PDB-7kq8: Structure of iron bound MEMO1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kq8

タイトル

Structure of iron bound MEMO1

要素

Protein MEMO1

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Breast Cancer / Metastasis / Cell motility / iron binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of microtubule-based process / ERBB2 Regulates Cell Motility / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Boniecki, M.T. / Uhlemann, E.E. / Dmitriev, O.Y.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: MEMO1 binds iron and modulates iron homeostasis in cancer cells.
著者: Dolgova, N. / Uhlemann, E.E. / Boniecki, M.T. / Vizeacoumar, F.S. / Ara, A. / Nouri, P. / Ralle, M. / Tonelli, M. / Abbas, S.A. / Patry, J. / Elhasasna, H. / Freywald, A. / Vizeacoumar, F.J. / Dmitriev, O.Y.

履歴

登録	2020年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kq8.cif.gz	487.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kq8.ent.gz	401.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7kq8_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kq8_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	7kq8_validation.xml.gz	51.2 KB	表示
CIF形式データ	7kq8_validation.cif.gz	72.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/7kq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/7kq8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7l5cC 7m8hC 3bczS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kq8-3 4l20-d 7kq8-2 3bcz-3 3r43-d 5tc6-d 3mmr-d 3bd0-3 6dno-d 6qpp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein MEMO1

B: Protein MEMO1

C: Protein MEMO1

D: Protein MEMO1

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Protein MEMO1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protein MEMO1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein MEMO1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protein MEMO1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	139.643, 88.861, 97.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and ((resid 4 and (name N or name...
2	1	(chain B and (resid 4 through 14 or resid 16...
3	1	(chain C and (resid 4 through 5 or (resid 6...
4	1	(chain D and ((resid 4 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain A and ((resid 4 and (name N or name...	A	A	4	1
1	2	ARG	ARG	GSH	GSH	(chain A and ((resid 4 and (name N or name...	A	A - E	4 - 301	1
1	3	ARG	ARG	GSH	GSH	(chain A and ((resid 4 and (name N or name...	A	A - E	4 - 301	1
1	4	ARG	ARG	GSH	GSH	(chain A and ((resid 4 and (name N or name...	A	A - E	4 - 301	1
1	5	ARG	ARG	GSH	GSH	(chain A and ((resid 4 and (name N or name...	A	A - E	4 - 301	1
2	1	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain B and (resid 4 through 14 or resid 16...	B	B	4 - 14	1 - 11
2	2	TRP	TRP	PRO	PRO	(chain B and (resid 4 through 14 or resid 16...	B	B	16 - 22	13 - 19
2	3	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain B and (resid 4 through 14 or resid 16...	B	B	24 - 28	21 - 25
2	4	ARG	ARG	GSH	GSH	(chain B and (resid 4 through 14 or resid 16...	B	B - V	4 - 301	1
2	5	ARG	ARG	GSH	GSH	(chain B and (resid 4 through 14 or resid 16...	B	B - V	4 - 301	1
2	6	ARG	ARG	GSH	GSH	(chain B and (resid 4 through 14 or resid 16...	B	B - V	4 - 301	1
2	7	ARG	ARG	GSH	GSH	(chain B and (resid 4 through 14 or resid 16...	B	B - V	4 - 301	1
2	8	ARG	ARG	GSH	GSH	(chain B and (resid 4 through 14 or resid 16...	B	B - V	4 - 301	1
2	9	ARG	ARG	GSH	GSH	(chain B and (resid 4 through 14 or resid 16...	B	B - V	4 - 301	1
2	10	ARG	ARG	GSH	GSH	(chain B and (resid 4 through 14 or resid 16...	B	B - V	4 - 301	1
3	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain C and (resid 4 through 5 or (resid 6...	C	C	4 - 5	1 - 2
3	2	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain C and (resid 4 through 5 or (resid 6...	C	C	6	3
3	3	ARG	ARG	HIS	HIS	(chain C and (resid 4 through 5 or (resid 6...	C	C	4 - 297	1 - 294
3	4	ARG	ARG	HIS	HIS	(chain C and (resid 4 through 5 or (resid 6...	C	C	4 - 297	1 - 294
3	5	ARG	ARG	HIS	HIS	(chain C and (resid 4 through 5 or (resid 6...	C	C	4 - 297	1 - 294
4	1	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain D and ((resid 4 and (name N or name...	D	D	4	1
4	2	ARG	ARG	HIS	HIS	(chain D and ((resid 4 and (name N or name...	D	D	4 - 297	1 - 294
4	3	ARG	ARG	HIS	HIS	(chain D and ((resid 4 and (name N or name...	D	D	4 - 297	1 - 294
4	4	ARG	ARG	HIS	HIS	(chain D and ((resid 4 and (name N or name...	D	D	4 - 297	1 - 294
4	5	ARG	ARG	HIS	HIS	(chain D and ((resid 4 and (name N or name...	D	D	4 - 297	1 - 294

