PDB-7kqu: A 1.58-A resolution crystal structure of ferric-hydroperoxo inter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kqu

タイトル

A 1.58-A resolution crystal structure of ferric-hydroperoxo intermediate of L-tyrosine hydroxylase in complex with 3-fluoro-L-tyrosine

要素

Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme-binding enzyme / L-tyrosine hydroxylase

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HYDROGEN PEROXIDE / 3-FLUOROTYROSINE

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sclerotialus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.579 Å

データ登録者

Wang, Y. / Davis, I. / Liu, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Molecular Rationale for Partitioning between C-H and C-F Bond Activation in Heme-Dependent Tyrosine Hydroxylase.
著者: Wang, Y. / Davis, I. / Shin, I. / Xu, H. / Liu, A.

履歴

登録	2020年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kqu.cif.gz	280.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kqu.ent.gz	225.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/7kqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/7kqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kqrSC 7kqsC 7kqtC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kqs-d 7kqr-d 7kqt-d 4ign-3 1luc-d 2olj-d 3sc4-d 3w9b-1 5c4c-1 4igm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase

B: Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase

ヘテロ分子

71.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.523, 129.329, 48.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.030, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase 分子量: 34623.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sclerotialus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 573分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-YOF / 3-FLUOROTYROSINE / 3-フルオロチロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 199.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀FNO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE 分子量: 34.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.1), 0.2 M MgCl2, and 16% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97919 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.579→50 Å / Num. obs: 79437 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 21.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.155 / R_pim(I) all: 0.081 / R_rim(I) all: 0.175 / Χ²: 1.097 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.58-1.61	3.5	0.749	4000	0.627	0.448	0.877	0.317	99.9
1.61-1.64	3.8	0.694	3975	0.7	0.397	0.803	0.329	99.9
1.64-1.67	4.1	0.669	3944	0.745	0.366	0.765	0.349	100
1.67-1.7	4.3	0.607	3974	0.793	0.323	0.689	0.367	100
1.7-1.74	4.5	0.561	3937	0.824	0.29	0.633	0.383	100
1.74-1.78	4.8	0.534	3980	0.784	0.27	0.6	0.415	100
1.78-1.82	4.9	0.471	3982	0.884	0.235	0.528	0.462	100
1.82-1.87	5	0.413	3965	0.907	0.205	0.461	0.526	100
1.87-1.93	5	0.36	3985	0.923	0.177	0.401	0.631	100
1.93-1.99	5	0.307	3966	0.933	0.152	0.343	0.762	100
1.99-2.06	5	0.271	3969	0.945	0.135	0.303	0.894	100
2.06-2.14	5	0.239	3944	0.948	0.119	0.267	1.158	100
2.14-2.24	5	0.214	3981	0.959	0.106	0.239	1.339	100
2.24-2.36	5	0.204	3977	0.958	0.102	0.229	1.597	100
2.36-2.51	5	0.193	4016	0.959	0.097	0.216	1.808	100
2.51-2.7	5	0.185	3972	0.96	0.093	0.207	2.02	99.9
2.7-2.97	5	0.175	3981	0.962	0.087	0.196	2.26	100
2.97-3.4	4.8	0.145	3980	0.971	0.075	0.163	2.191	99.9
3.4-4.29	4.6	0.117	3944	0.971	0.064	0.133	1.972	98.7
4.29-50	4.7	0.088	3965	0.983	0.049	0.102	1.325	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7KQR

7kqr

解像度: 1.579→45.215 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1887	2014	2.54 %
R_work	0.1565	77378	-
obs	0.1573	79392	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.9 Å² / B_iso mean: 30.6631 Å² / B_iso min: 11.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.579→45.215 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4665	0	168	565	5398
B_iso mean	-	-	30.32	42.48	-
残基数	-	-	-	-	602

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5038
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.861	6899
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	731
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	898
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.478	2954

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5792-1.6187	0.2966	135	0.2457	5499	99
1.6187-1.6625	0.2333	156	0.2198	5517	100
1.6625-1.7114	0.2393	126	0.2094	5530	100
1.7114-1.7666	0.2536	152	0.1966	5558	100
1.7666-1.8298	0.206	149	0.1759	5481	100
1.8298-1.9031	0.224	140	0.1635	5552	100
1.9031-1.9897	0.202	146	0.1604	5527	100
1.9897-2.0946	0.1957	143	0.162	5539	100
2.0946-2.2258	0.1741	141	0.1497	5515	100
2.2258-2.3976	0.1877	144	0.1513	5545	100
2.3976-2.6389	0.2034	148	0.1589	5544	100
2.6389-3.0207	0.1998	145	0.157	5551	100
3.0207-3.8054	0.1606	143	0.142	5530	100
3.8054-45.215	0.1697	146	0.1422	5490	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 62.7614 Å / Origin y: 1.0789 Å / Origin z: 61.5465 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1145 Å²	0.0025 Å²	0.001 Å²	-	0.153 Å²	-0.0239 Å²	-	-	0.128 Å²
L	0.4789 °²	-0.1036 °²	-0.0926 °²	-	1.2347 °²	-0.3127 °²	-	-	0.8078 °²
S	0.0358 Å °	0.0039 Å °	0.0174 Å °	-0.0585 Å °	-0.0485 Å °	0.0044 Å °	-0.0473 Å °	-0.0887 Å °	0.0102 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	6 - 307
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	6 - 306
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	2
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 2
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 626
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 2
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1

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