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Yorodumi- PDB-7krg: Crystal Structure of Mannitol Dehydrogenase (ChMDH) from Cladospo... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7krg | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Mannitol Dehydrogenase (ChMDH) from Cladosporium herbarum in complex with NADP+ and Na | ||||||
Components | NADP-dependent mannitol dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Mannitol Dehydrogenase / ChMDH | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmannitol 2-dehydrogenase (NADP+) / mannitol metabolic process / mannitol 2-dehydrogenase (NADP+) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor / NADP binding / protein homotetramerization / protein homodimerization activity Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Cladosporium herbarum (fungus) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.03797368098 Å | ||||||
Authors | Lee, S.G. / Jez, J.M. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Transgenic Res / Year: 2022Title: Biochemical and clinical studies of putative allergens to assess what distinguishes them from other non-allergenic proteins in the same family. Authors: Glenn, K.C. / Silvanovich, A. / Lee, S.G. / Allen, A. / Park, S. / Dunn, S.E. / Kessenich, C. / Meng, C. / Vicini, J.L. / Jez, J.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7krg.cif.gz | 985.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7krg.ent.gz | 677.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7krg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7krg_validation.pdf.gz | 4.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7krg_full_validation.pdf.gz | 4.9 MB | Display | |
| Data in XML | 7krg_validation.xml.gz | 92.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 7krg_validation.cif.gz | 128.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7krg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7krg | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7kqvC ![]() 3gdfS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 28779.330 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cladosporium herbarum (fungus) / Production host: ![]() References: UniProt: P0C0Y5, mannitol 2-dehydrogenase (NADP+) #2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-NAP / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.32 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 25% PEG 1500, 100 mM sodium propionate/sodium cacodylate/BIS-TRIS propane (2:1:2 molar ratio), pH 7, 5 mM NADP+ |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 10, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.0379→50 Å / Num. obs: 141106 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 27.8196736865 Å2 / Rrim(I) all: 0.137 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 16.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2.0379→2.09 Å / Num. unique obs: 7165 / CC1/2: 0.656 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3GDF Resolution: 2.03797368098→31.4045238396 Å / SU ML: 0.223630714574 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3435622572 / Phase error: 20.3699230828 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 32.9031283964 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.03797368098→31.4045238396 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Cladosporium herbarum (fungus)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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