PDB-7kuo: FANA modification at 3' end of RNA primer complex with guanosine ...

キーワード

RNA / nonenzymatic RNA extension

機能・相同性

DIGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.281 Å

データ登録者

Fang, Z. / Giurgiu, C. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structure-Activity Relationships in Nonenzymatic Template-Directed RNA Synthesis.
著者: Giurgiu, C. / Fang, Z. / Aitken, H.R.M. / Kim, S.C. / Pazienza, L. / Mittal, S. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2020年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kuo.cif.gz	35.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kuo.ent.gz	22.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kuo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kuo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kukC 7kulC 7kumC 7kunC 7kupC 7lneC 7lnfC 7lngC 5ueeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6u8u-d 7lng-d 5l00-2 7lnf-d 5ued-d 5l00-1 2d19-d 7kun-d 7kuk-d 6c8e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
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リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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類似性 (1)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (5'-R((LCC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*(GFL))-3')

B: RNA (5'-R((LCC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*(GFL))-3')

ヘテロ分子

10.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.072, 49.072, 81.254
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-104- MG
2	1	B-103- MG

#1: RNA鎖	RNA (5'-R((LCC)P(LCC)P(LCC)P(LCG)PAPCPUPUPAPAPGPUPCP(GFL))-3') 分子量: 4434.815 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-GP3 / DIGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Gp₃G 分子量: 788.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₇N₁₀O₁₈P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4 M Sodium malonate pH 7.0, 50 mM Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 5536 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.114 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 0.991 / Net I/σ(I): 29.2
反射シェル	解像度: 2.28→2.32 Å / 冗長度: 19.2 % / R_merge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique obs: 285 / CC_1/2: 0.972 / CC star: 0.993 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.504 / Χ²: 0.992 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UEE

5uee

解像度: 2.281→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 4.801 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	298	5.383 %
R_work	0.2037	5238	-
all	0.207	-	-
obs	-	5536	99.982 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.012 Å²	0.006 Å²	0 Å²
2-	-	0.012 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.039 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.281→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	378	327	47	752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.018	788
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.028	0.025	350
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.366	2.144	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.786	3.208	822
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.52	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.733	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.023	148
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.112	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.246	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.277	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.144	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.262	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.296	2.915	788
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.294	2.914	789
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.247	4.416	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.246	4.415	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.638	26.805	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.529	26.661	1102

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.281-2.34	0.253	23	0.232	378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.404	0.221	20	0.203	373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.404-2.474	0.237	12	0.181	365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.474-2.55	0.271	9	0.159	365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.633	0.129	12		333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.633-2.725	0.421	23	0.253	325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.725-2.828	0.23	22		309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.828-2.944	0.299	22	0.219	299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.944-3.074	0.22	6		308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.074-3.224	0.244	19	0.224	264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.224-3.398	0.281	16	0.2	284	X-RAY DIFFRACTION	100
3.398-3.604	0.311	13	0.196	254	X-RAY DIFFRACTION	100
3.604-3.852	0.341	12	0.194	245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.852-4.16	0.3	18	0.182	221	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.556	0.136	14	0.135	207	X-RAY DIFFRACTION	100
4.556-5.092	0.264	16	0.177	191	X-RAY DIFFRACTION	100
5.092-5.876	0.236	11	0.153	174	X-RAY DIFFRACTION	100
5.876-7.187	0.246	19	0.223	138	X-RAY DIFFRACTION	100
7.187-10.124	0.444	9	0.256	119	X-RAY DIFFRACTION	100
10.124-50	0.439	2	0.281	86	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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