
登録2020年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasomal ubiquitin receptor ADRM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4682
ポリマ－17,0401
非ポリマー4271
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Proteasomal ubiquitin receptor ADRM1 / 110 kDa cell membrane glycoprotein / Gp110 / Adhesion-regulating molecule 1 / ARM-1 / Proteasome ...110 kDa cell membrane glycoprotein / Gp110 / Adhesion-regulating molecule 1 / ARM-1 / Proteasome regulatory particle non-ATPase 13 / hRpn13 / Rpn13 homolog


分子量: 17040.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADRM1, GP110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16186
#2: 化合物 ChemComp-XAY / 2-{[(2S)-2-cyano-3-{3-[(4-methylbenzene-1-carbonyl)amino]phenyl}propanoyl]amino}benzoic acid


分子量: 427.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H21N3O4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
212isotropic33D 1H-13C NOESY
226isotropic33D 1H-15N NOESY
233isotropic33D 1H-13C half-filtered NOESY
244isotropic32D 1H-13C half-filtered NOESY
255isotropic33D 1H-13C half-filtered NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution20.4 mM [U-13C] 13C_protein, 0.48 mM ligand, 20% H2O/70% D2O/10% DMSOsample-120% H2O/70% D2O/10% DMSO
solution30.25 mM [U-13C] 13C_protein, 0.5 mM ligand, 90% H2O/10% DMSOsample-290% H2O/10% DMSO
solution40.5 mM protein, 0.5 mM [U-13C] ligand, 90% H2O/10% DMSOsample-390% H2O/10% DMSO
solution50.4 mM protein, 0.4 mM [U-13C] ligand, 20% H2O/70% D2O/10% DMSOsample-420% H2O/70% D2O/10% DMSO
solution60.25 mM [U-15N] protein, 0.5 mM ligand, 90% H2O/10% DMSOsample-590% H2O/10% DMSO
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mM13C_protein[U-13C]2
0.48 mMligandnatural abundance2
0.25 mM13C_protein[U-13C]3
0.5 mMligandnatural abundance3
0.5 mMproteinnatural abundance4
0.5 mMligand[U-13C]4
0.4 mMproteinnatural abundance5
0.4 mMligand[U-13C]5
0.25 mMprotein[U-15N]6
0.5 mMligandnatural abundance6
試料状態イオン強度: 0.11 M / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: ambient atm / 温度: 283.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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