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Protein MEMO1 / C21orf19-like protein / Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 7 / HCV NS5A-transactivated ...C21orf19-like protein / Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 7 / HCV NS5A-transactivated protein 7 / Mediator of ErbB2-driven cell motility 1 / Memo-1 分子量: 33441.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEMO1, C2orf4, MEMO, NS5ATP7, CGI-27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y316

#1: タンパク質

Protein MEMO1 / C21orf19-like protein / Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 7 / HCV NS5A-transactivated ...

分子量: 33441.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEMO1, C2orf4, MEMO, NS5ATP7, CGI-27 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y316

-
非ポリマー , 6種, 653分子

#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化	温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MES pH 5.5-7.0 22% PEG3350 crystallization under anaerobic conditions PH範囲: 5.5-7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→48.68 Å / Num. obs: 127620 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.909 % / B_iso Wilson estimate: 28.363 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_rim(I) all: 0.143 / Χ²: 1.094 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 881674 / Scaling rejects: 22

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.2	6.499	0.513	4.24	61029	9457	9391	0.923	0.558	99.3
2.2-2.26	6.886	0.433	5.29	63829	9273	9270	0.952	0.469	100
2.26-2.33	6.676	0.37	6.2	59782	8961	8955	0.964	0.401	99.9
2.33-2.4	6.986	0.359	6.79	60890	8717	8716	0.967	0.388	100
2.4-2.48	6.741	0.348	7.15	56280	8352	8349	0.967	0.377	100
2.48-2.57	7.15	0.334	8.29	58380	8165	8165	0.974	0.36	100
2.57-2.66	7.072	0.277	9.48	55750	7885	7883	0.98	0.299	100
2.66-2.77	6.802	0.248	10.33	51381	7556	7554	0.983	0.268	100
2.77-2.9	7.073	0.215	11.87	51451	7275	7274	0.985	0.232	100
2.9-3.04	6.879	0.166	13.92	47653	6927	6927	0.991	0.179	100
3.04-3.2	7.062	0.139	15.99	46635	6605	6604	0.994	0.15	100
3.2-3.4	7.083	0.109	19.31	44103	6227	6227	0.995	0.118	100
3.4-3.63	6.809	0.088	22.08	39992	5873	5873	0.996	0.095	100
3.63-3.92	7.074	0.076	25.07	38474	5439	5439	0.997	0.082	100
3.92-4.3	6.884	0.067	26.94	34579	5023	5023	0.997	0.072	100
4.3-4.8	7.081	0.059	29.46	32339	4568	4567	0.998	0.064	100
4.8-5.55	6.92	0.063	26.61	27583	3986	3986	0.998	0.068	100
5.55-6.79	6.943	0.068	24.81	23424	3374	3374	0.998	0.073	100
6.79-9.61	6.955	0.054	28.12	18242	2623	2623	0.998	0.059	100
9.61-48.68	6.956	0.049	30.77	9878	1431	1420	0.998	0.053	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc3_4028	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BCZ

