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- PDB-7kqm: Binary complex of TERT (telomerase reverse transcriptase) with RN... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kqm | ||||||
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Title | Binary complex of TERT (telomerase reverse transcriptase) with RNA/telomeric DNA hybrid | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSFERASE/RNA/DNA / RAP / Repeat Addition Processivity / DNA hairpin / RNA template / telomere / TRANSFERASE / TRANSFERASE-RNA-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() telomerase catalytic core complex / telomerase RNA reverse transcriptase activity / telomerase RNA binding / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Choi, W.S. / Weng, P.J. / Yang, W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Flexibility of telomerase in binding the RNA template and DNA telomeric repeat. Authors: Choi, W.S. / Weng, P.J. / Yang, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 255.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 493.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 515.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 32.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7kqnC ![]() 3kylS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein / RNA chain / DNA chain , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 70588.719 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: RNA chain | Mass: 5706.577 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#3: DNA chain | Mass: 4541.943 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 423 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-PEG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.18 M tri-ammonium citrate, 20 % PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 17, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.73→30 Å / Num. obs: 28107 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 70.45 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.73→2.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 2020 / CC1/2: 0.703 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3KYL Resolution: 2.73→29.84 Å / SU ML: 0.3517 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.6101 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 76.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.73→29.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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