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- PDB-7kqm: Binary complex of TERT (telomerase reverse transcriptase) with RN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kqm
タイトルBinary complex of TERT (telomerase reverse transcriptase) with RNA/telomeric DNA hybrid
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*AP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*AP*C)-D(P*AP*AP*AP*GP*AP*A)-3')
  • Telomerase reverse transcriptase
キーワードTRANSFERASE/RNA/DNA / RAP / Repeat Addition Processivity / DNA hairpin / RNA template / telomere / TRANSFERASE / TRANSFERASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase activity / telomere maintenance / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / DNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Telomerase reverse transcriptase, thumb DNA-binding domain / Telomerase reverse transcriptase thumb DNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Choi, W.S. / Weng, P.J. / Yang, W.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Flexibility of telomerase in binding the RNA template and DNA telomeric repeat.
著者: Choi, W.S. / Weng, P.J. / Yang, W.
#1: ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: A DNA-hairpin model for repeat-addition processivity in telomere synthesis.
著者: Yang, W. / Lee, Y.S.
履歴
登録2020年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase reverse transcriptase
B: RNA (5'-R(*AP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*AP*C)-D(P*AP*AP*AP*GP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,37811
ポリマ－80,8373
非ポリマー5418
水7,476415
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area33290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.350, 96.350, 368.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-874-

HOH

21A-940-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase


分子量: 70588.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
遺伝子: TERT, TcasGA2_TC010963 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q0QHL8, RNA-directed DNA polymerase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*UP*CP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*CP*AP*C)-D(P*AP*AP*AP*GP*AP*A)-3')


分子量: 5706.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*TP*G)-3')


分子量: 4541.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)

-
非ポリマー , 3種, 423分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.78 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.18 M tri-ammonium citrate, 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→30 Å / Num. obs: 28107 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 70.45 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.73→2.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 2020 / CC1/2: 0.703

