[日本語] English
万見
- PDB-7kuz: Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, H56N mutant w... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kuz
タイトルDihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from C.jejuni, H56N mutant with pyruvate bound in the active site and L-lysine bound at the allosteric site
要素(4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate ...) x 2
キーワードLYASE / Campylobacter jejuni
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / LYSINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Saran, S. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ALLOSTERIC SITE RESIDUE 'H56' CAPS THE INHIBITOR AT THE TIGHT DIMER INTERFACE FOR TRANSMITTING THE ALLOSTERIC INHIBITION SIGNALS IN Cj.DHDPS
著者: Saran, S. / Skovpen, Y. / Yazdi, M.M. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,81270
ポリマ－204,8986
非ポリマー4,91464
水20,0511113
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,94848
ポリマ－136,5764
非ポリマー3,37344
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17190 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area39890 Å2
手法PISA
2
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,72744
ポリマ－136,6454
非ポリマー3,08240
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area17630 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area41680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.047, 227.328, 202.278
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 or resid 5 through 20...
21(chain B and (resid 3 or resid 5 through 20...
31(chain C and (resid 3 or resid 5 through 20...
41(chain D and (resid 3 or resid 5 through 31...
51(chain E and (resid 3 or resid 5 through 20...
61(chain F and (resid 3 or resid 5 through 20...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 or resid 5 through 20...AA315
12ILEILEGLYGLY(chain A and (resid 3 or resid 5 through 20...AA5 - 2017 - 32
13LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 or resid 5 through 20...AA2133
14LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 or resid 5 through 20...AA3 - 29815 - 310
15LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 or resid 5 through 20...AA3 - 29815 - 310
16LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 or resid 5 through 20...AA3 - 29815 - 310
17LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 3 or resid 5 through 20...AA3 - 29815 - 310
21LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 3 or resid 5 through 20...BB315
22ILEILEGLYGLY(chain B and (resid 3 or resid 5 through 20...BB5 - 2017 - 32
23LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 3 or resid 5 through 20...BB2133
24ASPASPPHEPHE(chain B and (resid 3 or resid 5 through 20...BB2 - 29814 - 310
25ASPASPPHEPHE(chain B and (resid 3 or resid 5 through 20...BB2 - 29814 - 310
26ASPASPPHEPHE(chain B and (resid 3 or resid 5 through 20...BB2 - 29814 - 310
27ASPASPPHEPHE(chain B and (resid 3 or resid 5 through 20...BB2 - 29814 - 310
31LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 3 or resid 5 through 20...CC315
32ILEILEGLYGLY(chain C and (resid 3 or resid 5 through 20...CC5 - 2017 - 32
33LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 3 or resid 5 through 20...CC2133
34HISHISPHEPHE(chain C and (resid 3 or resid 5 through 20...CC-7 - 2985 - 310
35HISHISPHEPHE(chain C and (resid 3 or resid 5 through 20...CC-7 - 2985 - 310
36HISHISPHEPHE(chain C and (resid 3 or resid 5 through 20...CC-7 - 2985 - 310
37HISHISPHEPHE(chain C and (resid 3 or resid 5 through 20...CC-7 - 2985 - 310
41LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 3 or resid 5 through 31...DD315
42ILEILEILEILE(chain D and (resid 3 or resid 5 through 31...DD5 - 3117 - 43
43LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 3 or resid 5 through 31...DD3244
44HISHISPHEPHE(chain D and (resid 3 or resid 5 through 31...DD-7 - 2985 - 310
45HISHISPHEPHE(chain D and (resid 3 or resid 5 through 31...DD-7 - 2985 - 310
