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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kwg | |||||||||
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タイトル | Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Pathogen / small ribosomal subunit / spermidine | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex ...ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Belinite, M. / Khusainov, I. / Marzi, S. / Romby, P. / Yusupov, M. / Hashem, Y. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021 タイトル: Stabilization of Ribosomal RNA of the Small Subunit by Spermidine in . 著者: Margarita Belinite / Iskander Khusainov / Heddy Soufari / Stefano Marzi / Pascale Romby / Marat Yusupov / Yaser Hashem / 要旨: Cryo-electron microscopy is now used as a method of choice in structural biology for studying protein synthesis, a process mediated by the ribosome machinery. In order to achieve high-resolution ...Cryo-electron microscopy is now used as a method of choice in structural biology for studying protein synthesis, a process mediated by the ribosome machinery. In order to achieve high-resolution structures using this approach, one needs to obtain homogeneous and stable samples, which requires optimization of ribosome purification in a species-dependent manner. This is especially critical for the bacterial small ribosomal subunit that tends to be unstable in the absence of ligands. Here, we report a protocol for purification of stable 30 S from the Gram-positive bacterium and its cryo-EM structures: in presence of spermidine at a resolution ranging between 3.4 and 3.6 Å and in its absence at 5.3 Å. Using biochemical characterization and cryo-EM, we demonstrate the importance of spermidine for stabilization of the 30 S preserving favorable conformation of the helix 44. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kwg.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kwg.ent.gz | 899.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kwg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kwg_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kwg_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kwg_validation.xml.gz | 98.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kwg_validation.cif.gz | 164.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/7kwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/7kwg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 Aa
#1: RNA鎖 | 分子量: 10392.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 503218.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 87201381 |
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst
#3: タンパク質 | 分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FZ25 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW12 |
#5: タンパク質 | 分子量: 23051.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FXK6 |
#6: タンパク質 | 分子量: 17770.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW23 |
#7: タンパク質 | 分子量: 11613.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2G113 |
#8: タンパク質 | 分子量: 17826.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: P48940 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14854.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW20 |
#10: タンパク質 | 分子量: 14856.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW39 |
#11: タンパク質 | 分子量: 11600.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: A0A380EDM5, UniProt: Q931G5*PLUS |
#12: タンパク質 | 分子量: 13907.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW31 |
#13: タンパク質 | 分子量: 15320.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: P0A0H0 |
#14: タンパク質 | 分子量: 13747.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW30 |
#15: タンパク質 | 分子量: 7317.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW19 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10634.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2G2Q1 |
#17: タンパク質 | 分子量: 10253.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FZ45 |
#18: タンパク質 | 分子量: 10196.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW15 |
#19: タンパク質 | 分子量: 9332.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2G111 |
#20: タンパク質 | 分子量: 10639.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FW10 |
#21: タンパク質 | 分子量: 9039.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 参照: UniProt: Q2FXY6 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: Gctf / バージョン: 1.06 / カテゴリ: CTF補正 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 529602 / 対称性のタイプ: POINT |