PDB-7kpp: Structure of the E102A mutant of a GNAT superfamily PA3944 acetyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kpp

タイトル

Structure of the E102A mutant of a GNAT superfamily PA3944 acetyltransferase

要素

Acetyltransferase PA3944

キーワード

TRANSFERASE / PA3944 / acetyltransferase / GNAT Superfamily / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

Acetyltransferase (GNAT) domain / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Acyl-CoA N-acyltransferase / COENZYME A / Acetyltransferase PA3944

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Czub, M.P. / Porebski, P.J. / Majorek, K.A. / Cymborowski, M. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021
タイトル: Gcn5-Related N- Acetyltransferases (GNATs) With a Catalytic Serine Residue Can Play Ping-Pong Too.
著者: Baumgartner, J.T. / Habeeb Mohammad, T.S. / Czub, M.P. / Majorek, K.A. / Arolli, X. / Variot, C. / Anonick, M. / Minor, W. / Ballicora, M.A. / Becker, D.P. / Kuhn, M.L.

履歴

登録	2020年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月9日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7kpp_validation.pdf.gz	939.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kpp_full_validation.pdf.gz	940.4 KB	表示
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CIF形式データ	7kpp_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/7kpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/7kpp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kpsC 6eddS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kyj-1 4c1x-d 7kye-d 6edv-d 4get-1 4pbo-d 4oae-d 6s4c-d 2idv-d 3np1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP52183

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (4)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (3)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyltransferase PA3944

B: Acetyltransferase PA3944

ヘテロ分子

46 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Acetyltransferase PA3944

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, gel filtration
23.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Acetyltransferase PA3944

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	36.344, 44.038, 60.184
Angle α, β, γ (deg.)	98.030, 106.880, 90.030
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 9 - 191 / Label seq-ID: 11 - 193

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Acetyltransferase PA3944 / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT 分子量: 22038.008 Da / 分子数: 2 / 変異: E102A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3944 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HX72, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.55 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.3 uL of 10 mg/mL protein incubated with 5mM CoA was mixed with 0.2 uL of the well condition (MCSG suite I condition 11 - 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 200 mM calcium acetate, 20% w/v PEG 3000) ...詳細: 0.3 uL of 10 mg/mL protein incubated with 5mM CoA was mixed with 0.2 uL of the well condition (MCSG suite I condition 11 - 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 200 mM calcium acetate, 20% w/v PEG 3000) and equilibrated against well solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci).

結晶

マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.55 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3 uL of 10 mg/mL protein incubated with 5mM CoA was mixed with 0.2 uL of the well condition (MCSG suite I condition 11 - 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 200 mM calcium acetate, 20% w/v PEG 3000) ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 60281 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 0.973 / Net I/σ(I): 13.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.45-1.48	4	0.206	2922	0.938	0.119	0.24	0.873	93.1
1.48-1.5	4.3	0.187	2904	0.956	0.103	0.215	0.92	93.6
1.5-1.53	4.7	0.18	2946	0.968	0.093	0.203	0.935	94.4
1.53-1.56	4.8	0.158	2979	0.977	0.08	0.178	0.899	94.8
1.56-1.6	4.8	0.139	2985	0.984	0.07	0.156	0.9	94.9
1.6-1.63	4.8	0.124	3013	0.985	0.063	0.139	0.932	95.4
1.63-1.67	4.8	0.11	2964	0.988	0.056	0.124	0.905	95.4
1.67-1.72	4.8	0.097	2984	0.99	0.049	0.109	0.971	95.5
1.72-1.77	4.8	0.089	3019	0.991	0.045	0.1	0.951	95.8
1.77-1.83	4.8	0.078	3012	0.994	0.039	0.088	0.983	96.3
1.83-1.89	4.8	0.067	3034	0.994	0.034	0.075	0.98	96.3
1.89-1.97	4.8	0.058	2980	0.995	0.029	0.065	1.016	96.4
1.97-2.06	4.8	0.051	3022	0.997	0.026	0.058	1.049	96.8
2.06-2.17	4.8	0.046	3068	0.997	0.023	0.052	1.039	97.2
2.17-2.3	4.8	0.042	3060	0.997	0.021	0.047	1.003	97.4
2.3-2.48	4.8	0.04	3070	0.998	0.02	0.045	0.998	97.8
2.48-2.73	4.8	0.037	3084	0.998	0.019	0.042	1.007	98.1
2.73-3.12	4.8	0.034	3061	0.998	0.017	0.038	1.003	98.5
3.12-3.94	4.8	0.031	3101	0.998	0.016	0.035	0.984	98.9
3.94-50	4.7	0.035	3095	0.996	0.018	0.04	1.066	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EDD

6edd

解像度: 1.45→43.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.811 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1684	2930	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1487	-	-	-
obs	0.1496	57351	96.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.85 Å² / B_iso mean: 17.049 Å² / B_iso min: 6.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0.01 Å²	-0.06 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0.04 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→43.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3035	0	132	588	3755
B_iso mean	-	-	18.46	28.55	-
残基数	-	-	-	-	377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.017	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.245	1.663	4535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.371	1.576	6959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.494	5	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.142	18.655	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.355	15	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.28	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	873

