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- PDB-7klh: SARS-CoV-2 RBD in complex with Fab 15033-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7klh
タイトルSARS-CoV-2 RBD in complex with Fab 15033-7
要素
  • Fab 15033-7 heavy chain
  • Fab 15033-7 light chain
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / SARS-CoV-2 / spike glycoprotein / Fab / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Li, Z. / Rini, J.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用
ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Tetravalent SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies Show Enhanced Potency and Resistance to Escape Mutations.
著者: Shane Miersch / Zhijie Li / Reza Saberianfar / Mart Ustav / James Brett Case / Levi Blazer / Chao Chen / Wei Ye / Alevtina Pavlenco / Maryna Gorelik / Julia Garcia Perez / Suryasree ...著者: Shane Miersch / Zhijie Li / Reza Saberianfar / Mart Ustav / James Brett Case / Levi Blazer / Chao Chen / Wei Ye / Alevtina Pavlenco / Maryna Gorelik / Julia Garcia Perez / Suryasree Subramania / Serena Singh / Lynda Ploder / Safder Ganaie / Rita E Chen / Daisy W Leung / Pier Paolo Pandolfi / Giuseppe Novelli / Giulia Matusali / Francesca Colavita / Maria R Capobianchi / Suresh Jain / J B Gupta / Gaya K Amarasinghe / Michael S Diamond / James Rini / Sachdev S Sidhu /
要旨: Neutralizing antibodies (nAbs) hold promise as therapeutics against COVID-19. Here, we describe protein engineering and modular design principles that have led to the development of synthetic ...Neutralizing antibodies (nAbs) hold promise as therapeutics against COVID-19. Here, we describe protein engineering and modular design principles that have led to the development of synthetic bivalent and tetravalent nAbs against SARS-CoV-2. The best nAb targets the host receptor binding site of the viral S-protein and tetravalent versions block entry with a potency exceeding bivalent nAbs by an order of magnitude. Structural studies show that both the bivalent and tetravalent nAbs can make multivalent interactions with a single S-protein trimer, consistent with the avidity and potency of these molecules. Significantly, we show that the tetravalent nAbs show increased tolerance to potential virus escape mutants and an emerging variant of concern. Bivalent and tetravalent nAbs can be produced at large-scale and are as stable and specific as approved antibody drugs. Our results provide a general framework for enhancing antiviral therapies against COVID-19 and related viral threats, and our strategy can be applied to virtually any antibody drug.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020
タイトル: Tetravalent SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies Show Enhanced Potency and Resistance to Escape Mutations.
著者: Shane Miersch / Zhijie Li / Reza Saberianfar / Mart Ustav / James Brett Case / Levi Blazer / Chao Chen / Wei Ye / Alevtina Pavlenco / Maryna Gorelik / Julia Garcia Perez / Suryasree ...著者: Shane Miersch / Zhijie Li / Reza Saberianfar / Mart Ustav / James Brett Case / Levi Blazer / Chao Chen / Wei Ye / Alevtina Pavlenco / Maryna Gorelik / Julia Garcia Perez / Suryasree Subramania / Serena Singh / Lynda Ploder / Safder Ganaie / Rita E Chen / Daisy W Leung / Pier Paolo Pandolfi / Giuseppe Novelli / Giulia Matusali / Francesca Colavita / Maria R Capobianchi / Suresh Jain / J B Gupta / Gaya K Amarasinghe / Michael S Diamond / James Rini / Sachdev S Sidhu
要旨: Neutralizing antibodies (nAbs) hold promise as effective therapeutics against COVID-19. Here, we describe protein engineering and modular design principles that have led to the development of ...Neutralizing antibodies (nAbs) hold promise as effective therapeutics against COVID-19. Here, we describe protein engineering and modular design principles that have led to the development of synthetic bivalent and tetravalent nAbs against SARS-CoV-2. The best nAb targets the host receptor binding site of the viral S-protein and its tetravalent versions can block entry with a potency that exceeds the bivalent nAbs by an order of magnitude. Structural studies show that both the bivalent and tetravalent nAbs can make multivalent interactions with a single S-protein trimer, observations consistent with the avidity and potency of these molecules. Significantly, we show that the tetravalent nAbs show much increased tolerance to potential virus escape mutants. Bivalent and tetravalent nAbs can be produced at large-scale and are as stable and specific as approved antibody drugs. Our results provide a general framework for developing potent antiviral therapies against COVID-19 and related viral threats, and our strategy can be readily applied to any antibody drug currently in development.
履歴
登録2020年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_ISSN / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._citation.journal_id_ISSN / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab 15033-7 heavy chain
L: Fab 15033-7 light chain
I: Fab 15033-7 heavy chain
M: Fab 15033-7 light chain
B: Spike glycoprotein
A: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,4668
ポリマ－139,0236
非ポリマー4422
水00
1
H: Fab 15033-7 heavy chain
L: Fab 15033-7 light chain
A: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7334
ポリマ－69,5123
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area28970 Å2
手法PISA
2
I: Fab 15033-7 heavy chain
M: Fab 15033-7 light chain
B: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7334
ポリマ－69,5123
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area28510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.270, 197.270, 211.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 333 through 527 or resid 2001))
21chain B
12chain H
22chain I
13chain L
23chain M

