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- PDB-7kp4: Crystal structure of human claudin-4 in complex with Clostridium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kp4
タイトルCrystal structure of human claudin-4 in complex with Clostridium perfringens enterotoxin C-terminal domain
要素
  • Claudin-4
  • Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードCELL ADHESION/TOXIN / Claudin / Enterotoxin / Tight junction protein / Transmembrane protein / CELL ADHESION-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


paracellular transport / positive regulation of metallopeptidase activity / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / Tight junction interactions / bicellular tight junction assembly / apicolateral plasma membrane / regulation of cell morphogenesis / tight junction / positive regulation of wound healing / chloride channel activity ...paracellular transport / positive regulation of metallopeptidase activity / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / Tight junction interactions / bicellular tight junction assembly / apicolateral plasma membrane / regulation of cell morphogenesis / tight junction / positive regulation of wound healing / chloride channel activity / renal absorption / chloride channel complex / lateral plasma membrane / bicellular tight junction / establishment of skin barrier / basal plasma membrane / response to progesterone / female pregnancy / circadian rhythm / transmembrane signaling receptor activity / cell-cell junction / toxin activity / cell adhesion / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / structural molecule activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Claudin-4 / Claudin / Claudin, conserved site / Claudin family signature. / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Claudin-4 / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Vecchio, A.J. / Stroud, R.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138368 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM024485 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural basis for Clostridium perfringens enterotoxin targeting of claudins at tight junctions in mammalian gut.
著者: Vecchio, A.J. / Rathnayake, S.S. / Stroud, R.M.
履歴
登録2020年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Claudin-4
B: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7292
ポリマ－37,7292
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.360, 116.230, 118.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Claudin-4 / Clostridium perfringens enterotoxin receptor / CPE-receptor / Williams-Beuren syndrome chromosomal ...Clostridium perfringens enterotoxin receptor / CPE-receptor / Williams-Beuren syndrome chromosomal region 8 protein


分子量: 22613.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLDN4, CPER, CPETR1, WBSCR8 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Tni / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O14493
#2: タンパク質 Heat-labile enterotoxin B chain


分子量: 15114.945 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal domain (UNP residues 192-319) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: cpe / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Tni / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01558
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM DL-malic acid + MES + Tris base (1:2:2), pH 6.0, 25% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月18日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.365→59.03 Å / Num. obs: 26037 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 156.9 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 8.11
反射 シェル解像度: 3.365→3.449 Å / 冗長度: 2.56 % / Mean I/σ(I) obs: 0.29 / Num. unique obs: 1756 / CC1/2: 0.139 / CC star: 0.139 / Rrim(I) all: 5.94 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDS20180427データ削減
XSCALE20180427データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ov2 poly(ALA) and displaced cCpE from 6ov2

6ov2

6ov2


解像度: 3.37→44.81 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 1908 7.83 %
Rwork0.294 --
obs0.294 24373 91.8 %
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.37→44.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2375 0 0 0 2375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.823338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9911447
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004416
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.365-3.44890.4766910.4551896X-RAY DIFFRACTION51
3.4489-3.54210.39951000.45971070X-RAY DIFFRACTION62
3.5421-3.64630.44411100.42061539X-RAY DIFFRACTION88
3.6463-3.76390.46091320.38611728X-RAY DIFFRACTION98
3.7639-3.89840.36831810.34251720X-RAY DIFFRACTION99
3.8984-4.05440.351310.32281721X-RAY DIFFRACTION99
4.0544-4.23870.34481390.30491739X-RAY DIFFRACTION99
4.2387-4.4620.29391750.26731716X-RAY DIFFRACTION99
4.462-4.74130.29641330.23811740X-RAY DIFFRACTION98
4.7413-5.10690.24741340.23711724X-RAY DIFFRACTION99
5.1069-5.61990.26281530.24131704X-RAY DIFFRACTION99
5.6199-6.43110.27111500.24781743X-RAY DIFFRACTION99
6.4311-8.09470.25231200.28011740X-RAY DIFFRACTION99
8.0947-44.8070.28651590.3121685X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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