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6178 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.197	189	-
R_work	0.187	4098	-
all	-	4287	-
obs	-	-	92.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7911	-0.3798	1.3386	1.3467	-0.5417	6.2565	-0.0097	-0.0602	0.1068	-0.0157	0.0187	0.0837	-0.0934	-0.419	-0.0089	0.0471	0.0005	0.0132	0.0935	-0.0019	0.0696	-3.925	18.322	20.138
2	3.144	-2.3394	0.635	1.8261	-0.3654	0.7421	0.0339	0.1541	0.1626	-0.0321	-0.0782	-0.1382	-0.0586	0.0326	0.0443	0.0179	0.0006	0.0142	0.0669	0.0197	0.0545	9.738	15.413	8.943
3	3.3303	-0.3847	-0.0232	0.2887	-0.159	0.4884	0.0444	0.3075	0.0465	-0.0476	-0.0406	-0.0142	0.0264	0.0064	-0.0039	0.0277	0.0013	0.0152	0.0849	0.0081	0.0352	4.241	10.542	3.844
4	0.1833	0.1034	0.2455	1.8329	-0.2059	0.5424	0.0228	0.0157	0.0045	-0.0179	-0.0348	-0.0562	0.0006	-0.0324	0.0121	0.0179	0.007	0.0146	0.0554	-0.0071	0.0405	-0.845	8.423	13.543
5	1.4393	0.7695	0.4573	0.9603	0.1639	0.6957	0.0422	-0.0211	0.0127	0.0535	-0.0368	-0.0051	-0.009	-0.0002	-0.0054	0.0042	0.0013	0.003	0.0301	0.0024	0.0421	3.13	9.249	20.72
6	5.068	-0.9883	-1.1451	0.917	0.3487	0.591	-0.008	0.0013	0.0271	-0.0017	-0.0183	0.0649	0.0272	-0.0256	0.0263	0.0053	-0.0055	0.0043	0.0499	0.0051	0.0411	-4.036	0.713	19.167
7	0.6689	-0.0926	-0.0312	0.7362	-0.0196	0.8718	0.0186	0.0644	-0.0063	-0.0203	-0.0005	-0.0371	0.0844	0.031	-0.018	0.0094	0.0049	0.0015	0.0492	0.0012	0.033	7.091	-5.235	16.609
8	6.7126	0.7933	-2.8761	2.9877	-4.5901	7.4862	0.12	-0.3894	-0.1212	0.3592	-0.2922	-0.1038	-0.5503	0.494	0.1723	0.1377	-0.0542	-0.0239	0.1513	0.0283	0.0623	-5.604	-0.363	30.602
9	2.8449	0.379	4.5116	0.0515	0.6201	8.8112	0.0614	-0.4453	-0.0464	0.001	-0.0498	-0.0009	-0.0791	-0.6076	-0.0116	0.1733	-0.0416	-0.0051	0.1961	0.0167	0.1562	24.885	38.319	60.117
10	0.7058	0.0046	0.0483	0.6335	0.1963	1.16	0.0232	-0.0737	0.0684	-0.0039	-0.0468	-0.0057	-0.0934	0.0551	0.0237	0.014	0.0048	0.0049	0.0543	-0.0052	0.038	14.373	38.764	44.44
11	3.0049	-0.0603	0.2587	0.0829	0.2868	1.0885	-0.0165	-0.196	-0.0443	0.0214	-0.0037	0.0041	0.0662	-0.0719	0.0202	0.0319	0.0041	0.0142	0.0815	0.0011	0.0304	12.547	32.922	53.795
12	0.2395	0.3574	0.3839	0.919	0.779	1.1139	0.0615	-0.0475	-0.0098	0.039	0.0049	-0.0218	0.0942	0.0337	-0.0664	0.0285	-0.0106	0.0064	0.0613	0.0041	0.0422	20.231	30.355	43.996
13	1.474	-0.6148	0.3322	0.9676	0.1087	0.6634	0.0351	0.0501	0.0142	-0.042	-0.0158	-0.0433	-0.0095	0.0302	-0.0192	0.0036	-0.0048	0.0072	0.0338	-0.0034	0.0364	18.764	30.472	35.611
14	0.548	0.0498	0.0895	1.5441	0.4187	0.7889	0.0359	-0.0266	-0.0033	0.0658	-0.0412	0.0986	0.0944	-0.0575	0.0052	0.0128	-0.0084	0.0034	0.0444	-0.0054	0.0421	11.522	18.535	36.194
15	1.2601	0.1068	-0.6245	2.1	-0.1754	1.8346	0.0691	-0.1979	-0.0636	0.4643	-0.0011	0.1397	0.0951	-0.0237	-0.0679	0.1215	-0.0208	0.0227	0.0698	0.007	0.0338	11.777	15.32	45.551
16	4.1123	-2.4882	-4.4237	6.3602	6.0794	7.1709	0.1748	0.3688	-0.1005	-0.5231	-0.4401	0.3088	-0.4832	-0.4843	0.2653	0.1425	0.0552	-0.0543	0.207	-0.0516	0.0969	23.784	21.996	26.371

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	44 - 66
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	67 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	99 - 128
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	129 - 144
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	145 - 186
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	187 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	0 - 5
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	6 - 43
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	44 - 63
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	64 - 100
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	101 - 136
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	137 - 165
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	166 - 187
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	188 - 192

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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