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- PDB-7kqv: Crystal Structure of aldehyde dehydrogenase (ChALDH) from Cladosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kqv
タイトルCrystal Structure of aldehyde dehydrogenase (ChALDH) from Cladosporium herbarum
要素Aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldehyde dehydrogenase / ChALDH / Cladosporium herbarum
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cladosporium herbarum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Lee, S.G. / Jez, J.M.
引用ジャーナル: Transgenic Res / 年: 2022
タイトル: Biochemical and clinical studies of putative allergens to assess what distinguishes them from other non-allergenic proteins in the same family.
著者: Glenn, K.C. / Silvanovich, A. / Lee, S.G. / Allen, A. / Park, S. / Dunn, S.E. / Kessenich, C. / Meng, C. / Vicini, J.L. / Jez, J.M.
履歴
登録2020年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,4514
ポリマ－214,4514
非ポリマー00
水00
1
A: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase

B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,4514
ポリマ－214,4514
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_455-x-1/2,-y+1/2,z+1/21
Buried area16750 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area59730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.180, 157.180, 164.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase / ALDH / Allergen Cla h 3 / Allergen Cla h III


分子量: 53612.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cladosporium herbarum (菌類) / 遺伝子: CLAH10, CLAH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40108, aldehyde dehydrogenase (NAD+)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 20% PEG 100, 100 mM sodium/potassium phosphate, pH 6.2, 200 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→50 Å / Num. obs: 33530 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 79.3 Å2 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 3.19→3.24 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 1643 / CC1/2: 0.842 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHENIX1.14_3260精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5fhz

5fhz


解像度: 3.18→49.7 Å / SU ML: 0.3571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.8598 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 1692 5.06 %
Rwork0.233 31756 -
obs0.2356 33448 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.18→49.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13484 0 0 0 13484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010813748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.352718620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07312113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00792395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.75568130
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.18-3.270.35121170.28962633X-RAY DIFFRACTION97.48
3.27-3.380.28221590.26352614X-RAY DIFFRACTION99.71
3.38-3.50.31611360.23912616X-RAY DIFFRACTION99.64
3.5-3.640.29541370.23962670X-RAY DIFFRACTION99.79
3.64-3.810.33111380.23842622X-RAY DIFFRACTION99.89
3.81-4.010.30961370.23012644X-RAY DIFFRACTION99.96
4.01-4.260.2881400.22862652X-RAY DIFFRACTION99.93
4.26-4.590.25451460.19562658X-RAY DIFFRACTION99.93
4.59-5.050.221430.19842659X-RAY DIFFRACTION99.89
5.05-5.780.29371380.24582659X-RAY DIFFRACTION99.96
5.78-7.270.32391440.26712682X-RAY DIFFRACTION99.96
7.27-49.70.2561570.22872647X-RAY DIFFRACTION98.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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