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万見
- PDB-7kpm: Crystal structure of hEphB1 bound with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kpm
タイトルCrystal structure of hEphB1 bound with ADP
要素Ephrin type-B receptor 1
キーワードTRANSFERASE / HEPHB1 / ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


skeletal muscle satellite cell activation / hindbrain tangential cell migration / negative regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / optic nerve morphogenesis / central nervous system projection neuron axonogenesis / negative regulation of satellite cell differentiation / axon guidance receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / immunological synapse formation / filopodium tip ...skeletal muscle satellite cell activation / hindbrain tangential cell migration / negative regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / optic nerve morphogenesis / central nervous system projection neuron axonogenesis / negative regulation of satellite cell differentiation / axon guidance receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / immunological synapse formation / filopodium tip / dendritic spine development / camera-type eye morphogenesis / dendritic spine morphogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / EPH-Ephrin signaling / regulation of JNK cascade / positive regulation of synapse assembly / Ephrin signaling / neural precursor cell proliferation / establishment of cell polarity / cell-substrate adhesion / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neurogenesis / EPHB-mediated forward signaling / axon guidance / cell chemotaxis / receptor protein-tyrosine kinase / modulation of chemical synaptic transmission / protein autophosphorylation / early endosome membrane / angiogenesis / membrane raft / axon / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ephrin type-B receptor 1, ligand binding domain / EphB1 , SAM domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. ...Ephrin type-B receptor 1, ligand binding domain / EphB1 , SAM domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 2. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ephrin type-B receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.608 Å
データ登録者Ahmed, M. / Wang, P. / Sadek, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Identification of tetracycline combinations as EphB1 tyrosine kinase inhibitors for treatment of neuropathic pain.
著者: Ahmed, M.S. / Wang, P. / Nguyen, N.U.N. / Nakada, Y. / Menendez-Montes, I. / Ismail, M. / Bachoo, R. / Henkemeyer, M. / Sadek, H.A. / Kandil, E.S.
履歴
登録2020年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ephrin type-B receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2512
ポリマ－31,8231
非ポリマー4271
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.134, 91.362, 96.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ephrin type-B receptor 1 / ELK / EPH tyrosine kinase 2 / EPH-like kinase 6 / hEK6 / Neuronally-expressed EPH-related tyrosine ...ELK / EPH tyrosine kinase 2 / EPH-like kinase 6 / hEK6 / Neuronally-expressed EPH-related tyrosine kinase / NET / Tyrosine-protein kinase receptor EPH-2


分子量: 31823.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHB1, ELK, EPHT2, HEK6, NET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54762, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium malonate, pH 4.6, 14% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月2日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 38492 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 1.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 3783

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3zfx

3zfx


解像度: 1.608→48.455 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1973 1869 4.93 %
Rwork0.167 36057 -
obs0.1685 37926 96.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.93 Å2 / Biso mean: 18.8469 Å2 / Biso min: 5.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.608→48.455 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2048 0 27 255 2330
Biso mean--22.06 31.07 -
残基数----255
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.608-1.6510.23571120.2022214575
1.651-1.69960.21331330.1955264795
1.6996-1.75450.23861500.1868272896
1.7545-1.81720.21211530.1737274298
1.8172-1.88990.21991480.1701281999
1.8899-1.97590.19661560.16122829100
1.9759-2.08010.19041580.1555281799
2.0801-2.21040.19241430.1499283699
2.2104-2.38110.18781480.16042833100
2.3811-2.62070.19261130.1663288199
2.6207-2.99990.21281400.172286299
2.9999-3.77930.181730.16132896100
3.7793-48.4550.19281420.1698302298
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.1937 Å / Origin y: -8.2937 Å / Origin z: -18.9093 Å
111213212223313233
T0.0596 Å20.0094 Å2-0.0023 Å2-0.0693 Å20.0081 Å2--0.0857 Å2
L0.2762 °20.0125 °2-0.2108 °2-0.3847 °20.1764 °2--1.1022 °2
S-0.0109 Å °0.046 Å °0.0079 Å °-0.0298 Å °-0.0287 Å °0.0281 Å °0.062 Å °-0.0399 Å °0.0312 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA611 - 888
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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