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万見
- PDB-7kw3: Non Ribosomal PCP domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kw3
タイトルNon Ribosomal PCP domain
要素PCP domain
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / NRPS / PCP-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / catalytic activity / phosphopantetheine binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase ...Non-ribosomal peptide synthase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-ribosomal peptide synthase:Amino acid adenylation
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Izore, T. / Ho, Y.T.C. / Kaczmarski, J.A. / Gavriilidou, A. / Chow, K.H. / Steer, D. / Goode, R.J.A. / Schittenhelm, R.B. / Tailhades, J. / Tosin, M. ...Izore, T. / Ho, Y.T.C. / Kaczmarski, J.A. / Gavriilidou, A. / Chow, K.H. / Steer, D. / Goode, R.J.A. / Schittenhelm, R.B. / Tailhades, J. / Tosin, M. / Challis, G.L. / Krenske, E.H. / Ziemert, N. / Jackson, C.J. / Cryle, M.J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP190101272 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1140619 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structures of a non-ribosomal peptide synthetase condensation domain suggest the basis of substrate selectivity.
著者: Izore, T. / Candace Ho, Y.T. / Kaczmarski, J.A. / Gavriilidou, A. / Chow, K.H. / Steer, D.L. / Goode, R.J.A. / Schittenhelm, R.B. / Tailhades, J. / Tosin, M. / Challis, G.L. / Krenske, E.H. / ...著者: Izore, T. / Candace Ho, Y.T. / Kaczmarski, J.A. / Gavriilidou, A. / Chow, K.H. / Steer, D.L. / Goode, R.J.A. / Schittenhelm, R.B. / Tailhades, J. / Tosin, M. / Challis, G.L. / Krenske, E.H. / Ziemert, N. / Jackson, C.J. / Cryle, M.J.
履歴
登録2020年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年4月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / audit_author / chem_comp / citation / citation_author / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _audit_author.name / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PCP domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4652
ポリマ－9,3691
非ポリマー961
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)100.914, 100.914, 100.914
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Space group name HallP4acd2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+3/4,-z+3/4,y+1/4
#3: x+1/4,z+3/4,-y+3/4
#4: z+1/4,y+3/4,-x+3/4
#5: -z+3/4,y+1/4,x+3/4
#6: -y+3/4,x+1/4,z+3/4
#7: y+3/4,-x+3/4,z+1/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y+1/2,-z,x+1/2
#11: z+1/2,-x+1/2,-y
#12: -y,z+1/2,-x+1/2
#13: -z+1/2,-x,y+1/2
#14: -z,x+1/2,-y+1/2
#15: y+1/2,-z+1/2,-x
#16: x+1/2,-y+1/2,-z
#17: -x,y+1/2,-z+1/2
#18: -x+1/2,-y,z+1/2
#19: y+1/4,x+3/4,-z+3/4
#20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4
#21: z+3/4,-y+3/4,x+1/4
#22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4
#23: -x+3/4,z+1/4,y+3/4
#24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3701-

SO4

21A-3817-

HOH

31A-3826-

HOH

41A-3831-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PCP domain / Non-ribosomal peptide synthase:Amino acid adenylation


分子量: 9368.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 株: YX / 遺伝子: Tfu_1867 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47NR9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.09 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: BIS-TRIS, Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.13 Å / Num. obs: 8284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40.9 % / Biso Wilson estimate: 47.81 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 780 / CC1/2: 0.734 / Rpim(I) all: 0.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model from iTasser

解像度: 2.3→45.13 Å / SU ML: 0.3063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.2135
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 394 4.78 %
Rwork0.1842 7854 -
obs0.1852 8248 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数573 0 5 56 634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8222803
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.8622200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.630.29191430.2532511X-RAY DIFFRACTION99.77
2.64-3.320.24681190.21182589X-RAY DIFFRACTION99.93
3.32-45.130.1751320.16162754X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.3549647145 Å / Origin y: 0.0827273954356 Å / Origin z: -0.291748690697 Å
111213212223313233
T0.369130796251 Å20.0337736692255 Å20.0383507086658 Å2-0.341189508826 Å2-0.00127689053466 Å2--0.336819737005 Å2
L4.83445087529 °2-0.608218584268 °2-1.40172755377 °2-3.02425596648 °20.0259515471149 °2--6.63127162129 °2
S0.09199808259 Å °-0.0316284928796 Å °0.247553167294 Å °0.166204864962 Å °0.0545508557151 Å °0.10260641048 Å °-0.591894332899 Å °-0.063865006683 Å °0.00472657481424 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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