46HISHISPHEPHE(chain D and (resid 3 or resid 5 through 31...DD-7 - 2985 - 310
47HISHISPHEPHE(chain D and (resid 3 or resid 5 through 31...DD-7 - 2985 - 310
51LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 3 or resid 5 through 20...EE315
52ILEILEGLYGLY(chain E and (resid 3 or resid 5 through 20...EE5 - 2017 - 32
53LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 3 or resid 5 through 20...EE2133
54LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 or resid 5 through 20...EE3 - 29815 - 310
55LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 or resid 5 through 20...EE3 - 29815 - 310
56LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 or resid 5 through 20...EE3 - 29815 - 310
57LYSLYSPHEPHE(chain E and (resid 3 or resid 5 through 20...EE3 - 29815 - 310
61LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 3 or resid 5 through 20...FF315
62ILEILEGLYGLY(chain F and (resid 3 or resid 5 through 20...FF5 - 2017 - 32
63LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 3 or resid 5 through 20...FF2133
64LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 or resid 5 through 20...FF3 - 29815 - 310
65LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 or resid 5 through 20...FF3 - 29815 - 310
66LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 or resid 5 through 20...FF3 - 29815 - 310
67LYSLYSPHEPHE(chain F and (resid 3 or resid 5 through 20...FF3 - 29815 - 310

-
要素

-
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate ... , 2種, 6分子 ABCDFE

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 34161.215 Da / 分子数: 5 / 変異: H56N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: dapA, Cj0806 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: タンパク質 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 34092.180 Da / 分子数: 1 / 変異: H56N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: dapA, Cj0806 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

-
非ポリマー , 8種, 1177分子

#3: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.4
詳細: 0.3 M Magnesium acetate, 12 % PEG 8000, 0.1 M Sodium acetate (pH 7.4), 60 mM L-lysine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射モノクロメーター: double beam / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→49.57 Å / Num. obs: 94079 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.355 / Num. unique obs: 9313 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LY8

4ly8


解像度: 2.25→49.57 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 4668 4.96 %
Rwork0.1775 89392 -
obs0.1796 94060 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.21 Å2 / Biso mean: 21.3366 Å2 / Biso min: 4.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→49.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13751 0 258 1113 15122
Biso mean--45.94 27.51 -
残基数----1803
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5244X-RAY DIFFRACTION2.78TORSIONAL
12B5244X-RAY DIFFRACTION2.78TORSIONAL
13C5244X-RAY DIFFRACTION2.78TORSIONAL
14D5244X-RAY DIFFRACTION2.78TORSIONAL
15E5244X-RAY DIFFRACTION2.78TORSIONAL
16F5244X-RAY DIFFRACTION2.78TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.25-2.280.28641550.241729333088
2.28-2.30.24521440.23329503094
2.3-2.330.2921710.22629603131
2.33-2.360.25271640.227929333097
2.36-2.390.28121580.214929573115
2.39-2.420.25321560.218928963052
2.42-2.460.26111620.214629943156
2.46-2.50.23561360.209529443080
2.5-2.530.29221740.211929963170
2.53-2.580.27751510.199929093060
2.58-2.620.27441480.191529573105
2.62-2.670.24891650.192529463111
2.67-2.720.25921420.187129753117
2.72-2.770.23651430.186830243167
2.77-2.830.2211420.190629203062
2.83-2.90.23911470.193129973144
2.9-2.970.24691630.196129613124
2.97-3.050.25931460.197629673113
3.05-3.140.23511520.182629633115
3.14-3.240.21941430.186930053148
3.24-3.360.23031720.18529743146
3.36-3.490.24221680.178229583126
3.5-3.650.1811640.164329753139
3.65-3.850.19621620.15329763138
3.85-4.090.16581440.141630303174
