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- PDB-7kqn: Ternary complex of TERT (telomerase reverse transcriptase) with R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kqn
タイトルTernary complex of TERT (telomerase reverse transcriptase) with RNA template, DNA primer, an incoming dGTP and a downstream hybrid duplex
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*CP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*A)-3')
  • Telomerase reverse transcriptase
キーワードTRANSFERASE/RNA/DNA / RAP / Repeat Addition Processivity / DNA hairpin / RNA template / telomere / TBE / Template-Boundary Element / TRANSFERASE / TRANSFERASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase activity / telomere maintenance / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / DNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Telomerase reverse transcriptase, thumb DNA-binding domain / Telomerase reverse transcriptase thumb DNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / RNA / RNA (> 10) / Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Choi, W.S. / Weng, P.J. / Yang, W.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Flexibility of telomerase in binding the RNA template and DNA telomeric repeat.
著者: Choi, W.S. / Weng, P.J. / Yang, W.
#1: ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: A DNA-hairpin model for repeat-addition processivity in telomere synthesis.
著者: Yang, W. / Lee, Y.S.
履歴
登録2020年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase
B: RNA (5'-R(*CP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*TP*G)-3')
D: Telomerase reverse transcriptase
E: RNA (5'-R(*CP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*TP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*G)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,16937
ポリマ－161,1688
非ポリマー3,00129
水23,4921304
1
A: Telomerase reverse transcriptase
B: RNA (5'-R(*CP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*TP*G)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,24919
ポリマ－80,5844
非ポリマー1,66515
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Telomerase reverse transcriptase
E: RNA (5'-R(*CP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*TP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,92018
ポリマ－80,5844
非ポリマー1,33614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.860, 164.040, 95.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.914, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 5 or resid 7...
d_2ens_1(chain "D" and (resid 1 through 5 or resid 7...
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2(chain "E" and ((resid 1 and (name C5" or name...
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "F"
d_1ens_4chain "I"
d_2ens_4chain "J"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METTYRA1 - 5
d_12ens_1LEULYSA7 - 10
d_13ens_1ARGVALA13 - 20
d_14ens_1LYSLYSA23 - 40
d_15ens_1LYSLYSA42 - 44
d_16ens_1PROSERA46 - 160
d_17ens_1VALLYSA162 - 167
d_18ens_1METVALA169 - 175
d_19ens_1ASPLYSA177 - 190
d_110ens_1ASPASPA192
d_111ens_1PHEPHEA195 - 211
d_112ens_1LEULEUA213 - 214
d_113ens_1SERTRPA217 - 237
d_114ens_1GLUPHEA240 - 299
d_115ens_1LYSTYRA303 - 305
d_116ens_1TRPPHEA308 - 335
d_117ens_1ASNASPA338 - 340
d_118ens_1ASPASPA342 - 350
d_119ens_1TYRPROA353 - 360
d_120ens_1LYSLEUA363 - 370
d_121ens_1LYSTYRA372 - 375
d_122ens_1VALVALA377
d_123ens_1PROALAA380 - 442
d_124ens_1PHEGLNA444 - 470
d_125ens_1VALILEA475 - 484
d_126ens_1VALTYRA487 - 489
d_127ens_1PHELEUA492 - 515
d_128ens_1SERVALA517 - 519
d_129ens_1ALAPHEA521 - 527
d_130ens_1LYSTYRA529 - 538
d_131ens_1LYSTHRA540 - 562
d_132ens_1ILESERA564 - 574
d_133ens_1GLUILEA576 - 610
d_21ens_1METTYRD1 - 5
d_22ens_1LEULYSD8 - 11
d_23ens_1ARGVALD13 - 20
d_24ens_1LYSLYSD23 - 40
d_25ens_1LYSLYSD42 - 44
d_26ens_1PROSERD46 - 160
d_27ens_1VALLYSD162 - 167
d_28ens_1METVALD169 - 175
d_29ens_1ASPLYSD177 - 190
d_210ens_1ASPASPD192
d_211ens_1PHEPHED194 - 210
d_212ens_1LEULEUD212 - 213
d_213ens_1SERTRPD215 - 235
d_214ens_1GLUPHED237 - 296
d_215ens_1LYSTYRD300 - 302
d_216ens_1TRPPHED304 - 331
d_217ens_1ASNASPD333 - 335
d_218ens_1ASPASPD337 - 345
d_219ens_1TYRPROD347 - 354
d_220ens_1LYSLEUD357 - 364
d_221ens_1LYSTYRD367 - 370
d_222ens_1VALVALD372
d_223ens_1PROALAD374 - 436
d_224ens_1PHEGLND439 - 465
d_225ens_1VALILED469 - 478
d_226ens_1VALTYRD481 - 483
d_227ens_1PHELEUD485 - 508
d_228ens_1SERVALD511 - 513
d_229ens_1ALAPHED515 - 521
d_230ens_1LYSTYRD523 - 532
d_231ens_1LYSTHRD534 - 556
d_232ens_1ILESERD558 - 568
d_233ens_1GLUILED570 - 604
d_11ens_2CAB
d_21ens_2CAE
d_11ens_3DGDGC
d_21ens_3DGDGF
d_11ens_4DTDGG
d_21ens_4DTDGH

