[日本語] English
万見
- PDB-7kn4: Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding do... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kn4
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain complexed with a pre-pandemic antibody S-E6 Fab
要素
  • S-E6 Fab heavy chain
  • S-E6 Fab light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Antibody / Spike / Coronavirus / COVID-19 / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / phage display / pre-pandemic
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Liu, H. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2022
タイトル: Neutralizing Antibodies to SARS-CoV-2 Selected from a Human Antibody Library Constructed Decades Ago.
著者: Qiang, M. / Ma, P. / Li, Y. / Liu, H. / Harding, A. / Min, C. / Wang, F. / Liu, L. / Yuan, M. / Ji, Q. / Tao, P. / Shi, X. / Li, Z. / Li, T. / Wang, X. / Zhang, Y. / Wu, N.C. / Lee, C.D. / ...著者: Qiang, M. / Ma, P. / Li, Y. / Liu, H. / Harding, A. / Min, C. / Wang, F. / Liu, L. / Yuan, M. / Ji, Q. / Tao, P. / Shi, X. / Li, Z. / Li, T. / Wang, X. / Zhang, Y. / Wu, N.C. / Lee, C.D. / Zhu, X. / Gilbert-Jaramillo, J. / Zhang, C. / Saxena, A. / Huang, X. / Wang, H. / James, W. / Dwek, R.A. / Wilson, I.A. / Yang, G. / Lerner, R.A.
履歴
登録2020年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年1月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
H: S-E6 Fab heavy chain
L: S-E6 Fab light chain
M: S-E6 Fab heavy chain
N: S-E6 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,4758
ポリマ－145,0326
非ポリマー4422
水00
1
A: Spike protein S1
H: S-E6 Fab heavy chain
L: S-E6 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7374
ポリマ－72,5163
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area26710 Å2
手法PISA
2
B: Spike protein S1
M: S-E6 Fab heavy chain
N: S-E6 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7374
ポリマ－72,5163
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area26490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)242.106, 70.234, 91.889
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 334 through 339 or (resid 340...
21(chain B and (resid 334 through 369 or (resid 370...
12(chain H and (resid 1 through 18 or (resid 19...
22(chain M and (resid 1 through 4 or (resid 5...
13(chain L and (resid 2 through 12 or (resid 13...
23(chain N and (resid 2 through 93 or (resid 94...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNGLYGLY(chain A and (resid 334 through 339 or (resid 340...AA334 - 33916 - 21
121GLUGLUVALVAL(chain A and (resid 334 through 339 or (resid 340...AA340 - 34122 - 23
131ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 334 through 339 or (resid 340...AA334 - 52816 - 210
141ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 334 through 339 or (resid 340...AA334 - 52816 - 210
151ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 334 through 339 or (resid 340...AA334 - 52816 - 210
161ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 334 through 339 or (resid 340...AA334 - 52816 - 210
211ASNASNTYRTYR(chain B and (resid 334 through 369 or (resid 370...BB334 - 36916 - 51
221ASNASNSERSER(chain B and (resid 334 through 369 or (resid 370...BB370 - 37152 - 53
231ASNASNGLYGLY(chain B and (resid 334 through 369 or (resid 370...BB334 - 52616 - 208
241ASNASNGLYGLY(chain B and (resid 334 through 369 or (resid 370...BB334 - 52616 - 208
251ASNASNGLYGLY(chain B and (resid 334 through 369 or (resid 370...BB334 - 52616 - 208
261ASNASNGLYGLY(chain B and (resid 334 through 369 or (resid 370...BB334 - 52616 - 208
112GLNGLNLEULEU(chain H and (resid 1 through 18 or (resid 19...HC1 - 181 - 18
122SERSERSERSER(chain H and (resid 1 through 18 or (resid 19...HC1919
132GLNGLNLYSLYS(chain H and (resid 1 through 18 or (resid 19...HC1 - 2141 - 221
142GLNGLNLYSLYS(chain H and (resid 1 through 18 or (resid 19...HC1 - 2141 - 221
152GLNGLNLYSLYS(chain H and (resid 1 through 18 or (resid 19...HC1 - 2141 - 221
162GLNGLNLYSLYS(chain H and (resid 1 through 18 or (resid 19...HC1 - 2141 - 221
212GLNGLNLEULEU(chain M and (resid 1 through 4 or (resid 5...ME1 - 41 - 4
222ARGARGARGARG(chain M and (resid 1 through 4 or (resid 5...ME55
232GLNGLNLYSLYS(chain M and (resid 1 through 4 or (resid 5...ME1 - 2141 - 221
113ALAALASERSER(chain L and (resid 2 through 12 or (resid 13...LD2 - 122 - 11
123SERSERSERSER(chain L and (resid 2 through 12 or (resid 13...LD1312
133ALAALAPROPRO(chain L and (resid 2 through 12 or (resid 13...LD2 - 2092 - 212
143ALAALAPROPRO(chain L and (resid 2 through 12 or (resid 13...LD2 - 2092 - 212
153ALAALAPROPRO(chain L and (resid 2 through 12 or (resid 13...LD2 - 2092 - 212
213ALAALAASPASP(chain N and (resid 2 through 93 or (resid 94...NF2 - 932 - 94
223SERSERSERSER(chain N and (resid 2 through 93 or (resid 94...NF9495
233ALAALAPROPRO(chain N and (resid 2 through 93 or (resid 94...NF2 - 2092 - 212
243ALAALAPROPRO(chain N and (resid 2 through 93 or (resid 94...NF2 - 2092 - 212
253ALAALAPROPRO(chain N and (resid 2 through 93 or (resid 94...NF2 - 2092 - 212
263ALAALAPROPRO(chain N and (resid 2 through 93 or (resid 94...NF2 - 2092 - 212

