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- PDB-7kn8: Crystal structure of the GH74 xyloglucanase from Xanthomonas camp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kn8
タイトルCrystal structure of the GH74 xyloglucanase from Xanthomonas campestris (Xcc1752)
要素Cellulase
キーワードHYDROLASE / Glycoside Hydrolase Family 74 / Xyloglucanase / Xyloglucan
機能・相同性: / xyloglucan metabolic process / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / polysaccharide catabolic process / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / IODIDE ION / Cellulase
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Araujo, E.A. / Vieira, P.S. / Murakami, M.T. / Polikarpov, I.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/06509-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/26982-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/13684-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)303988-2015-5 ブラジル
引用ジャーナル: Nature Communications / 年: 2021
タイトル: Xyloglucan processing machinery in Xanthomonas pathogens and its role in the transcriptional activation of virulence factors
著者: Vieira, P.S. / Bonfim, I.M. / Araujo, E.A. / Melo, R.R. / Lima, A.R. / Fessel, M.R. / Paixao, D.A.A. / Persinoti, G.F. / Rocco, S.A. / Lima, T.B. / Pirolla, R.A.S. / Morais, M.A.B. / Correa, ...著者: Vieira, P.S. / Bonfim, I.M. / Araujo, E.A. / Melo, R.R. / Lima, A.R. / Fessel, M.R. / Paixao, D.A.A. / Persinoti, G.F. / Rocco, S.A. / Lima, T.B. / Pirolla, R.A.S. / Morais, M.A.B. / Correa, J.B.L. / Zanphorlin, L.M. / Diogo, J.A. / Lima, E.A. / Grandis, A. / Buckeridge, M.S. / Gozzo, F.C. / Benedetti, C.E. / Polikarpov, I. / Giuseppe, P.O. / Murakami, M.T.
履歴
登録2020年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulase
B: Cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,94329
ポリマ－154,6132
非ポリマー3,33027
水19,5281084
1
A: Cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,00315
ポリマ－77,3071
非ポリマー1,69614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,94114
ポリマ－77,3071
非ポリマー1,63413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.790, 100.430, 168.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Cellulase


分子量: 77306.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (strain ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25) (バクテリア)
株: ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25 / 遺伝子: XCC1752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8P9U5
#2: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 474.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 1109分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1084 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 mol/L sodium iodede 0.1 mol/L bis-tris propane 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45855 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月23日
放射モノクロメーター: Water-cooled Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→19.992 Å / Num. obs: 99662 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 12.191 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.02
反射 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 10.12 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 15178 / CC1/2: 0.888 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3139精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CN2

2cn2


解像度: 1.95→19.992 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 5044 5.07 %
Rwork0.2163 94491 -
obs0.2181 99535 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.54 Å2 / Biso mean: 19.4244 Å2 / Biso min: 14.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→19.992 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10844 0 116 1084 12044
Biso mean--24.29 20.28 -
残基数----1415
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.95-1.97170.38111420.3211248979
1.9717-1.99480.32731590.2868308997
1.9948-2.01910.29451800.2859308298
2.0191-2.04470.32311720.2808307097
2.0447-2.07160.31221620.307308598
2.0716-2.09990.3461630.2732312597
2.0999-2.12990.31661590.2696314998
2.1299-2.16160.29921900.2559307597
2.1616-2.19540.29141660.2628311098
2.1954-2.23130.34641640.2787313298
2.2313-2.26970.35161700.3337307997
2.2697-2.31090.33091720.2766315399
2.3109-2.35530.27291600.2687312598
2.3553-2.40330.34521850.2456313498
2.4033-2.45550.2741420.249317299
2.4555-2.51250.29171570.2609315499
2.5125-2.57520.30271670.2255316298
2.5752-2.64470.23361830.2215316599
2.6447-2.72230.28941690.2243317799
2.7223-2.810.25761640.2134320099
2.81-2.91010.28341680.2072318499
2.9101-3.02620.26311590.2004320399
3.0262-3.16350.25061770.19623201100
3.1635-3.32950.20821500.18993227100
3.3295-3.53710.20741680.17913242100
3.5371-3.80840.18551770.16793235100
3.8084-4.18850.20861620.16883268100
4.1885-4.78730.15871760.1543272100
4.7873-6.00430.20191990.17933279100
6.0043-19.9920.20811820.20513453100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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