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- PDB-7kpu: Crystal structure of human NatD (NAA40) bound to a bisubstrate an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kpu
タイトルCrystal structure of human NatD (NAA40) bound to a bisubstrate analogue with a C-3 linker
要素
  • N-alpha-acetyltransferase 40
  • bisubstrate analogue (CMC-ACE-SER-GLY-ARG-GLY-LYS)
キーワードTRANSFERASE / acetyl transferase / NAA40 / NatD / bisubstrate
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal L-serine Nalpha-acetyltransferase NatD / histone H2A acetyltransferase activity / peptide-serine-alpha-N-acetyltransferase activity / histone H4 acetyltransferase activity / centriolar satellite / lipid metabolic process / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-alpha-acetyltransferase 40 / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / AMINO GROUP / Chem-WZG / N-alpha-acetyltransferase 40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Deng, S. / Marmorstein, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Novel Bisubstrate Inhibitors for Protein N-Terminal Acetyltransferase D.
著者: Deng, Y. / Deng, S. / Ho, Y.H. / Gardner, S.M. / Huang, Z. / Marmorstein, R. / Huang, R.
履歴
登録2020年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: N-alpha-acetyltransferase 40
E: bisubstrate analogue (CMC-ACE-SER-GLY-ARG-GLY-LYS)
A: N-alpha-acetyltransferase 40
B: bisubstrate analogue (CMC-ACE-SER-GLY-ARG-GLY-LYS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,05619
ポリマ－48,4074
非ポリマー2,64915
水7,602422
1
D: N-alpha-acetyltransferase 40
E: bisubstrate analogue (CMC-ACE-SER-GLY-ARG-GLY-LYS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4468
ポリマ－24,2032
非ポリマー1,2436
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: N-alpha-acetyltransferase 40
B: bisubstrate analogue (CMC-ACE-SER-GLY-ARG-GLY-LYS)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,61011
ポリマ－24,2032
非ポリマー1,4069
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.317, 74.164, 127.022
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 DAEB

#1: タンパク質 N-alpha-acetyltransferase 40 / N-acetyltransferase 11 / N-alpha-acetyltransferase D / hNatD / Protein acetyltransferase 1


分子量: 23697.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAA40, NAT11, PATT1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: Q86UY6, N-terminal L-serine Nalpha-acetyltransferase NatD
#2: タンパク質・ペプチド bisubstrate analogue (CMC-ACE-SER-GLY-ARG-GLY-LYS)


分子量: 505.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 7種, 437分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-WZG / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]methyl (3R)-3-hydroxy-2,2-dimethyl-4-[(3-{[2-(methylsulfanyl)ethyl]amino}-3-oxopropyl)amino]-4-oxobutyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)


分子量: 781.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H38N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#7: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-tris, pH 5.5, 2M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→127.02 Å / Num. obs: 81356 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 15.02 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 1.43→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 3986 / CC1/2: 0.961 / Rpim(I) all: 0.12 / Rrim(I) all: 0.295

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U9W

4u9w


解像度: 1.43→64.05 Å / SU ML: 0.117 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.3216 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1827 4071 5.01 %
Rwork0.1626 77198 -
obs0.1636 81269 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→64.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3307 0 59 423 3789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01263430
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48914622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0927477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.30081222
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.43-1.450.20531220.19332537X-RAY DIFFRACTION95.58
1.45-1.460.24291180.18662561X-RAY DIFFRACTION97.21
1.46-1.480.21721320.18292621X-RAY DIFFRACTION97.55
1.48-1.50.20711530.17392584X-RAY DIFFRACTION98.99
1.5-1.520.21791510.17712579X-RAY DIFFRACTION98.73
1.52-1.540.1981480.18222651X-RAY DIFFRACTION99.15
1.54-1.570.18321280.17922627X-RAY DIFFRACTION99.67
1.57-1.590.18541110.16522708X-RAY DIFFRACTION99.68
1.59-1.620.19971350.1622602X-RAY DIFFRACTION99.74
1.62-1.650.18561440.16482656X-RAY DIFFRACTION99.72
1.65-1.680.19451240.16072666X-RAY DIFFRACTION99.82
1.68-1.710.18951360.16842651X-RAY DIFFRACTION99.86
1.71-1.740.18141360.16412659X-RAY DIFFRACTION99.93
1.74-1.780.1851390.16512667X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.820.20671430.15932649X-RAY DIFFRACTION99.86
1.82-1.870.18451310.16912671X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.920.19921410.16332664X-RAY DIFFRACTION99.5
1.92-1.970.16861720.16092615X-RAY DIFFRACTION99.68
1.97-2.040.16691620.15952625X-RAY DIFFRACTION99.18
2.04-2.110.16771410.15572698X-RAY DIFFRACTION99.82
2.11-2.20.1851380.15372682X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.30.16091430.15072672X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.420.18771550.15292687X-RAY DIFFRACTION99.72
2.42-2.570.17031520.15182691X-RAY DIFFRACTION99.89
2.57-2.770.17321740.15582653X-RAY DIFFRACTION99.82
2.77-3.040.16761460.16752716X-RAY DIFFRACTION99.93
3.04-3.480.15711410.16262745X-RAY DIFFRACTION99.93
3.48-4.390.1691320.14452757X-RAY DIFFRACTION99.01
4.39-64.050.24291230.18742904X-RAY DIFFRACTION98.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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