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- PDB-7kkf: Crystal Structure of S. cerevisiae Ess1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kkf
タイトルCrystal Structure of S. cerevisiae Ess1
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ESS1
キーワードISOMERASE / Ess1 / prolyl isomerase / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type, conserved site / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Namitz, K.E.W. / Alicea-Velazquez, N.L. / Cosgrove, M.S. / Hanes, S.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123985 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1750462 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-CA140522 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structure analysis suggests Ess1 isomerizes the carboxy-terminal domain of RNA polymerase II via a bivalent anchoring mechanism.
著者: Namitz, K.E.W. / Zheng, T. / Canning, A.J. / Alicea-Velazquez, N.L. / Castaneda, C.A. / Cosgrove, M.S. / Hanes, S.D.
履歴
登録2020年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ESS1
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ESS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7432
ポリマ－38,7432
非ポリマー00
水50428
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ESS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3721
ポリマ－19,3721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ESS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3721
ポリマ－19,3721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.098, 57.366, 69.334
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ESS1 / SX2_G0029750.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0030090.mRNA.1.CDS.1


分子量: 19371.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3553, PACBIOSEQ_LOCUS3670, PACBIOSEQ_LOCUS3692
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L0ZJ56, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris, pH 7.7 and 21% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.392→50 Å / Num. obs: 16821 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 49.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 2.601 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.4970.71216940.8940.2860.7681.616100
2.49-2.597.10.59816400.9340.2390.6451.661100
2.59-2.770.45616710.9610.1830.4921.7699.9
2.7-2.8570.3116810.9770.1240.3341.83199.8
2.85-3.0270.20716640.9890.0830.2232.02299.9
3.02-3.267.20.13116850.9930.0520.1412.35499.9
3.26-3.587.20.09516710.9940.0380.1032.91499.9
3.58-4.170.07716980.9960.0310.0833.487100
4.1-5.176.90.0716960.9960.0280.0754.02100
5.17-506.60.0717210.9960.030.0764.40498.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YW5

1yw5


解像度: 2.4→29.21 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3065 823 4.92 %
Rwork0.2693 15918 -
obs0.2712 16741 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.14 Å2 / Biso mean: 56.7417 Å2 / Biso min: 33.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→29.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2344 0 0 28 2372
Biso mean---52.11 -
残基数----293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0063187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2111449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005418
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.550.40011310.34642496262794
2.55-2.750.42451370.35662661279899
2.75-3.020.41421330.36692645277899
3.02-3.460.32851340.284426852819100
3.46-4.360.27481400.241826842824100
4.36-29.210.26571480.233627472895100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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