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- PDB-7kwf: Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, H56N mutant w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kwf
タイトルDihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, H56N mutant with pyruvate bound in the active site and R,R-bislysine bound at the allosteric site
要素(4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate ...) x 2
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / : / : / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3VN / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Saran, S. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ALLOSTERIC SITE RESIDUE 'H56' CAPS THE INHIBITOR AT THE TIGHT DIMER INTERFACE FOR TRANSMITTING THE ALLOSTERIC INHIBITION SIGNALS IN Cj.DHDPS
著者: Saran, S. / Skovpen, Y. / Yazdi, M.M. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
履歴
登録2020年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,34615
ポリマ－204,7606
非ポリマー1,5869
水00
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,3568
ポリマ－136,5074
非ポリマー8494
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area10990 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area40920 Å2
手法PISA
2
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,66811
ポリマ－136,5074
非ポリマー1,1617
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11830 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area40060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.260, 226.720, 201.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 70 or (resid 71...
21(chain B and (resid 3 through 70 or (resid 71...
31(chain C and (resid 3 through 73 or (resid 74...
41(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...
51(chain E and (resid 3 through 70 or (resid 71...
61(chain F and (resid 3 through 70 or (resid 71...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSCYSCYS(chain A and (resid 3 through 70 or (resid 71...AA3 - 7015 - 82
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 through 70 or (resid 71...AA7183
13LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 through 70 or (resid 71...AA3 - 29815 - 310
21LYSLYSCYSCYS(chain B and (resid 3 through 70 or (resid 71...BB3 - 7015 - 82
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 3 through 70 or (resid 71...BB7183
23LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 70 or (resid 71...BB3 - 29815 - 310
24LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 70 or (resid 71...BB3 - 29815 - 310
25LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 70 or (resid 71...BB3 - 29815 - 310
26LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 3 through 70 or (resid 71...BB3 - 29815 - 310
31LYSLYSTHRTHR(chain C and (resid 3 through 73 or (resid 74...CC3 - 7315 - 85
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 3 through 73 or (resid 74...CC7486
33HISHISPHEPHE(chain C and (resid 3 through 73 or (resid 74...CC-6 - 2986 - 310
34HISHISPHEPHE(chain C and (resid 3 through 73 or (resid 74...CC-6 - 2986 - 310
35HISHISPHEPHE(chain C and (resid 3 through 73 or (resid 74...CC-6 - 2986 - 310
36HISHISPHEPHE(chain C and (resid 3 through 73 or (resid 74...CC-6 - 2986 - 310
41LYSLYSCYSCYS(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...DD3 - 7015 - 82
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...DD7183
43HISHISPHEPHE(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...DD-5 - 2987 - 310
44HISHISPHEPHE(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...DD-5 - 2987 - 310
45HISHISPHEPHE(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...DD-5 - 2987 - 310
46HISHISPHEPHE(chain D and (resid 3 through 70 or (resid 71...DD-5 - 2987 - 310
51LYSLYSCYSCYS(chain E and (resid 3 through 70 or (resid 71...EE3 - 7015 - 82
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 3 through 70 or (resid 71...EE7183
53LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 70 or (resid 71...EE3 - 29815 - 310
54LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 70 or (resid 71...EE3 - 29815 - 310
55LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 70 or (resid 71...EE3 - 29815 - 310
56LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 through 70 or (resid 71...EE3 - 29815 - 310
61LYSLYSCYSCYS(chain F and (resid 3 through 70 or (resid 71...FF3 - 7015 - 82
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 3 through 70 or (resid 71...FF7183
63LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 70 or (resid 71...FF3 - 29815 - 310
64LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 70 or (resid 71...FF3 - 29815 - 310
65LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 70 or (resid 71...FF3 - 29815 - 310
66LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 through 70 or (resid 71...FF3 - 29815 - 310

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要素

-
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate ... , 2種, 6分子 ABFCDE

#1: タンパク質 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 34161.215 Da / 分子数: 3 / 変異: H56N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: dapA, Cj0806 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: タンパク質 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 34092.180 Da / 分子数: 3 / 変異: H56N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: dapA, Cj0806 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

-
非ポリマー , 4種, 9分子

#3: 化合物 ChemComp-3VN / (2R,5R)-2,5-diamino-2,5-bis(4-aminobutyl)hexanedioic acid / bis-Lysine


分子量: 318.412 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.3 M Magnesium acetate, 12 % PEG 8000, 0.1 M Sodium acetate (pH 7.4), 120 mM R,R-bislysine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射モノクロメーター: Double beam / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→49.4 Å / Num. obs: 47346 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.869 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.82→2.921 Å / Rmerge(I) obs: 1.437 / Num. unique obs: 4658 / % possible all: 99.59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LY8

