PDB-7ksc: Crystal structure of Pun g 1.0101

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ksc

タイトル

Crystal structure of Pun g 1.0101

要素

Non-specific lipid-transfer protein

キーワード

ALLERGEN / nsLTP / food allergen

機能・相同性

Plant lipid transfer proteins signature. / Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / lipid transport / lipid binding / Non-specific lipid-transfer protein

機能・相同性情報

生物種

Punica granatum (ザクロ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Pote, S. / O'Malley, A. / Gawlicka-Chruszcz, A. / Tuppo, L. / Ciardiello, M.A. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: Structural Characterization of Act c 10.0101 and Pun g 1.0101-Allergens from the Non-Specific Lipid Transfer Protein Family.
著者: O'Malley, A. / Pote, S. / Giangrieco, I. / Tuppo, L. / Gawlicka-Chruszcz, A. / Kowal, K. / Ciardiello, M.A. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2020年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ksc.cif.gz	139.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ksc.ent.gz	111.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ksc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/7ksc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/7ksc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ksbC 5tviS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pt3-2 6kc4-3 1pp8-5 1gsv-d 2cxd-2 1sf5-d 5ugk-d 6jo2-d 1b9r-d 1bm8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Non-specific lipid-transfer protein

B: Non-specific lipid-transfer protein

C: Non-specific lipid-transfer protein

D: Non-specific lipid-transfer protein

ヘテロ分子

38.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Non-specific lipid-transfer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
9.46 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Non-specific lipid-transfer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
9.55 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Non-specific lipid-transfer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
9.65 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Non-specific lipid-transfer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
9.65 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

A: Non-specific lipid-transfer protein

C: Non-specific lipid-transfer protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

B: Non-specific lipid-transfer protein

D: Non-specific lipid-transfer protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
19.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.522, 89.424, 58.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.790, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 93 / Label seq-ID: 1 - 93

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Non-specific lipid-transfer protein 分子量: 9359.901 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Punica granatum (ザクロ) / 遺伝子: CRG98_038474 / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: A0A059STC4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 and 2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 10593 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 2.8 % / R_pim(I) all: 0.124 / R_rim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 548 / CC_1/2: 0.751 / R_pim(I) all: 0.316 / R_rim(I) all: 0.511 / % possible all: 90.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TVI

5tvi

解像度: 2.4→35.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 23.831 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2519	541	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2038	-	-	-
obs	0.2064	10014	90.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.65 Å² / B_iso mean: 33.686 Å² / B_iso min: 14.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.84 Å²	0 Å²	0.11 Å²
2-	-	-1.69 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→35.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2580	0	45	47	2672
B_iso mean	-	-	61.11	35.64	-
残基数	-	-	-	-	372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.483	1.654	3654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.337	1.574	5882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.788	5	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.555	19.444	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.827	15	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.078	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	464

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	2519	0.09
1	2	B	2519	0.09
2	1	A	2434	0.14
2	2	C	2434	0.14
3	1	A	2445	0.13
3	2	D	2445	0.13
4	1	B	2417	0.15
4	2	C	2417	0.15
5	1	B	2421	0.14
5	2	D	2421	0.14
6	1	C	2553	0.1
6	2	D	2553	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.402→2.464 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	32	-
R_work	0.233	728	-
all	-	760	-
obs	-	-	85.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3405	0.473	0.9043	0.9179	0.3006	1.3152	0.0409	0.0018	0.1752	-0.0222	-0.0648	0.171	0.1448	0.0839	0.0239	0.0255	-0.0089	-0.0186	0.147	0.0004	0.1454	1.27	-15.455	33.495
2	3.5524	5.7075	-3.7661	12.2608	-3.6275	5.9109	-0.1064	-0.0139	-0.011	0.0066	0.0905	0.0008	0.2823	0.0405	0.0159	0.0261	-0.0143	-0.026	0.1873	0.0295	0.0776	9.875	-18.505	35.865
3	3.7818	3.7892	1.1925	5.1441	-1.8914	8.6124	0.0734	0.0495	0.1856	0.072	-0.0976	0.0951	0.1467	0.1132	0.0241	0.0769	0.047	-0.0651	0.1408	0.0095	0.1035	3.72	-27.755	28.909
4	4.0147	0.346	0.539	0.5609	0.533	1.3916	0.0554	-0.2267	-0.0025	-0.0615	-0.0371	-0.0568	0.0113	0.0114	-0.0182	0.0194	-0.0084	-0.007	0.1082	0.0072	0.0703	-7.174	-18.374	6.517
5	7.0619	2.3025	1.8268	0.9513	1.3416	3.3027	-0.125	-0.0877	-0.0444	-0.0635	0.0491	0.0169	-0.0722	0.3882	0.0759	0.0968	0.036	-0.0263	0.1712	0.0202	0.1089	2.241	-19.919	2.527
6	2.9558	2.0643	0.2772	2.4157	2.2819	9.5791	-0.05	-0.0615	-0.0635	0.0012	-0.0639	-0.1217	0.0129	-0.0936	0.1139	0.0146	0.0399	0.0012	0.1389	0.0462	0.1306	-4.54	-29.426	3.542
7	1.1027	-0.3594	-0.2242	0.1738	0.1488	1.8105	0.0651	-0.1607	-0.0636	-0.0258	0.0647	0.0667	0.0325	-0.0384	-0.1298	0.027	-0.0388	-0.0235	0.1869	0.014	0.0975	9.639	1.523	28.87
8	2.8267	3.2267	0.3731	7.0013	0.9683	0.6692	-0.0036	0.2248	-0.348	-0.0499	-0.0119	0.1984	0.1387	-0.1486	0.0155	0.0572	0.0068	-0.0333	0.2558	-0.0546	0.1997	2.511	6.038	26.748
9	9.9648	2.2003	2.1573	2.5688	1.5482	4.6083	0.0394	-0.3215	0.5611	0.3784	-0.3677	0.3854	-0.0588	-0.5784	0.3284	0.1225	-0.0156	-0.0075	0.2425	-0.0338	0.1475	7.38	7.012	15.443
10	3.0625	-0.5497	-0.4093	0.9505	0.6577	1.445	0.0749	-0.2228	-0.0716	0.0182	-0.0277	-0.0412	-0.048	0.0896	-0.0472	0.0437	-0.001	-0.0338	0.2178	0.0154	0.115	1.951	-0.882	1.72
11	2.9695	1.7154	-1.1309	2.7906	-1.5302	0.858	0.1161	0.1084	-0.1647	0.0449	-0.1389	-0.0122	-0.0328	0.0581	0.0228	0.0198	0.0284	-0.0454	0.2299	-0.0175	0.1253	-5.476	1.24	-1.271
12	8.0115	6.7431	5.9176	7.6208	0.9227	13.1028	-0.0266	-0.2658	0.5511	0.1099	-0.1135	0.5934	-0.3795	-0.7118	0.1401	0.0432	0.0998	-0.0065	0.3153	-0.0157	0.1446	-0.603	5.143	-12.471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	59 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	79 - 93
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 53
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	54 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	74 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 56
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	57 - 82
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	83 - 93
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 52
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	53 - 80
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	81 - 93

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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