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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kw4 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | L-DNA containing 2'-fluoro modification | ||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / L-DNA / Fluoro modification | 機能・相同性 | DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Zhang, W. / Zhang, Y. | ![]() ![]() タイトル: Synthesis and Structural Characterization of 2'-Deoxy-2'-fluoro-l-uridine Nucleic Acids. 著者: Dantsu, Y. / Zhang, Y. / Zhang, W. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 22.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 358.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 359 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1d79S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2414.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.74 % / 解説: rod-shaped crystal |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.08 M NaCl, 0.02 M MgCl2, 0.04 M Sodium Cacodylate trihydrate pH 5.5, 35% (v/v) MPD, 0.002 M hexammine cobalt(III) chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.03→28 Å / Num. obs: 12016 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 29.4 % / Biso Wilson estimate: 9.81 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 19.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.03→1.05 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.223 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 398 / CC1/2: 0.346 / Rpim(I) all: 0.562 / % possible all: 65.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1d79 解像度: 1.03→22.497 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.03→22.497 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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