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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kwr | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | 1,N6-ethenoadnine (E) in dsDNA sequence (5'-CGCGEATTCGCG-3') | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / DNA repair | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | データ登録者 | Meints, G.A. / Ljunggren, K.D. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: To Be Published | タイトル: Single Base Lesions and Mismatches Alter the Backbone Dynamics and Conformational Properties in DNA 著者: Meints, G.A. / Ljunggren, K.D. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kwr.cif.gz | 327.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kwr.ent.gz | 266.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kwr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kwr_validation.pdf.gz | 335.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kwr_full_validation.pdf.gz | 529 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7kwr_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kwr_validation.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/7kwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/7kwr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7kwlC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3607.433 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | Sample state: isotropic / タイプ: 2D 1H-1H NOESY |
-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 1.0 mM DNA, 100% D2O / 詳細: 1 mM DNA, 25 mM phosphate, pH = 7.4 / Label: eA5 / 溶媒系: 100% D2O |
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試料 | 濃度: 1.0 mM / 構成要素: DNA / Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | 詳細: 1 mM DNA, 25 mM phosphate, pH = 7.4 / イオン強度: 25 mM / Ionic strength err: 0.5 / Label: Std conditions / pH: 7.4 pD / 圧: 1 atm / 温度: 283 K / Temperature err: 0.2 |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 21 |