3bcz

解像度: 2.15→48.68 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202	3810	2.99 %
R_work	0.1592	123745	-
obs	0.1604	127555	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.44 Å² / B_iso mean: 26.4591 Å² / B_iso min: 12.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→48.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9275	0	351	597	10223
B_iso mean	-	-	37.46	32.52	-
残基数	-	-	-	-	1176

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5156	X-RAY DIFFRACTION	10.171	TORSIONAL
1	2	B	5156	X-RAY DIFFRACTION	10.171	TORSIONAL
1	3	C	5156	X-RAY DIFFRACTION	10.171	TORSIONAL
1	4	D	5156	X-RAY DIFFRACTION	10.171	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.17	0.2674	139	0.216	4529	4668	98
2.17-2.2	0.2394	142	0.2031	4557	4699	100
2.2-2.23	0.2345	145	0.1938	4598	4743	100
2.23-2.27	0.2997	140	0.1931	4583	4723	100
2.27-2.3	0.2352	142	0.1792	4612	4754	100
2.3-2.34	0.2742	141	0.1836	4560	4701	100
2.34-2.37	0.2304	142	0.1825	4589	4731	100
2.37-2.41	0.2297	142	0.1811	4591	4733	100
2.41-2.46	0.2359	134	0.1832	4588	4722	100
2.46-2.51	0.2081	143	0.1824	4604	4747	100
2.51-2.56	0.2273	143	0.1745	4575	4718	100
2.56-2.61	0.2615	143	0.1768	4580	4723	100
2.61-2.67	0.2523	141	0.1613	4568	4709	100
2.67-2.74	0.213	142	0.1721	4582	4724	100
2.74-2.81	0.2919	143	0.17	4603	4746	100
2.81-2.9	0.2264	146	0.1722	4584	4730	100
2.9-2.99	0.1981	138	0.169	4568	4706	100
2.99-3.1	0.1843	140	0.1702	4573	4713	100
3.1-3.22	0.2156	139	0.1611	4603	4742	100
3.22-3.37	0.1841	146	0.1489	4611	4757	100
3.37-3.55	0.1991	141	0.1422	4583	4724	100
3.55-3.77	0.1882	140	0.1347	4610	4750	100
3.77-4.06	0.1684	139	0.1279	4585	4724	100
4.06-4.47	0.1412	142	0.1211	4577	4719	100
4.47-5.11	0.1288	144	0.1251	4595	4739	100
5.11-6.44	0.1984	130	0.1719	4577	4707	100
6.44-48.68	0.1788	143	0.1697	4560	4703	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8135	0.061	0.2705	0.6484	-0.0704	2.3872	0.036	0.0384	-0.0398	-0.0372	0.0431	-0.0223	0.0091	-0.0501	-0.0658	0.1159	-0.0049	0.0043	0.0895	-0.0026	0.1651	18.0385	23.8715	11.714
2	0.7719	-0.1054	0.1338	0.4745	-0.1579	2.224	-0.0321	0.0007	0.0251	-0.0475	-0.0627	-0.0595	0.0031	0.0594	0.0826	0.1305	0.0008	0.0149	0.0875	0.0286	0.1995	-16.4412	22.5126	36.8309
3	1.1945	-0.0746	0.5198	0.5575	0.0344	2.4223	-0.0528	-0.0153	0.076	0.0515	-0.0871	-0.0716	-0.0286	0.1685	0.1166	0.1448	0.0007	-0.0181	0.1357	0.028	0.1989	-16.8994	18.0201	-9.7296
4	1.1615	0.0794	0.0684	0.7917	-0.1482	2.1414	-0.0034	0.0264	0.0504	0.0164	0.0071	-0.0104	-0.0012	0.0464	-0.0009	0.1146	0.0157	-0.014	0.096	-0.0047	0.1473	18.4964	17.044	58.5989

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 4 through 297)	A	4 - 297
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 4 through 297)	B	4 - 297
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 4 through 297)	C	4 - 297
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 4 through 297)	D	4 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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