PDB-7krk: Putative FabG from Acinetobacter baumannii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7krk

タイトル

Putative FabG from Acinetobacter baumannii

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FabG / Acinetobacter baumannii / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Shaw, K.I. / Smith, K.M. / Cross, E.M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Putative FabG from Acinetobacter baumannii
著者: Forwood, J.K.

履歴

登録	2020年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7krk.cif.gz	381.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7krk.ent.gz	290.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7krk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7krk_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7krk_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	7krk_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	7krk_validation.cif.gz	62.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7krk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7krk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i01S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cql-2 3grk-2 4uvh-d 1mfp-1 4cql-1 4cqm-3 4cqm-2 4cql-4 7krm-d 4cql-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (4) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	189.522, 189.522, 71.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Space group name Hall	R3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG / Glucose 1-dehydrogenase / SDR family oxidoreductase 分子量: 25861.596 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: fabG_1, ABC003_00909, ABUW_2930, DLI69_07500, EA686_12865, FDO31_05475, GNY86_08660 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A077GFB1, glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 931 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.2 M ammonium tartrate dibasic, pH 6.6, 20% v/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→29.82 Å / Num. obs: 188133 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 11.82 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 9178 / CC_1/2: 0.761

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化
Aimless		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1I01

1i01

解像度: 1.4→29.82 Å / SU ML: 0.1048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 13.9256 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1568	9533	5.07 %
R_work	0.1452	178596	-
obs	0.1458	188129	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6954	0	12	931	7897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7061
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4741	9532
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0544	1129
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	1257
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7573	2579

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.2096	323	0.2185	5795	X-RAY DIFFRACTION	97.33
1.42-1.43	0.2214	263	0.2092	6010	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.43-1.45	0.204	303	0.1981	5953	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.1994	314	0.178	5962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.49	0.1749	362	0.1768	5916	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.1925	311	0.1699	5956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.187	308	0.1643	5991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.1757	326	0.1583	5968	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.55-1.58	0.1682	334	0.1594	5934	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.1809	337	0.1587	5930	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.1785	333	0.1524	5954	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.1637	345	0.1558	5944	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.1819	351	0.1498	5891	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.1494	335	0.1433	5968	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.1472	300	0.139	5916	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8	0.1599	337	0.1362	5982	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.1462	324	0.1332	5893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.1528	295	0.1374	6043	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.96	0.1588	361	0.1342	5915	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.1463	293	0.1302	5988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.09	0.1424	275	0.1319	6022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.1392	334	0.1307	5906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.27	0.1321	260	0.1254	6014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.39	0.1406	280	0.1252	6016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.54	0.147	302	0.1304	5993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.74	0.1481	294	0.1416	5981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.02	0.1553	348	0.1426	5922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.45	0.142	377	0.1457	5889	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-4.35	0.1531	309	0.1326	5954	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-29.82	0.1698	299	0.1716	5990	X-RAY DIFFRACTION	99.95

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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