+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7krk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Putative FabG from Acinetobacter baumannii | ||||||
![]() | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FabG / Acinetobacter baumannii / enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shaw, K.I. / Smith, K.M. / Cross, E.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Putative FabG from Acinetobacter baumannii Authors: Forwood, J.K. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 381.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 290.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 455.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 459.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 41.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 62.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1i01S S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 25861.596 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: fabG_1, ABC003_00909, ABUW_2930, DLI69_07500, EA686_12865, FDO31_05475, GNY86_08660 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A077GFB1, glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.43 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.6 Details: 0.2 M ammonium tartrate dibasic, pH 6.6, 20% v/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 7, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→29.82 Å / Num. obs: 188133 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 11.82 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 9178 / CC1/2: 0.761 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1I01 Resolution: 1.4→29.82 Å / SU ML: 0.1048 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / Phase error: 13.9256 / Stereochemistry target values: CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→29.82 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|