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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kun | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | 2'-F modification at 3' end of RNA primer complex with guanosine dinucleotide ligand G(5')ppp(5')G | |||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / nonenzymatic RNA extension | 機能・相同性 | DIGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | データ登録者 | Fang, Z. / Giurgiu, C. / Szostak, J.W. | 資金援助 | 米国, 2件 |
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021 | タイトル: Structure-Activity Relationships in Nonenzymatic Template-Directed RNA Synthesis. 著者: Giurgiu, C. / Fang, Z. / Aitken, H.R.M. / Kim, S.C. / Pazienza, L. / Mittal, S. / Szostak, J.W. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kun.cif.gz | 38.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kun.ent.gz | 25.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kun_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kun_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kun_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kun_validation.cif.gz | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kun | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4434.815 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0 M Sodium formate, 50 mM Magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977408 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 16165 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.009 / Rrim(I) all: 0.039 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 81.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 10.6 / Num. unique obs: 770 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.34 / Χ2: 0.95 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5UEE 解像度: 1.58→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 1.48 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.073 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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