PDB-7krg: Crystal Structure of Mannitol Dehydrogenase (ChMDH) from Cladospo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7krg

タイトル

Crystal Structure of Mannitol Dehydrogenase (ChMDH) from Cladosporium herbarum in complex with NADP+ and Na

要素

NADP-dependent mannitol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Mannitol Dehydrogenase / ChMDH

機能・相同性

機能・相同性情報

mannitol 2-dehydrogenase (NADP+) / mannitol 2-dehydrogenase (NADP+) activity / mannitol metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor / NADP binding / protein homotetramerization / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Cladosporium herbarum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03797368098 Å

データ登録者

Lee, S.G. / Jez, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Transgenic Res / 年: 2022
タイトル: Biochemical and clinical studies of putative allergens to assess what distinguishes them from other non-allergenic proteins in the same family.
著者: Glenn, K.C. / Silvanovich, A. / Lee, S.G. / Allen, A. / Park, S. / Dunn, S.E. / Kessenich, C. / Meng, C. / Vicini, J.L. / Jez, J.M.

履歴

登録	2020年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7krg.cif.gz	985.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7krg.ent.gz	677.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7krg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7krg_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7krg_full_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示
XML形式データ	7krg_validation.xml.gz	92.6 KB	表示
CIF形式データ	7krg_validation.cif.gz	128.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7krg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7krg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kqvC 3gdfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7krg-2 4o0l-d 2x2j-2 1ahi-1 5u9p-d 6r0i-d 1qcn-d 4amw-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

B: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

C: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

D: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

E: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

F: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

G: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

H: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

ヘテロ分子

236 kDa, 8 ポリマー
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1

A: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

B: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

C: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

D: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
118 kDa, 4 ポリマー
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2

F: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

H: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

ヘテロ分子

E: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

ヘテロ分子

G: NADP-dependent mannitol dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.867, 119.322, 111.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.884, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	NADP-dependent mannitol dehydrogenase / MtDH / Mannitol 2-dehydrogenase [NADP(+)] 分子量: 28779.330 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cladosporium herbarum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0Y5, mannitol 2-dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% PEG 1500, 100 mM sodium propionate/sodium cacodylate/BIS-TRIS propane (2:1:2 molar ratio), pH 7, 5 mM NADP+

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.0379→50 Å / Num. obs: 141106 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 27.8196736865 Å² / R_rim(I) all: 0.137 / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.0379→2.09 Å / Num. unique obs: 7165 / CC_1/2: 0.656

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
SBC-Collect	1.14_3260	データ収集
Coot		モデル構築
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GDF

3gdf

解像度: 2.03797368098→31.4045238396 Å / SU ML: 0.223630714574 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3435622572 / 位相誤差: 20.3699230828
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182916664342	1990	1.41089723138 %
R_work	0.154135383197	139055	-
obs	0.154547684041	141045	95.8485668076 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.9031283964 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03797368098→31.4045238396 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15923	0	388	1414	17725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00703664459293	16633
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.828817897269	22561
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0508401352847	2488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041607803175	2882
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.93040445067	9613

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.038-2.0889	0.278526894939	91	0.237221167132	7719	X-RAY DIFFRACTION	74.9304422911
2.0889-2.1454	0.303062068802	161	0.213243582361	10215	X-RAY DIFFRACTION	98.9509822621
2.1454-2.2085	0.256269757161	150	0.203470041106	10243	X-RAY DIFFRACTION	99.1320106829
2.2085-2.2798	0.257300064519	144	0.193854803025	10197	X-RAY DIFFRACTION	98.6548368632
2.2798-2.3612	0.220554172983	154	0.179607711976	10187	X-RAY DIFFRACTION	98.6924985684
2.3612-2.4557	0.206452504505	123	0.177013356337	10188	X-RAY DIFFRACTION	98.6415383144
2.4557-2.5675	0.232793319708	162	0.162288765052	10167	X-RAY DIFFRACTION	98.3152484295
2.5675-2.7027	0.184297317285	143	0.158380950681	10164	X-RAY DIFFRACTION	98.0591761012
2.7027-2.872	0.192118693283	147	0.15059757379	10116	X-RAY DIFFRACTION	97.8546910755
2.872-3.0935	0.193624144065	144	0.151216068143	10095	X-RAY DIFFRACTION	97.3196464214
3.0935-3.4045	0.167051345233	145	0.144937556147	10068	X-RAY DIFFRACTION	96.9711355868
3.4045-3.8964	0.17146211239	146	0.132027205415	9953	X-RAY DIFFRACTION	95.9433783013
3.8964-4.906	0.134957566095	134	0.121942791285	9914	X-RAY DIFFRACTION	95.0614947966
4.906-31.4	0.137719863744	146	0.150967260185	9829	X-RAY DIFFRACTION	93.276603703

