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- PDB-7kmo: Crystal structure of the GH35 beta-galactosidase (Xac1772) from X... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kmo
タイトルCrystal structure of the GH35 beta-galactosidase (Xac1772) from Xanthomonas citri in complex with galactose
要素Beta-galactosidase, GH35
キーワードHYDROLASE / Glycoside Hydrolase Family 35 / Xyloglucan
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase complex / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF5597 / Domain of unknown function (DUF5597) / Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Glycoside hydrolase, family 35 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-galactopyranose / Glycoside hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.753 Å
データ登録者Vieira, P.S. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/06509-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/26982-0 ブラジル
引用ジャーナル: Nature Communications / 年: 2021
タイトル: Xyloglucan processing machinery in Xanthomonas pathogens and its role in the transcriptional activation of virulence factors
著者: Vieira, P.S. / Bonfim, I.M. / Araujo, E.A. / Melo, R.R. / Lima, A.R. / Fessel, M.R. / Paixao, D.A.A. / Persinoti, G.F. / Rocco, S.A. / Lima, T.B. / Pirolla, R.A.S. / Morais, M.A.B. / Correa, ...著者: Vieira, P.S. / Bonfim, I.M. / Araujo, E.A. / Melo, R.R. / Lima, A.R. / Fessel, M.R. / Paixao, D.A.A. / Persinoti, G.F. / Rocco, S.A. / Lima, T.B. / Pirolla, R.A.S. / Morais, M.A.B. / Correa, J.B.L. / Zanphorlin, L.M. / Diogo, J.A. / Lima, E.A. / Grandis, A. / Buckeridge, M.S. / Gozzo, F.C. / Benedetti, C.E. / Polikarpov, I. / Giuseppe, P.O. / Murakami, M.T.
履歴
登録2020年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase, GH35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4789
ポリマ－59,6451
非ポリマー8338
水9,116506
1
A: Beta-galactosidase, GH35
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase, GH35
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase, GH35
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase, GH35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,91136
ポリマ－238,5804
非ポリマー3,33132
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area15750 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area73810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.680, 116.680, 97.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Beta-galactosidase, GH35


分子量: 59644.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: XAC1772 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PLM3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 糖 ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.2 mol/L ammonium sulfate 8% glycerol 0.1 mmol/L tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45872 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月13日
放射モノクロメーター: Water-cooled Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→19.447 Å / Num. obs: 63855 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.47 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.92
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 5.958 % / Mean I/σ(I) obs: 0.64 / Num. unique obs: 10477 / CC1/2: 0.327 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3139精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D1I

4d1i


解像度: 1.753→19.447 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 3038 5 %
Rwork0.1934 57714 -
obs0.1958 60752 92.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.91 Å2 / Biso mean: 37.8966 Å2 / Biso min: 23.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.753→19.447 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4040 0 52 506 4598
Biso mean--60.9 41.87 -
残基数----511
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.753-1.78020.35361450.3432276199
1.7802-1.80940.38111490.35152845100
1.8094-1.84050.38071470.34012800100
1.8405-1.8740.37491430.3749269896
1.874-1.910.7148800.6401153192
1.91-1.94890.603560.4749107942
1.9489-1.99130.31421470.27982792100
1.9913-2.03760.29341490.22862830100
2.0376-2.08850.25071490.21572821100
2.0885-2.14490.25431480.22792814100
2.1449-2.20790.25341480.23212811100
2.2079-2.2790.6383930.5471173861
2.279-2.36040.31241380.2462616100
2.3604-2.45470.29361500.2052854100
2.4547-2.56620.24831470.18942793100
2.5662-2.70110.22241490.17732829100
2.7011-2.86990.22431510.18212860100
2.8699-3.09070.23881490.18082833100
3.0907-3.40020.20381490.1692842100
3.4002-3.88880.23251490.1596281899
3.8888-4.88660.14711500.12362849100
4.8866-19.4470.1751520.13862900100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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