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRPROPRO(chain A and (resid 333 through 527 or resid 2001))AF333 - 5276 - 200
121NAGNAGNAGNAG(chain A and (resid 333 through 527 or resid 2001))AH2001
211THRTHRNAGNAGchain BBE - G333 - 20016
112GLUGLUCYSCYSchain HHA1 - 2311 - 223
212GLUGLUCYSCYSchain IIC1 - 2311 - 223
113ASPASPCYSCYSchain LLB1 - 2341 - 214
213ASPASPCYSCYSchain MMD1 - 2341 - 214

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 Fab 15033-7 heavy chain


分子量: 23513.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IgH / プラスミド: PBcmvW / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293F
#2: 抗体 Fab 15033-7 light chain


分子量: 23366.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGK / プラスミド: PBcmvW / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293F
#3: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 22631.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / プラスミド: PBtreW / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293F GnT1-minus / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.4 M (NH4)2SO4 16% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.5215 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5215 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→49.318 Å / Num. obs: 55200 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.062 % / Biso Wilson estimate: 87.749 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 0.759 / Net I/σ(I): 11.18 / Num. measured all: 721045 / Scaling rejects: 92
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.88-2.9913.2874.6220.5576771577857780.184.811100
2.99-3.1212.9852.7490.9575467581658120.4012.86499.9
3.12-3.2513.0391.6241.6764218492749250.7021.691100
3.25-3.413.4730.9852.8365019482748260.8741.024100
3.4-3.5713.310.6164.4559856449844970.9480.641100
3.57-3.7412.8880.3796.7247945372037200.9810.395100
3.74-3.9413.1570.288.9247853364036370.9890.29199.9
3.94-4.1613.1680.18312.6842533323032300.9950.19100
4.16-4.4113.40.13416.339302293429330.9980.14100
4.41-4.6912.7590.09621.0533364261626150.9980.1100
4.69-513.320.08722.9629731223322320.9990.091100
5-49.31812.6410.05828.5513898611027109950.9990.0699.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.16rc1_3535精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6w41

6w41


解像度: 3→49.318 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 2440 5 %
Rwork0.2561 46344 -
obs0.2574 48784 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 204.14 Å2 / Biso mean: 103.0177 Å2 / Biso min: 62.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.318 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9677 0 28 0 9705
Biso mean--120.94 --
残基数----1269
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A0X-RAY DIFFRACTION4.708TORSIONAL
12B0X-RAY DIFFRACTION4.708TORSIONAL
21H1342X-RAY DIFFRACTION4.708TORSIONAL
22I1342X-RAY DIFFRACTION4.708TORSIONAL
31L1294X-RAY DIFFRACTION4.708TORSIONAL
32M1294X-RAY DIFFRACTION4.708TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3-3.06130.43461410.41552673100
3.0613-3.12780.43651410.41112690100
3.1278-3.20060.40691410.4052677100
3.2006-3.28060.41161420.37662699100
3.2806-3.36930.3471410.3512670100
3.3693-3.46840.33591420.3332701100
3.4684-3.58030.38381430.3122711100
3.5803-3.70820.3011420.29062702100
3.7082-3.85660.3321430.28042703100
3.8566-4.03210.31271420.26572697100
4.0321-4.24460.26331430.24422722100
4.2446-4.51030.24551450.21462735100
4.5103-4.85830.21051430.20422727100
4.8583-5.34670.24921460.20992753100
5.3467-6.11910.27891460.2222772100
6.1191-7.70470.24711480.23992817100
7.7047-49.3180.24911510.2224289597
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 49.2961 Å / Origin y: 28.5191 Å / Origin z: 26.7251 Å
111213212223313233
T0.6754 Å2-0.064 Å2-0.0463 Å2-0.8831 Å20.0144 Å2--0.6867 Å2
L0.6425 °20.7789 °20.0419 °2-0.9932 °20.1742 °2--0.1264 °2
S-0.2731 Å °0.229 Å °0.0202 Å °-0.1079 Å °0.3411 Å °-0.1379 Å °-0.0226 Å °0.0795 Å °-0.0722 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 231
2X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 234
3X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 231
4X-RAY DIFFRACTION1allM1 - 234
5X-RAY DIFFRACTION1allB333 - 2001
6X-RAY DIFFRACTION1allA329 - 528
7X-RAY DIFFRACTION1allA2001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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