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KYL

3kyl


解像度: 2.73→29.84 Å / SU ML: 0.3517 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.6101
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 998 3.56 %
Rwork0.193 27068 -
obs0.1943 28066 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4961 659 35 415 6070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86578122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0544893
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.66912296
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.73-2.870.3661390.28363759X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.050.28431390.25413762X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.290.26761390.22413793X-RAY DIFFRACTION99.97
3.29-3.620.22251410.19933816X-RAY DIFFRACTION99.95
3.62-4.140.23721420.18183844X-RAY DIFFRACTION100
4.14-5.210.17841450.16263916X-RAY DIFFRACTION100
5.21-29.840.23761530.18814178X-RAY DIFFRACTION99.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.035070045860.7985909737841.223327117495.42968160773-1.520589074752.758040552940.278577325744-0.544624350363-0.3992301715740.2298267985980.4519857817831.164326339970.343393704392-0.712038542250.02395283543480.659873918227-0.124288143542-0.1054920371820.8281518640630.2598173966880.845022212316-28.7854988582-41.989463651820.8056548065
23.05546969548-0.804029694332-0.4454266849013.6600150198-0.7669346958420.5331192573820.261363587579-0.2271791102530.07818199399680.350759130905-0.03457200679150.312318529513-0.157860376466-0.577004127844-7.902466868E-80.682522402718-0.00764359560146-0.0009590383492160.6381982972120.01533363626040.551560721706-22.0475297846-15.90801157333.86561093319
32.246845375760.1549411962470.233431706612.27725463197-2.177092315052.13855513926-0.19053183731-0.237658930029-0.80031982326-0.313771053976-0.0436659411258-0.1116757306870.2973100129770.305659976228-4.20008088888E-80.616800256563-0.0206551425559-0.01868846544280.6119516237360.04095271725630.582257695647-2.8545295203-23.6070899513-2.98084932202
40.336675263254-0.05801337335860.6973280493541.47378029408-0.006634199758483.237980612260.07408257173420.2050318378810.101808028612-0.176472816507-0.447571106813-0.7124380666480.1142259815760.287476529619-1.33699981758E-70.64954925227-0.112974680805-0.08490227582990.6891695797960.1726595750870.80428655086111.1749797477-10.65488453811.2313315235
51.75787319713-0.2010888012620.6572296276831.889988073710.1652234309570.5988813365270.2995124242270.3459499352310.0953875609943-0.718766049366-0.215266017821-0.1610067543180.1860126931840.06149822723955.84675539221E-90.6444098016890.119860471871-0.02652418409880.5916302932750.07538285879180.470733493506-7.17212908577-17.1462071858-9.73241059377
61.09950965417-0.9442883539860.9078033358790.906006707868-0.5200453952971.1181331270.06077182759610.131899331897-0.00832373573618-0.0984347474331-0.281503705434-0.970099303987-0.5343092426850.7273042451823.02203366518E-80.737716310236-0.1629465234220.03836621759450.7116856789720.1523603531390.7603637395179.49466714445-8.761155505275.04913622789
71.37034250013-0.2551775800760.5323664390482.84106144594-1.851235208681.43113882573-0.04491285746650.1269324308070.1481881350540.557033660844-0.268285866271-0.348290860438-0.3251897260130.100187244296-0.0021647261620.693613392172-0.000661819259004-0.06696006627080.515913380131-0.009433100551230.4900469851211.49370932799-16.681813671919.7048802644
83.838093060860.05664259903580.2746120233093.98070702143-0.1844591279182.97807145672-0.1213217801850.24216766357-0.03378351621970.253940023124-0.101365752829-0.555870477320.2548032530790.112289545309-4.64708733015E-80.5551751268240.0532075818151-0.09010485875780.4872937239110.06076958794210.4070884794568.32609568237-35.694719419228.9636954041
91.7412487767-0.3451187098230.2753741772943.67643657502-0.661463571133.5054880876-0.214485873989-0.5179318621590.3627549609240.994352291911-0.226152178756-0.505382958891-0.5818115796970.230239660879-7.19503003162E-60.85541646066-0.0210987202575-0.1396114477090.6492982007480.02290820065610.6422493526553.55316635452-31.420077656938.5094460289
100.312290595402-0.1227842412280.4905620889520.3121231397220.1449261639630.93502826116-1.6253668913-0.48146511935-0.3982180161790.8234162584140.40947069996-0.5144580286280.664467967990.436969929905-0.002993700372310.9014832357380.2180986681260.04689313891190.9491373981440.04908884353150.814054969608-5.8097715505-26.37530752444.59310295436
110.7281383418690.72971231446-0.06712958559770.663299691145-0.04853186134961.41771696591-0.06699268842780.427427403033-0.05917092060770.1295458229290.0758980230989-0.5238111213630.6641558234940.6264917331112.46064573809E-70.8261908918890.289190752140.08650607472881.025904968010.009583301720930.88561591897912.768153196-45.02410296115.37630831573
12-0.196353002519-0.4015301355670.07209842164021.504249161480.631099823460.02599919137480.207654625590.6802489721660.260831365785-0.377952221552-0.649992297678-0.973054779510.1688385304920.116855661813-8.91627595822E-70.8534856545070.2184264847330.1298409290370.9053231093270.0274103699430.8665666532098.52469022849-39.75847263187.37471712434
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 145 )AA1 - 1451 - 145
22chain 'A' and (resid 146 through 189 )AA146 - 189146 - 190
33chain 'A' and (resid 190 through 223 )AA190 - 223191 - 225
44chain 'A' and (resid 224 through 260 )AA224 - 260226 - 262
55chain 'A' and (resid 261 through 312 )AA261 - 312263 - 314
66chain 'A' and (resid 313 through 351 )AA313 - 351315 - 353
77chain 'A' and (resid 352 through 430 )AA352 - 430354 - 435
88chain 'A' and (resid 431 through 547 )AA431 - 547436 - 553
99chain 'A' and (resid 548 through 596 )AA548 - 596554 - 603
1010chain 'B' and (resid 2 through 6 )BB2 - 6
1111chain 'B' and (resid 7 through 18 )BB7 - 18
1212chain 'C' and (resid 1 through 15 )CC1 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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