4ly8


解像度: 2.82→49.4 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3336 2368 5 %
Rwork0.2749 44961 -
obs0.2778 47329 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.07 Å2 / Biso mean: 30.7041 Å2 / Biso min: 13.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.82→49.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13759 0 108 0 13867
Biso mean--30.82 --
残基数----1793
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5316X-RAY DIFFRACTION1.086TORSIONAL
12B5316X-RAY DIFFRACTION1.086TORSIONAL
13C5316X-RAY DIFFRACTION1.086TORSIONAL
14D5316X-RAY DIFFRACTION1.086TORSIONAL
15E5316X-RAY DIFFRACTION1.086TORSIONAL
16F5316X-RAY DIFFRACTION1.086TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.82-2.880.49151380.3844260799
2.88-2.940.45441370.36282620100
2.94-3.010.37341370.35682599100
3.01-3.080.41371370.33312600100
3.08-3.170.40931390.33032641100
3.17-3.260.36171380.32972623100
3.26-3.370.37841380.31522616100
3.37-3.490.38111370.3167260599
3.49-3.630.38231380.29792626100
3.63-3.790.33751400.26692652100
3.79-3.990.30691380.25822624100
3.99-4.240.3091390.24572636100
4.24-4.570.30241390.23312656100
4.57-5.030.25251410.23042672100
5.03-5.750.29451410.24132679100
5.75-7.240.33281420.24492699100
7.24-100.21311490.1957280699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5785-0.17070.60470.4371-0.26160.89470.0450.55990.43360.279-0.0645-0.122-0.06620.26240.07260.3894-0.11220.04920.1564-0.11190.208320.879535.8582-27.6125
20.1780.0014-0.37220.2184-0.06930.60160.0152-0.13490.3058-0.1089-0.108-0.14360.13630.0391-0.034-0.3915-0.25090.12650.45330.10520.230221.261938.7698-25.9952
32.2895-2.0789-0.71696.79022.64731.2913-0.5183-0.52490.07930.37420.05450.41940.02640.61240.38780.15360.0398-0.00820.29420.00870.34629.582333.3276-27.2328
40.29750.17320.43980.55321.73674.65460.0886-0.15-0.30840.1253-0.0349-0.60710.21640.8797-0.12720.2868-0.0201-0.14370.23980.02640.229125.676924.7728-28.6092
52.19410.5842-0.55391.2670.51633.1282-0.53620.20160.19030.11360.0791-0.0695-0.5825-0.67150.17580.25250.0590.0170.13950.03290.350318.482518.1443-37.2952
61.9801-0.8487-0.38842.4395-0.89711.98970.2346-0.16030.09970.0731-0.3320.0840.00250.27980.14180.1681-0.0390.00940.2252-0.0140.232211.507119.3036-32.8313
70.36550.1767-0.22572.66920.5485-0.05830.0301-0.14130.03680.474-0.111-0.06870.1677-0.27720.0370.2519-0.04370.04120.3588-0.05030.20453.317128.9447-24.7804
81.5924-0.2991-0.68213.53031.78191.9313-0.0889-0.03660.77970.68910.2098-0.12890.272-0.0649-0.0557-0.0124-0.0349-0.03310.2682-0.00590.3332-0.989540.2441-26.6655
91.7659-1.2953-1.48371.23250.55191.8049-0.13790.0387-0.6390.175-0.02670.2259-0.09450.15080.24710.27870.01650.00380.243-0.03830.250117.382646.9717-36.9611
101.21171.0750.76970.94540.80631.69290.2326-0.11370.36030.0543-0.2517-0.49740.173-0.45920.32610.1950.12010.02960.3542-0.15050.41567.719352.3869-31.2055
111.1258-0.26470.15131.10221.29731.9845-0.0339-0.016-0.0230.19460.02840.11030.0216-0.2298-0.02330.20780.0171-0.02230.19020.0380.2037-78.729248.115219.4742
120.7034-0.5349-0.15021.0559-0.8061.19130.09620.0738-0.40180.26320.0810.2485-0.1592-0.0554-0.01210.049-0.0886-0.09150.37670.05660.2674-82.531140.581110.8638
130.860.4191-1.07391.22560.0831.9158-0.00260.07530.00490.12150.04640.02680.1815-0.1436-0.06460.20840.0038-0.01650.17370.03610.1673-68.957535.12914.7187
140.84220.30840.38260.48010.43041.1056-0.12170.22850.09650.03520.03810.1014-0.11170.21790.12370.11260.01250.02560.25210.01960.3736-59.222552.994112.9066
151.24271.67690.10563.9777-1.18151.5096-0.0605-0.19310.3841-0.00420.02230.25850.07090.10280.04190.1228-0.0244-0.00650.1816-0.02070.2528-69.275245.080831.6239
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171.1564-1.1716-0.97190.73380.68351.2610.10880.19-0.1638-0.0748-0.2091-0.13690.00980.28820.27420.1963-0.0310.01860.23120.01350.228428.728523.9429-62.6257
183.25380.37380.33463.21560.08672.0024-0.4357-0.571-0.51830.02510.05070.0716-1.01271.05660.05410.1931-0.0240.00950.3965-0.05770.543736.864622.7825-57.1476
190.823-0.0814-0.63412.69551.28142.8609-0.1388-0.08610.180.1976-0.80630.1078-0.42810.0041-0.27760.150.0702-0.10890.2550.23320.263932.293431.5602-57.9954
201.7564-1.7495-0.00582.02280.43541.3414-0.19710.03120.08440.04070.1208-0.0577-0.10410.10690.01750.1419-0.04530.01780.18320.02360.175520.536737.7817-57.6272
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220.4384-0.21210.46780.37420.82483.5732-0.1020.0263-0.02230.0591-0.01990.2639-0.13530.19620.14690.3689-0.0338-0.01720.18950.06360.300818.7617.4076-57.8603
232.30730.71590.1872.53710.22050.70840.16230.0299-0.1699-0.1058-0.2474-0.0232-0.02390.1134-0.00740.142-0.01150.02370.31810.04140.217-27.77436.1867-3.4564
244.74460.9091-0.95431.54972.04224.68690.0764-0.5721-0.01440.1538-0.1978-0.4859-0.12150.27770.25360.3026-0.0256-0.0890.35290.06610.3984-18.886235.50820.4633
