PDB-7kqs: A 1.68-A resolution 3-fluoro-L-tyrosine bound crystal structure o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kqs

タイトル

A 1.68-A resolution 3-fluoro-L-tyrosine bound crystal structure of heme-dependent tyrosine hydroxylase

要素

Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / heme-binding enzyme / L-tyrosine hydroxylase

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 3-FLUOROTYROSINE

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sclerotialus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.677 Å

データ登録者

Wang, Y. / Liu, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Molecular Rationale for Partitioning between C-H and C-F Bond Activation in Heme-Dependent Tyrosine Hydroxylase.
著者: Wang, Y. / Davis, I. / Shin, I. / Xu, H. / Liu, A.

履歴

登録	2020年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kqs.cif.gz	145 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kqs.ent.gz	111.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/7kqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/7kqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kqrSC 7kqtC 7kquC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kqt-d 7kqu-d 7kqr-d 1luc-d 1xkj-d 4igm-3 6fri-2 3c8n-2 4igm-2 3b4y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase

B: Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase

ヘテロ分子

71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.526, 129.719, 48.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.190, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Heme-dependent L-tyrosine hydroxylase 分子量: 34623.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sclerotialus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 399分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス / Bis-tris methane 分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-YOF / 3-FLUOROTYROSINE / 3-フルオロチロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 199.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀FNO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.1), 0.2 M MgCl2, and 16% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97919 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.677→50 Å / Num. obs: 66499 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.124 / Χ²: 1.047 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.68-1.71	3.9	0.961	3255	0.635	0.539	1.106	0.43	98.2
1.71-1.74	4.1	0.903	3292	0.676	0.5	1.035	0.454	99.5
1.74-1.77	4.3	0.836	3339	0.715	0.454	0.955	0.45	99.9
1.77-1.81	4.4	0.723	3314	0.792	0.389	0.823	0.472	100
1.81-1.85	4.5	0.618	3317	0.81	0.327	0.701	0.508	100
1.85-1.89	4.6	0.518	3319	0.884	0.273	0.587	0.526	100
1.89-1.94	4.6	0.422	3327	0.909	0.222	0.478	0.577	100
1.94-1.99	4.6	0.352	3291	0.933	0.183	0.398	0.629	100
1.99-2.05	4.7	0.295	3347	0.953	0.152	0.333	0.702	100
2.05-2.12	4.7	0.247	3334	0.961	0.127	0.278	0.764	100
2.12-2.19	4.8	0.216	3321	0.97	0.11	0.242	0.898	100
2.19-2.28	4.9	0.193	3331	0.976	0.097	0.217	1.017	100
2.28-2.38	4.9	0.181	3321	0.973	0.091	0.203	1.162	100
2.38-2.51	5	0.166	3348	0.981	0.083	0.186	1.286	100
2.51-2.67	5	0.148	3315	0.981	0.074	0.165	1.477	100
2.67-2.87	5	0.13	3340	0.983	0.065	0.145	1.729	100
2.87-3.16	5	0.114	3339	0.985	0.058	0.128	1.872	100
3.16-3.62	4.9	0.088	3342	0.989	0.046	0.1	1.926	100
3.62-4.56	5	0.07	3330	0.991	0.036	0.079	1.848	100
4.56-50	5	0.06	3377	0.994	0.031	0.068	1.483	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7KQR

7kqr

解像度: 1.677→47.399 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2026	2016	3.03 %
R_work	0.1725	64428	-
obs	0.1734	66444	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.65 Å² / B_iso mean: 30.4986 Å² / B_iso min: 11.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.677→47.399 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4663	0	164	393	5220
B_iso mean	-	-	29.85	38.6	-
残基数	-	-	-	-	601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.855	6862
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	729
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	891
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.394	2943

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6773-1.7192	0.3097	130	0.2981	4253	93
1.7192-1.7657	0.3126	156	0.2842	4617	100
1.7657-1.8176	0.3492	145	0.2567	4635	100
1.8176-1.8763	0.2943	134	0.2217	4587	100
1.8763-1.9434	0.2589	146	0.2051	4648	100
1.9434-2.0212	0.2565	140	0.1877	4620	100
2.0212-2.1132	0.2214	133	0.1843	4643	100
2.1132-2.2246	0.1934	154	0.1695	4582	100
2.2246-2.364	0.1964	144	0.1672	4628	100
2.364-2.5465	0.2215	141	0.1718	4655	100
2.5465-2.8027	0.2035	144	0.1753	4634	100
2.8027-3.2082	0.2195	151	0.1744	4649	100
3.2082-4.0417	0.1591	149	0.1457	4634	100
4.0417-47.399	0.1683	149	0.1494	4643	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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