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.383747225493	-0.198321634794	0.403818490612	0.561572262699	0.145235438599	0.575134210647	0.0892075049464	0.0288178540729	-0.103474220241	-0.00372190245137	-0.0235324039261	-0.0813388938451	0.0684201927248	0.10541323764	6.91725472625E-5	0.203035449839	0.0376267375463	0.022833762846	0.201744385983	0.00373828746521	0.213634573141	185.160539278	-31.8952892476	32.6484196064
2	0.194083876327	-0.305218972932	0.0281292204636	0.465564441117	0.17072892716	0.407483245986	0.000386070756048	0.0150241378393	0.00278646253414	0.0929578514066	-0.0113882983887	-0.0460847741196	0.0158896999266	0.00761649331295	2.4484140884E-5	0.179388155566	0.011647068569	0.0176681267719	0.189540061516	0.0240991790941	0.221731252583	180.731832534	-17.2714596492	40.6893081493
3	0.388500768099	-0.268025706818	0.267037727456	0.504507695613	0.234179497472	0.400967670021	-0.0170965985348	-0.0803398604946	-0.0597861735859	0.0666426058147	0.00803032220236	0.0720078552014	0.0655725071199	0.0278824416159	-3.87980791256E-6	0.200679847422	0.0214275759627	0.028205099936	0.196244119545	0.010530920402	0.190602387829	169.740246457	-23.2363828711	32.4166154614
4	0.311670726649	-0.17970006578	0.18515152122	0.596968735131	0.268281545933	0.726083091139	-0.01358688852	-0.0985606202179	0.051959430306	0.0559158105177	-0.0115745995195	-0.0235848259056	-0.106914386819	-0.0010079333375	9.26110080121E-5	0.21982972469	-0.00492211928996	0.0103093338834	0.206174439996	-0.0190649345217	0.203298802629	165.387287473	12.8895149093	52.9055951147
5	0.0751607055103	-0.0939499885566	-0.12120786129	0.591274291408	0.201263578442	0.318897518492	0.0224274014364	-0.000165201706331	0.0914768094248	0.00302529213938	0.00265118931165	-0.0696452444264	-0.0413318930112	0.00671167791157	0.000121745084997	0.157619980285	-0.00430692626435	0.0193207627379	0.179306333641	0.00930829118699	0.164696843141	173.150565705	-1.68643898771	45.3281260282
6	0.270650873827	-0.290925391685	-0.0363801302405	0.334950974285	0.271619420767	0.438241704882	0.0466369080581	-0.137466585088	0.0823047569566	0.0401239363124	-0.0364768243418	-0.167974200174	-0.141915312642	0.144758608112	0.00159308001242	0.180962053275	-0.0198444823241	0.0185879430539	0.194140629065	0.00158225931814	0.218372374807	174.993314972	7.94399918731	35.1460643497
7	0.0600692655219	-0.00815744190383	0.123189590039	0.227942799289	-0.211717993119	0.142354849544	-0.0361349472521	-0.00890815422142	0.0111328568871	-0.16567538802	0.0126287800521	0.0795367216592	-0.0654326538424	0.0220481809232	3.7143300686E-5	0.208837660978	0.00524191351388	-0.00105978801573	0.194566452399	-0.0168460905413	0.203241523692	163.249723179	6.95956317761	36.2266118739
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29	0.184860151236	-0.210266695677	0.0994905241593	0.222066848681	-0.0900618594798	-0.00378194706011	-0.0638127268684	-0.042657550768	-0.050643978503	0.0361425576951	0.0334450569356	-0.0550753774408	-0.00433009831106	0.0421056146948	5.48097126198E-6	0.24935837452	0.0317207960257	-0.0323009734108	0.25500542707	-0.0356933025195	0.27378639888	147.250565909	55.2264003839	32.9927758258
30	0.361106924724	-0.154789154509	-0.08672734902	0.0522504979556	-0.0159338431258	0.0929047580914	-0.0419265840119	-0.133574883352	-0.0895913890465	0.15496510184	-0.00149665782605	-0.142012650931	-0.00410085328935	0.13892648596	0.000851418569235	0.241429103905	0.031403390803	-0.0465196471248	0.232535862797	0.0134787438791	0.294352236498	152.389066624	51.4343791307	29.8518472976
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32	0.101191242705	-0.141493456812	0.00713561658182	0.200255385418	0.105386028974	0.109760097449	0.00720045727968	0.0281753235979	0.0565592330672	0.132487195385	0.0231520385098	0.0168712246384	-0.0746811265558	0.0682076947158	-2.30506820005E-6	0.242862802616	0.010176923864	-0.00216962738049	0.263006255705	-0.0184434386318	0.282739913046	147.196331333	53.1195586847	21.0102277639
33	0.968007853766	0.178439758519	-0.0393818860766	-0.0160453174909	-0.190152131669	0.493976932219	-0.0581864678089	-0.00994063058965	-0.0107469016255	-0.00303173919189	0.0238693841034	-0.0154291001194	-0.040732975385	0.0682349703961	-0.000176113600086	0.197458638427	-0.0319141727423	0.000518677801359	0.184609656113	0.0219167034023	0.203400193659	153.289691077	2.44773769956	-20.6831175336
34	0.90008519906	0.167954802406	-0.161355714839	0.0883224765443	-0.0653109422237	0.494622706229	-0.0963118295671	0.137454454383	-0.0840833262793	-0.00834462110599	0.0123421190257	-0.0634563673359	0.0277338721343	0.0230494908975	5.72293967683E-5	0.20417434915	-0.0468797693846	0.00130218132185	0.193469399987	0.0150731908148	0.211456099148	145.726962912	-4.6425680763	-29.8028714216

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 84 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 192 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 193 through 267 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 99 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 100 through 192 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 193 through 234 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 235 through 267 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 2 through 84 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 85 through 121 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 122 through 150 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 151 through 192 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 193 through 234 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 235 through 267 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 2 through 99 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 100 through 192 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 193 through 234 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 235 through 267 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 3 through 192 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 193 through 234 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 235 through 267 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid -2 through 192 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 193 through 267 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 4 through 16 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 17 through 56 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 57 through 71 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 72 through 84 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 85 through 121 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 122 through 150 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 151 through 192 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 193 through 216 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 217 through 246 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 247 through 267 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 2 through 192 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 193 through 267 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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