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 26095.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 S-E6 Fab heavy chain


分子量: 23482.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 S-E6 Fab light chain


分子量: 22938.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 20% isopropanol, 20% PEG 4000, 0.1 M citrate pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.697→50 Å / Num. obs: 37826 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.883 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.752.60.5616470.720.380.6810.88782.8
2.75-2.82.90.50117660.8220.3230.60.88487.5
2.8-2.853.10.44618140.8370.2790.5290.8791.4
2.85-2.913.30.38919230.8720.2370.4580.90294.1
2.91-2.973.50.34418950.8950.2080.4040.91595.2
2.97-3.043.50.29719700.9170.1770.3470.90296.8
3.04-3.123.50.25419370.940.1540.2990.92296.9
3.12-3.23.40.20619650.9530.1260.2430.95896.9
3.2-3.33.70.17519650.9680.1030.2040.91197.5
3.3-3.43.70.1519460.970.0880.1750.94996.9
3.4-3.524.10.13119510.980.0730.1510.96896.8
3.52-3.6640.11419640.980.0640.1310.96596.4
3.66-3.833.90.09619210.9870.0550.1110.93795.2
3.83-4.033.70.08419210.9840.050.0980.92894.6
4.03-4.293.50.07318520.9890.0450.0860.92292
4.29-4.623.10.05918060.9890.0380.0710.82588.1
4.62-5.083.10.05718190.990.0370.0680.82689.1
5.08-5.813.80.05718770.9930.0330.0660.77192.2
5.81-7.323.90.05619250.9910.0320.0640.71193.5
7.32-503.50.04619620.9920.0280.0540.67892.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JMW

7jmw


解像度: 2.7→49.382 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 1791 5.06 %
Rwork0.2408 33627 -
obs0.2433 35418 87.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.63 Å2 / Biso mean: 47.9311 Å2 / Biso min: 16.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49.382 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8927 0 28 0 8955
Biso mean--104.21 --
残基数----1231
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1058X-RAY DIFFRACTION4.924TORSIONAL
12B1058X-RAY DIFFRACTION4.924TORSIONAL
21H1282X-RAY DIFFRACTION4.924TORSIONAL
22M1282X-RAY DIFFRACTION4.924TORSIONAL
31L1266X-RAY DIFFRACTION4.924TORSIONAL
32N1266X-RAY DIFFRACTION4.924TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.76990.4803810.383159454
2.7699-2.85140.408970.3299201668
2.8514-2.94350.33921280.3138237180
2.9435-3.04860.35281320.2995261488
3.0486-3.17070.32811390.3064273193
3.1707-3.3150.32591530.2765281296
3.315-3.48970.31811540.2638288597
3.4897-3.70830.29611570.2434283896
3.7083-3.99450.27571570.2286280695
3.9945-4.39620.26891600.1998271392
4.3962-5.03180.22961460.1879262288
5.0318-6.33750.26291490.2118277292
6.3375-49.3820.26951380.2175285392
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.0066 Å / Origin y: -19.3408 Å / Origin z: 32.3249 Å
111213212223313233
T0.2712 Å20.0244 Å2-0.0575 Å2-0.1927 Å2-0.0181 Å2--0.2381 Å2
L0.6936 °20.2067 °2-0.1887 °2-0.2327 °2-0.0869 °2--0.1374 °2
S0.0448 Å °-0.0221 Å °0.087 Å °0.0358 Å °-0.0034 Å °0.1029 Å °-0.0415 Å °-0.0591 Å °-0.0415 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA334 - 528
2X-RAY DIFFRACTION1allA1501
3X-RAY DIFFRACTION1allB334 - 526
4X-RAY DIFFRACTION1allB1501
5X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 214
6X-RAY DIFFRACTION1allL2 - 209
7X-RAY DIFFRACTION1allM1 - 214
8X-RAY DIFFRACTION1allN2 - 209

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る