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Yorodumi- PDB-5u9p: Crystal structure of a gluconate 5-dehydrogenase from Burkholderi... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5u9p | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of a gluconate 5-dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia J2315 in complex with NADP and tartrate | ||||||
Components | Gluconate 5-dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / structural genomics / Burkholderia cenocepacia / gluconate 5-dehydrogenase / dehydrogenase / NAD / tartrate / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationgluconate 5-dehydrogenase / gluconate 5-dehydrogenase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Burkholderia cenocepacia (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHEDTitle: Crystal structure of a gluconate 5-dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia J2315 in complex with NADP and tartrate Authors: Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5u9p.cif.gz | 427.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5u9p.ent.gz | 348.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5u9p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5u9p_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5u9p_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
| Data in XML | 5u9p_validation.xml.gz | 50.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 5u9p_validation.cif.gz | 75.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/5u9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/5u9p | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4iboS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 28684.502 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (bacteria)Strain: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 Gene: idnO, BCAL3386 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-NAP / #3: Chemical | ChemComp-TLA / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.09 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Microlytic MCSG1 screen, E10: 20% (w/V) PEG 3350, 200mM Ammonium tartrate: BuceA.00010.x.B1.PW37241 at 20.44mg/ml + 4mM NADP: cryo: 20% EG + 10mM NADP in 2 steps: tray 285582 e10, puck bdg3-9 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Nov 29, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 116982 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.14 % / Biso Wilson estimate: 12.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 17.93 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4ibo Resolution: 1.65→50 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 14.83
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 70.25 Å2 / Biso mean: 14.9941 Å2 / Biso min: 4.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→50 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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