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- PDB-7kqu: A 1.58-A resolution crystal structure of ferric-hydroperoxo inter... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kqu | ||||||
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Title | A 1.58-A resolution crystal structure of ferric-hydroperoxo intermediate of L-tyrosine hydroxylase in complex with 3-fluoro-L-tyrosine | ||||||
![]() | Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / heme-binding enzyme / L-tyrosine hydroxylase | ||||||
Function / homology | PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HYDROGEN PEROXIDE / 3-FLUOROTYROSINE![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Y. / Davis, I. / Liu, A. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular Rationale for Partitioning between C-H and C-F Bond Activation in Heme-Dependent Tyrosine Hydroxylase. Authors: Wang, Y. / Davis, I. / Shin, I. / Xu, H. / Liu, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 280.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 225.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.6 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7kqrSC ![]() 7kqsC ![]() 7kqtC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34623.090 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 573 molecules ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/YOF.gif)
![](data/chem/img/PEO.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/YOF.gif)
![](data/chem/img/PEO.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-TRS / | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-BTB / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.1), 0.2 M MgCl2, and 16% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Dec 7, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.579→50 Å / Num. obs: 79437 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.175 / Χ2: 1.097 / Net I/σ(I): 4.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7KQR Resolution: 1.579→45.215 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.9 Å2 / Biso mean: 30.6631 Å2 / Biso min: 11.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.579→45.215 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 62.7614 Å / Origin y: 1.0789 Å / Origin z: 61.5465 Å
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Refinement TLS group |
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