250.5795-0.6705-0.71880.49410.46340.3589-0.03380.20120.10470.12230.0538-0.2205-0.0199-0.1146-0.00530.1882-0.0234-0.03180.21620.0160.2695-32.300141.652614.4738
26-0.0254-0.8019-0.06891.87990.2947-0.06450.01640.0539-0.0423-0.2276-0.01080.03580.0188-0.07060.01130.2171-0.0330.01680.2565-0.00520.2635-42.164935.4559-5.9586
270.79640.31740.70062.32190.91060.85450.2890.27040.04060.3783-0.1678-1.02220.58730.42240.1016-0.14780.07660.08160.41710.11320.4239-22.778413.668229.0056
280.01620.36750.08141.2124-0.21672.0946-0.192-0.2069-0.19310.02860.2016-0.1827-0.17910.0375-0.03290.25590.01830.04780.27120.03470.2487-29.710111.793513.9697
295.59080.346-2.57480.412-0.07524.5389-0.65560.8843-0.39490.0741-0.29050.20230.3421-0.35640.24880.44160.0235-0.05270.1280.02940.2149-39.57875.655613.0056
300.95050.18540.2058-0.01120.06210.1223-0.0882-0.07120.00610.02220.05810.0266-0.0628-0.00730.00620.295-0.0019-0.01040.14850.0260.2484-38.672414.693934.0512
311.2554-0.71250.05540.61050.48781.2240.23020.1642-0.0763-0.0879-0.11590.12360.121-0.3771-0.07890.2192-0.0466-0.02030.2320.0190.3613-78.97558.109222.0906
322.8616-3.3455-1.09065.90284.29435.0362-0.5612-0.501-0.17420.82290.29350.74570.6576-0.5841-0.36810.0437-0.0692-0.05060.3610.1210.4662-86.396812.90825.726
331.52880.53610.47070.14080.03171.75920.2362-0.95090.07320.3885-0.1168-0.06-0.1667-0.537-0.33780.1558-0.01030.04320.32420.11440.3033-80.693617.016332.0661
343.0552-0.65350.58971.14650.20490.8953-0.0920.0186-0.10550.07830.04290.04240.184-0.0655-0.06220.16910.0185-0.02840.19740.01410.2061-68.418522.378833.8401
351.5120.50050.78270.6503-0.43721.2787-0.20070.0312-0.018-0.1321-0.0216-0.0241-0.184-0.16160.1770.22590.00730.01080.1432-0.00440.3049-62.01445.774524.2964
360.74590.06110.13251.3285-1.18921.0230.07140.0317-0.1956-0.22570.06940.47160.1269-0.1748-0.23350.22560.0022-0.05780.2772-0.00180.3654-71.93736.36397.0643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 23 )A3 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 55 )A24 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 70 )A56 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 99 )A71 - 99
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 100 through 129 )A100 - 129
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 130 through 171 )A130 - 171
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 172 through 229 )A172 - 229
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 230 through 248 )A230 - 248
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 249 through 279 )A249 - 279
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 280 through 298 )A280 - 298
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 3 through 70 )B3 - 70
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 71 through 99 )B71 - 99
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 100 through 191 )B100 - 191
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 192 through 248 )B192 - 248
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 249 through 279 )B249 - 279
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 280 through 298 )B280 - 298
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid -6 through 55 )C-6 - 55
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 56 through 70 )C56 - 70
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 71 through 98 )C71 - 98
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 99 through 171 )C99 - 171
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 172 through 248 )C172 - 248
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 249 through 298 )C249 - 298
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 3 through 55 )D3 - 55
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 56 through 70 )D56 - 70
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 71 through 191 )D71 - 191
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 192 through 298 )D192 - 298
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 3 through 70 )E3 - 70
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 71 through 148 )E71 - 148
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 149 through 171 )E149 - 171
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 172 through 298 )E172 - 298
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 3 through 55 )F3 - 55
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 56 through 70 )F56 - 70
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 71 through 98 )F71 - 98
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 99 through 171 )F99 - 171
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 172 through 262 )F172 - 262
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 263 through 298 )F263 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る