4.09-4.40.14321290.131930183147
4.4-4.850.16751670.13130053172
4.85-5.550.18071670.149830543221
5.55-6.980.19631560.16630433199
6.99-49.570.14791770.146131723349
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9989-0.50711.02161.722-1.0774.7067-0.0767-0.00270.0322-0.2641-0.01430.1648-0.0511-0.06230.08330.17160.0079-0.06220.08750.01430.16659.065-47.394-18.769
21.5551-0.8166-0.37482.5321-1.15031.6107-0.0075-0.0423-0.26080.0469-0.02730.18440.0055-0.13070.04490.073-0.01330.00620.1702-0.00020.10148.805-50.037-20.585
32.24450.25740.36322.09610.10354.1516-0.09790.19570.1186-0.20320.14270.4329-0.293-0.5509-0.02290.09520.02660.01050.20160.02440.15710.371-45.058-18.456
40.98120.86680.00221.5090.1250.864-0.0291-0.0586-0.05390.0397-0.02980.1124-0.0888-0.05970.05680.11340.03530.0210.15220.02270.11529.318-35.314-8.989
52.0421-0.38830.76921.68650.49531.3027-0.0126-0.0465-0.00010.0520.04080.13490.1146-0.07490.00870.12710.0001-0.00070.14960.020.103120.936-38.362-1.137
60.67690.15760.36890.9024-0.28051.6884-0.0052-0.0478-0.0723-0.00040.0227-0.1033-0.07430.0166-0.0120.07780.0040.02130.12920.00550.142924.994-51.773-16.185
70.9371-0.57490.17962.71470.46240.63430.2370.0667-0.0312-0.3728-0.09080.0594-0.0230.0798-0.10560.1408-0.0389-0.01040.1428-0.00880.108220.066-49.776-32.187
81.68050.2785-0.26531.8467-0.14581.44050.0481-0.11060.2174-0.15380.0292-0.0844-0.12820.1051-0.05550.1286-0.0228-0.00160.17650.00660.131663.669-78.84-27.225
91.5132-0.3201-1.49740.8056-0.16642.8843-0.0825-0.05090.02780.0271-0.02980.0472-0.07310.10340.0880.1209-0.0226-0.01530.1265-0.0010.127764.382-74.969-26.402
103.0094-0.2077-0.58174.12041.02714.50380.2978-0.1270.0099-0.023-0.1253-0.5462-0.11730.5066-0.18630.07280-0.01430.14410.02480.170672.608-80.269-27.584
110.44090.29460.02651.06790.62870.98330.0324-0.0975-0.02570.09360.0162-0.0750.06010.0271-0.05720.12570.0185-0.00640.14210.02260.128863.058-92.003-33.667
120.3488-0.3832-0.15990.88810.61440.5444-0.0074-0.0243-0.10290.03480.02640.0290.02120.0046-0.0030.136-0.0044-0.00250.17830.00250.141948.921-90.597-28.871
132.8780.9245-0.78382.6766-1.07472.6872-0.0211-0.23740.20560.1301-0.03580.1303-0.0409-0.25360.03410.10740.0224-0.01880.1572-0.04450.125244.008-75.486-22.653
140.9437-0.795-1.3121.37510.70492.03640.0268-0.0857-0.0134-0.12060.0127-0.0668-0.21620.1043-0.07590.1486-0.00370.00040.1796-0.02720.130460.434-66.604-37.123
153.1773-0.25881.32992.3798-0.25223.5028-0.1125-0.10710.3931-0.0444-0.0807-0.0429-0.0777-0.12370.16640.16280.0355-0.01790.0952-0.03810.185250.793-61.291-31.193
160.5195-0.3438-0.14571.42280.2170.9827-0.04660.0730.00490.00010.0489-0.14930.02230.15520.00550.096-0.01210.01020.18110.01230.127271.189-85.379-58.734
170.05740.36190.00262.06320.20840.7409-0.0620.0814-0.0173-0.08990.0506-0.034-0.0474-0.06180.03910.1130.00790.01960.15030.00320.114958.135-80.07-67.14
183.17120.5884-0.57152.0299-1.18833.73420.00090.339-0.1717-0.15350.04150.0389-0.01290.0048-0.0070.12590.0188-0.00360.1435-0.05030.119756.52-95.285-74.712
191.0472-0.01230.52841.32510.60532.7694-0.0812-0.0599-0.1125-0.00680.04350.04280.1632-0.00250.00450.14160.01110.01590.1159-0.00760.137861.868-106.243-58.361
201.47290.4803-0.29062.54290.12061.43930.0741-0.0706-0.08820.2874-0.0958-0.2480.05960.0531-0.03890.10160.0566-0.0270.14680.04760.128157.583-36.8211.201
211.37510.0463-0.61632.1126-0.41911.6581-0.0015-0.15960.0536-0.0106-0.0281-0.08420.02270.15190.03590.13020.0017-0.03050.17520.00990.142360.965-35.9842.815
220.20960.11910.00181.0888-1.09012.3232-0.03190.0501-0.1047-0.03990.2138-0.10040.0324-0.1354-0.17510.08510.01090.00720.1088-0.00020.184763.709-39.756-8.678
231.07750.01771.1721.282-0.31341.9003-0.01510.0113-0.1666-0.17810.0896-0.04940.0833-0.0447-0.02870.0981-0.01020.04410.15220.0060.121556.913-37.913-18.362
241.2994-1.1875-0.47883.45870.24131.3608-0.1541-0.1884-0.1470.21550.15090.17710.0060.08040.01690.1451-0.00360.00540.16360.00620.153851.371-38.555-14.086
