PDB-2ge3: Crystal structure of Probable acetyltransferase from Agrobacteriu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ge3

タイトル

Crystal structure of Probable acetyltransferase from Agrobacterium tumefaciens

要素

probable acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / acetyltransferase / Agrobacterium tumefaciens / Structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Chang, C. / Xu, X. / Gu, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Probable acetyltransferase from Agrobacterium tumefaciens
著者: Chang, C. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ge3.cif.gz	153.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ge3.ent.gz	122.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ge3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/2ge3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/2ge3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1s7n-2 5zj4-5 6m7g-3 4j3g-1 2bgt-d 4os0-3 2r7h-d 5jtf-d 1yr0-1 4jwp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6036

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: probable acetyltransferase

B: probable acetyltransferase

C: probable acetyltransferase

D: probable acetyltransferase

ヘテロ分子

79.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: probable acetyltransferase

B: probable acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: probable acetyltransferase

D: probable acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.906, 90.796, 103.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	probable acetyltransferase 分子量: 19330.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8UD38, UniProt: A9CI25*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0M Sodium/Potassium Phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月4日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 36530 / Num. obs: 36493 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 35.94
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 3.04 / Num. unique all: 3609 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 13.066 / SU ML: 0.182 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26079	1814	5 %	RANDOM
R_work	0.18978	-	-	-
all	0.19353	34493	-	-
obs	0.19353	34493	99.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.711 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5147	0	153	375	5675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.021	5410
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.299	1.974	7326
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.337	5	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.148	21.667	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.329	15	872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.429	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	793
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4121
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.256	0.2	2539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	3586
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.244	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.238	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.253	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.612	1.5	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.181	2	5174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.821	3	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.458	4.5	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	126	-
R_work	0.224	2418	-
obs	-	-	95.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0886	0.4834	0.0811	2.6372	0.4451	1.6625	0.0715	0.0504	0.0743	-0.0094	-0.2013	0.3503	0.1474	-0.2464	0.1298	0.0018	-0.0347	0.0067	-0.0035	-0.0118	-0.1061	31.143	42.687	7.656
2	0.3646	-0.4588	0.043	1.7662	1.1473	1.219	0.1261	-0.0429	-0.0469	0.1024	-0.016	0.0819	0.2046	0.1091	-0.1101	0.0866	-0.0017	0.0076	-0.0269	0.0082	-0.0949	41.617	43.505	21.172
3	1.3725	-0.6117	-1.0158	3.5095	0.0485	1.3081	0.0622	0.0397	-0.0179	-0.0544	-0.0267	0.4111	-0.0699	-0.2353	-0.0354	-0.0311	0.0351	0.0408	-0.0727	0.0369	-0.0991	22.76	60.318	35.938
4	1.365	-0.7129	-0.6624	1.2069	0.8925	0.6793	0.0522	-0.0535	0.1383	-0.0082	0.0512	-0.0885	-0.1281	0.2101	-0.1034	0.0831	-0.0166	0.0194	-0.0842	0.0028	-0.0648	38.875	58.834	31.179
5	1.512	0.2876	0.7631	1.7758	-1.3422	2.2803	0.1785	-0.0528	-0.2413	-0.0792	0.1779	0.1156	0.3091	0.0642	-0.3564	0.0623	-0.0047	-0.0992	-0.0913	0.0079	-0.141	12.445	83.075	10.059
6	1.3835	0.6842	1.1674	3.3276	0.5888	0.985	0.2198	-0.3828	-0.0939	0.2306	-0.065	-0.046	0.1079	0.2244	-0.1548	0.0299	-0.0335	-0.0638	0.0615	0.0091	-0.1336	24.467	88.594	20.516
7	3.3616	-1.7591	-0.5994	3.617	-1.4532	2.0872	0.3793	-0.18	0.3799	0.1044	0.0417	0.5801	-0.2747	0.0138	-0.421	-0.0402	-0.1322	0.2384	0.0101	-0.2075	0.0956	8.332	112.477	26.055
8	2.2462	-0.16	0.4158	3.6489	2.438	1.7509	0.0669	-0.3122	0.5139	-0.4347	0.06	0.1918	-0.6259	0.4754	-0.1269	0.0118	-0.1413	0.0435	0.0235	-0.145	-0.0368	24.069	107.066	21.975

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 120	6 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	121 - 169	121 - 169
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	7 - 120	7 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	121 - 169	121 - 169
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	6 - 120	6 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	121 - 169	121 - 169
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	7 - 120	7 - 120
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	121 - 169	121 - 169

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