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999879544833, 0.0117391896391, -0.0101531891962), (0.0104689523455, -0.993053210658, -0.117199495901), (-0.0114584842377, 0.117079085362, -0.993056489284)0.650153511874, -80.61454842, -0.145004320035
2given(0.998949046267, 0.0455722275048, 0.0048964316705), (0.0458064523523, -0.996362197272, -0.0718619563484), (0.00160370999436, 0.0720107209211, -0.997402568769)1.46209886281, -81.5727748322, -2.03593416054
3given(0.99956041757, -0.0172256545766, 0.0241298249533), (-0.0148428180616, -0.995302652791, -0.0956677589281), (0.0256644185568, 0.0952675504605, -0.995120812489)-0.0421185787943, -80.2879438569, -1.61770364728
4given(0.998576016168, 0.048221575284, 0.0228170903432), (0.0488712173855, -0.998389024416, -0.0288263774503), (0.0213902792374, 0.0299004281371, -0.999323981675)3.03014689191, -85.718506636, -3.07247515612

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CFIJ

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*TP*G)-3')


分子量: 2098.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*G)-3')


分子量: 2094.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase


分子量: 70588.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
遺伝子: TERT, TcasGA2_TC010963 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q0QHL8, RNA-directed DNA polymerase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*A)-3')


分子量: 5802.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)

-
非ポリマー , 6種, 1333分子

#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.98 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15 M Potassium Chloride, 0.05 M MES (pH 6.0), 2% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→30 Å / Num. obs: 131028 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 42.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.55
反射 シェル解像度: 2.02→2.13 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 9762 / CC1/2: 0.433

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KYL

3kyl


解像度: 2.02→29.65 Å / SU ML: 0.226 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 22.6202
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1878 1007 0.77 %
Rwork0.1675 130002 -
obs0.1677 131009 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9879 1323 186 1304 12692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009711989
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.228116469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07071811
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00831825
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.73464629
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.767727991956
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.676973963642
ens_3d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.260981586645
ens_4d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.51146032349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.130.32671420.335718726X-RAY DIFFRACTION99.1
2.13-2.260.27371470.276518812X-RAY DIFFRACTION99.57
2.26-2.430.26341430.225518857X-RAY DIFFRACTION99.74
2.43-2.680.23671480.195618925X-RAY DIFFRACTION99.81
2.68-3.070.18231450.176518855X-RAY DIFFRACTION99.74
3.07-3.860.1751410.143518409X-RAY DIFFRACTION96.99
3.86-29.650.14841410.132317418X-RAY DIFFRACTION91.15
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.026304259510.02433105708770.1270275235641.331130200750.5022640299591.40410000884-0.0246330873319-0.781433582905-0.7138423311230.6104874810220.0842986920150.3987604729740.626607799614-0.4125549729930.006816813720350.776016624651-0.07700531738780.05592635677860.7651984295230.3126191299960.66588615555715.2274672595-52.300737174732.5141668368
21.1781105602-0.8511428169320.8131648278881.11543534345-0.7937429810051.0895124815-0.0593124237913-0.441347147229-0.353071115990.1516727807250.2655906444860.30701406320.109741891225-0.3701798039541.16950013316E-80.529517275125-0.03013390126520.06797266431520.6325556305020.08602413506450.5358592552693.13711715528-30.308418337619.6227417071
31.91416933628-0.462604263190.2099302598211.940285928730.04214885308220.660920709459-0.0646487630426-0.03713170461340.2282059797450.07310301823150.05098166198490.0287395351496-0.0373695290583-0.115545993307-0.0007943133010210.3020984608990.00166924556730.002257369070990.312523605087-0.01594232977240.2670204467113.7803479445-14.71980590726.73352395813
43.358700129590.287743101059-0.06655057648191.92043687122-0.6738661174712.545170532910.0964662993928-0.312211473737-0.302645202960.144504455988-0.170311679382-0.8275618240090.2114909958270.284537059197-0.001290070136750.3626767759460.0188467935465-0.05660935290920.333977152585-0.00521512617890.58196656772338.615962873-31.300893010110.0763026302
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 110 )AA1 - 1101 - 111
22chain 'A' and (resid 111 through 223 )AA111 - 223112 - 226
33chain 'A' and (resid 224 through 459 )AA224 - 459227 - 469
44chain 'A' and (resid 460 through 596 )AA460 - 596470 - 610
55chain 'B' and (resid 1 through 10 )BB1 - 10
66chain 'B' and (resid 11 through 18 )BB11 - 18
77chain 'C' and (resid 1 through 7 )CC1 - 7
88chain 'D' and (resid 1 through 125 )DD1 - 1251 - 126
99chain 'D' and (resid 126 through 223 )DD126 - 223127 - 224
1010chain 'D' and (resid 224 through 403 )DD224 - 403225 - 407
1111chain 'D' and (resid 404 through 596 )DD404 - 596408 - 604
1212chain 'E' and (resid 1 through 5 )EE1 - 5
1313chain 'E' and (resid 6 through 10 )EE6 - 10
1414chain 'E' and (resid 11 through 18 )EE11 - 18
1515chain 'F' and (resid 1 through 7 )FF1 - 7
1616chain 'I' and (resid 1 through 7 )IG1 - 7
1717chain 'J' and (resid 1 through 7 )JH1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る