252.1179-0.0638-0.89182.27011.28682.9366-0.0199-0.0015-0.02110.00970.0969-0.1468-0.01460.0389-0.03790.1492-0.0120.00550.10070.02590.14749.477-45.864-17.128
260.0215-0.04150.11740.3398-0.03720.6925-0.0137-0.0153-0.0125-0.00960.02630.0043-0.0315-0.08470.01870.10450.01580.01080.19160.01110.1642.416-45.656-6.83
272.1044-0.30310.13143.54790.0041.0775-0.0476-0.2465-0.20850.0330.09490.185-0.0768-0.0581-0.03830.10190.01690.01950.17430.01880.119739.312-44.5955.438
281.18610.4116-1.39091.6829-0.93191.92480.0073-0.16030.12290.29140.0383-0.1113-0.04490.0205-0.04080.17160.0058-0.03370.1595-0.0190.134850.569-24.1026.041
292.2576-0.76290.30584.0019-1.69591.789-0.2094-0.41840.03780.8170.31630.0398-0.2241-0.112-0.07290.19560.01620.0180.24150.0170.089141.721-28.93613.277
302.6276-1.3785-0.46192.38430.49091.40620.07380.0162-0.0616-0.3418-0.1606-0.17910.04160.0913-0.00340.1851-0.03490.02040.12640.07390.158260.507-13.758-28.416
310.7804-1.13660.85962.9818-0.95341.05690.04630.03630.1223-0.1932-0.0799-0.22620.0061-0.00640.08060.15740.00940.0190.18840.03520.197961.581-14.073-31.404
320.65490.0451-0.40230.7273-0.1291.1233-0.024-0.03250.03530.060.0097-0.119-0.07250.07410.00590.1382-0.0153-0.0380.1620.02260.165458.083-12.036-15.702
330.5179-0.2486-0.35910.6194-0.05451.7481-0.08060.03310.03910.01230.00510.1101-0.1529-0.17060.08460.1376-0.0058-0.0170.10650.01870.15243.631-6.49-20.796
341.9545-0.22890.10633.3991-0.22230.59970.04580.19160.1407-0.1327-0.08950.0833-0.03160.00330.04280.1328-0.0198-0.00960.19260.02560.117342.907-8.101-37.698
350.4992-0.45880.97272.3083-1.0842.84270.0075-0.0689-0.0566-0.2263-0.0416-0.15350.32230.13940.05370.14230.01820.02850.15070.0050.168156.635-26.864-34.777
363.25470.6124-0.9032.6087-2.34082.57390.09190.26660.1201-0.74230.13220.24430.5218-0.0679-0.10460.28620.0109-0.00990.16610.00720.126649.467-23.434-44.391
372.28550.6705-0.99141.927-0.09433.1420.194-0.1830.05480.2474-0.02540.1973-0.27730.1638-0.19730.15190.0605-0.02540.11560.03710.15487.109-10.005-23.243
381.12921.4128-0.22782.5667-0.99451.76040.00990.03680.01250.04070.05170.072-0.0561-0.1112-0.08810.140.0192-0.00690.19040.00730.16336.008-7.3-21.596
393.15910.6047-0.63284.0439-0.873.8895-0.25110.4036-0.1774-0.29390.44610.50330.2778-0.4752-0.2150.1217-0.0168-0.00330.21790.02650.1939-0.783-13.277-25.812
401.4787-0.359-0.05752.52890.36161.13050.06620.1333-0.0886-0.09020.0020.0521-0.1214-0.0748-0.07510.1309-0.0063-0.01520.18960.04280.09854.71-17.585-32.201
411.3329-0.1185-0.6661.28740.25720.6511-0.02920.10610.0186-0.1157-0.04640.10550.0411-0.0190.07490.1524-0.0125-0.03270.16230.02160.124417.174-22.412-33.981
420.922-0.3267-0.4851.43210.26550.6835-0.0560.06980.09430.0730.1004-0.08080.247-0.0443-0.04430.1642-0.0109-0.01570.16670.00530.129825.433-9.787-30.576
431.88940.12290.13441.5393-1.57842.56450.05110.08490.09180.04050.0221-0.03550.0548-0.0518-0.06140.19030.0368-0.04440.1431-0.01540.151125.1970.441-23.099
440.13880.5805-0.08292.3891-0.40440.97670.0823-0.0110.0780.09160.03380.2708-0.1822-0.1058-0.08240.1980.03140.04630.14360.03750.207910.807-11.346-8.688
452.4321-0.07550.32333.5577-1.19371.4527-0.046-0.1650.1730.30470.1922-0.0865-0.5132-0.1187-0.12830.32090.02580.03280.1532-0.02650.151117.875-1.391-7.194
460.2067-0.0167-0.09450.35450.28210.3903-0.0331-0.05850.00650.06740.079-0.0628-0.03990.1061-0.03290.1206-0.02810.01280.15040.11440.053745.539-46.381-26.287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:23 )A3 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 24:55 )A24 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 56:70 )A56 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 71:148 )A71 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 149:191 )A149 - 191
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 192:262 )A192 - 262
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 263:298 )A263 - 298
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 3:23 )B3 - 23
