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万見
- PDB-7kob: Crystal structure of antigen 43b from Escherichia coli CFT073 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kob
タイトルCrystal structure of antigen 43b from Escherichia coli CFT073
要素Antigen 43b
キーワードMICROBIAL PROTEIN / Autotransporters / Biofilm / Bacterial virulence / Bacterial infection
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / periplasmic space / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Adhesin of bacterial autotransporter system / Autochaperone domain type 1 / Adhesin of bacterial autotransporter system, probable stalk / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily ...Adhesin of bacterial autotransporter system / Autochaperone domain type 1 / Adhesin of bacterial autotransporter system, probable stalk / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Martinez-Ortiz, G.C. / Hor, L. / Paxman, J.J. / Heras, B.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)180102987 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)150102287 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1143638 オーストラリア
引用ジャーナル: NPJ Biofilms Microbiomes / 年: 2022
タイトル: Variation of Antigen 43 self-association modulates bacterial compacting within aggregates and biofilms.
著者: Vo, J.L. / Ortiz, G.C.M. / Totsika, M. / Lo, A.W. / Hancock, S.J. / Whitten, A.E. / Hor, L. / Peters, K.M. / Ageorges, V. / Caccia, N. / Desvaux, M. / Schembri, M.A. / Paxman, J.J. / Heras, B.
履歴
登録2020年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen 43b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9875
ポリマ－36,6191
非ポリマー3684
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area14340 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)32.780, 70.890, 171.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Antigen 43b


分子量: 36618.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: c1273 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2V731
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4
詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 6.4, 14% PEG 4000, 20% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→36.67 Å / Num. obs: 24576 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 152138 / Scaling rejects: 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.08-2.145.90.7631046617690.7270.3270.8332.394.4
9.07-36.675.80.05421633740.9960.0240.05915.398.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.08 Å36.67 Å
Translation2.08 Å36.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimless0.5.7データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KH3

4kh3


解像度: 2.08→36.67 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2012 1285 5.24 %
Rwork0.1655 23227 -
obs0.1674 24512 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.05 Å2 / Biso mean: 27.2779 Å2 / Biso min: 10.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.08→36.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2530 0 56 222 2808
Biso mean--70.74 30.62 -
残基数----361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8473480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.75387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005470
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.08-2.160.26361480.23572412256094
2.16-2.260.2121120.19542443255595
2.26-2.380.23071360.16932517265396
2.38-2.530.221500.17062563271399
2.53-2.730.20971390.175725862725100
2.73-30.19831420.175126162758100
3-3.430.20071530.163626052758100
3.43-4.320.171410.141726752816100
4.32-36.670.19411640.15162810297499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.99341.10421.47272.22990.77333.13420.1323-0.4751-0.51170.3835-0.1598-0.31150.36120.08160.02470.3526-0.0077-0.01050.20950.09490.2888-31.3073-74.7935233.1672
22.8541.3610.471.99550.43912.5092-0.0382-0.1472-0.13260.2873-0.0536-0.07080.0409-0.00730.03150.18550.00180.0150.13250.01170.1869-34.2573-67.4541226.9718
30.3132-0.0836-0.44711.6533-0.55851.1386-0.00580.0018-0.0404-0.0756-0.0312-0.0430.0366-0.06860.02050.0627-0.0065-0.0150.1338-0.03040.1377-30.2004-51.4145211.082
40.86930.00510.25821.6511-0.57491.1309-0.03450.10730.0351-0.30610.0443-0.093-0.1241-0.0009-0.0330.22250.00820.03530.1469-0.01640.1277-28.8972-28.6681192.5751
51.2517-0.47621.11823.44-0.47221.86160.02020.45030.0014-0.749-0.114-0.09980.04540.1041-0.03060.6089-0.01450.06850.3062-0.01610.1565-30.172-24.1044176.1176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 29 )A0 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 78 )A30 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 79 through 226 )A79 - 226
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 227 through 325 )A227 - 325
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 326 through 364 )A326 - 364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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