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- PDB-7kjn: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MDMX IN COMPLEX WITH D-PEPTIDE INHIBIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kjn
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MDMX IN COMPLEX WITH D-PEPTIDE INHIBITOR (DPMI-OMEGA)
要素
  • D-PMI-omega
  • Protein Mdm4
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / MDMX / MDM2-LIKE P53 BINDING PROTEIN / P53-BINDING PROTEIN MDM4 / D-PEPTIDE ACTIVATOR OF MDMX / MDMX-D-PEPTIDE COMPLEX / HOST-VIRUS INTERACTION / LIGASE (リガーゼ) / METAL-BINDING / NUCLEUS (細胞核) / PHOSPHOPROTEIN / PROTO-ONCOGENE (がん遺伝子) / UBL CONJUGATION PATHWAY / ZINC-FINGER (ジンクフィンガー) / LIGASE-LIGASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription repressor complex / Stabilization of p53 / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of protein catabolic process ...atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / transcription repressor complex / Stabilization of p53 / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Methylation / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of TP53 Degradation / cellular response to hypoxia / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
MDM4 / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily ...MDM4 / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Protein Mdm4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI116274 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI120756 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI129769 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MDMX IN COMPLEX WITH D-PEPTIDE INHIBITOR (DPMI-OMEGA)
著者: Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Mdm4
B: D-PMI-omega
C: D-PMI-omega


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9643
ポリマ－12,9643
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area6430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.849, 48.849, 90.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Protein Mdm4 / Double minute 4 protein / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / p53-binding protein Mdm4


分子量: 9575.293 Da / 分子数: 1 / 変異: Q68A, Q69A, E70A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15151
#2: Polypeptide(D) D-PMI-omega


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1694.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002455
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4M sodium chloride, 5% isopropanol, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 3311 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 158 / CC1/2: 0.729 / Rpim(I) all: 0.516 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIX1.17精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UML

5uml


解像度: 2.8→42.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 40.007 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.378 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24366 184 5.6 %RANDOM
Rwork0.20769 ---
obs0.2097 3108 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.18 Å21.09 Å20 Å2
2--2.18 Å2-0 Å2
3----7.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→42.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数910 0 0 0 910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.014927
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0260.018884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8971.7981243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.1051.7682053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0485102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.07222.90331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.74915127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.585153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.030.021020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1724.904429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1714.904429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0227.328524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0197.331525
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6375.33498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6345.333499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8947.875719
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.58792.9953430
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.58692.9823431
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.802→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 16 -
Rwork0.358 222 -
obs--93.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91730.97950.39591.09220.21511.2242-0.0229-0.01630.04820.0122-0.02280.03430.0427-0.08320.04570.03480.02070.00060.0682-0.01330.040425.307-15.2831.106
21.11910.23130.5295.009-3.95713.59370.0622-0.1148-0.0663-0.1093-0.1312-0.1770.16280.04280.0690.07480.0363-0.00780.0723-0.02880.046628.303-21.778-11.435
35.34310.92885.78452.72531.80456.7798-0.36890.45060.3758-0.28820.0078-0.1049-0.41830.40120.36110.0614-0.048-0.0010.07130.0230.04532.216-6.306-9.288
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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