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 24:55 )B24 - 55
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 56:70 )B56 - 70
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 71:148 )B71 - 148
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 149:214 )B149 - 214
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 215:248 )B215 - 248
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 249:279 )B249 - 279
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 280:298 )B280 - 298
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 1:148 )C1 - 148
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 149:214 )C149 - 214
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 215:248 )C215 - 248
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 249:298 )C249 - 298
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 3:23 )D3 - 23
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 24:70 )D24 - 70
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 71:98 )D71 - 98
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 99:129 )D99 - 129
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 130:148 )D130 - 148
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 149:171 )D149 - 171
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN D AND RESID 172:214 )D172 - 214
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN D AND RESID 215:248 )D215 - 248
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN D AND RESID 249:279 )D249 - 279
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN D AND RESID 280:298 )D280 - 298
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN E AND RESID 3:23 )E3 - 23
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN E AND RESID 24:55 )E24 - 55
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN E AND RESID 56:148 )E56 - 148
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN E AND RESID 149:214 )E149 - 214
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN E AND RESID 215:248 )E215 - 248
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN E AND RESID 249:279 )E249 - 279
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN E AND RESID 280:298 )E280 - 298
37X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN F AND RESID 3:23 )F3 - 23
38X-RAY DIFFRACTION38( CHAIN F AND RESID 24:55 )F24 - 55
39X-RAY DIFFRACTION39( CHAIN F AND RESID 56:70 )F56 - 70
40X-RAY DIFFRACTION40( CHAIN F AND RESID 71:98 )F71 - 98
41X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN F AND RESID 99:171 )F99 - 171
42X-RAY DIFFRACTION42( CHAIN F AND RESID 172:214 )F172 - 214
43X-RAY DIFFRACTION43( CHAIN F AND RESID 215:248 )F215 - 248
44X-RAY DIFFRACTION44( CHAIN F AND RESID 249:279 )F249 - 279
45X-RAY DIFFRACTION45( CHAIN F AND RESID 280:298 )F280 - 298
46X-RAY DIFFRACTION46( CHAIN A AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN B AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN E AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN F AND RESID 301:301 )A301
47X-RAY DIFFRACTION46( CHAIN A AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN B AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN E AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN F AND RESID 301:301 )B301 - 302
48X-RAY DIFFRACTION46( CHAIN A AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN B AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN E AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN F AND RESID 301:301 )E301
49X-RAY DIFFRACTION46( CHAIN A AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN B AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN E AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN F AND RESID 301:301 )D301
50X-RAY DIFFRACTION46( CHAIN A AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN B AND RESID 301:302 ) OR ( CHAIN E AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN F AND RESID 301:301 )F301

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る