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- PDB-7kj6: Structure of Legionella Effector LegA15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kj6
タイトルStructure of Legionella Effector LegA15
要素Ankyrin repeat-containing protein
キーワードCELL INVASION / Bacterial effector
機能・相同性: / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ankyrin repeat-containing protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cygler, M. / Chung, I.Y.W.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Legionella effector LegA15/AnkH contains an unrecognized cysteine protease-like domain and displays structural similarity to LegA3/AnkD, but differs in host cell localization.
著者: Chung, I.Y.W. / Li, L. / Cygler, M.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ankyrin repeat-containing protein
B: Ankyrin repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,25311
ポリマ－105,4072
非ポリマー8469
水4,576254
1
A: Ankyrin repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1956
ポリマ－52,7031
非ポリマー4925
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ankyrin repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0575
ポリマ－52,7031
非ポリマー3544
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.160, 75.050, 108.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.462, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLEULEU(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA19 - 2421 - 26
12LEULEULYSLYS(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA27 - 2829 - 30
13ASNASNSERSER(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA31 - 3333 - 35
14GLUGLULYSLYS(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA36 - 4538 - 47
15SERSERLEULEU(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA48 - 5450 - 56
16LYSLYSLYSLYS(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA5658
17ASPASPASNASN(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA60 - 6162 - 63
18PHEPHEGLUGLU(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA64 - 7066 - 72
19SERSERALAALA(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA73 - 11675 - 118
110LYSLYSVALVAL(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA119 - 142121 - 144
111ILEILEGLNGLN(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA145 - 199147 - 201
112THRTHRARGARG(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA202 - 241204 - 243
113PROPROHISHIS(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA243 - 268245 - 270
114GLYGLYTHRTHR(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA271 - 289273 - 291
115GLYGLYASNASN(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA292 - 319294 - 321
116THRTHRGLUGLU(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA322 - 333324 - 335
117SERSERSERSER(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA336 - 391338 - 393
118ASPASPLYSLYS(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA394 - 405396 - 407
119ARGARGSERSER(chain 'A' and (resid 19 or (resid 20 and (name...AA408 - 460410 - 462
21LYSLYSLEULEU(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB19 - 2421 - 26
22LEULEULYSLYS(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB27 - 2829 - 30
23ASNASNSERSER(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB31 - 3333 - 35
24GLUGLULYSLYS(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB36 - 4538 - 47
25SERSERLEULEU(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB48 - 5450 - 56
26LYSLYSLYSLYS(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB5860
27ASPASPASNASN(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB60 - 6162 - 63
28PHEPHEGLUGLU(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB64 - 7066 - 72
29SERSERALAALA(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB73 - 11675 - 118
210LYSLYSVALVAL(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB119 - 142121 - 144
211ILEILEGLNGLN(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB145 - 199147 - 201
212THRTHRARGARG(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB202 - 241204 - 243
213PROPROHISHIS(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB243 - 268245 - 270
214GLYGLYTHRTHR(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB271 - 289273 - 291
215GLYGLYASNASN(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB292 - 319294 - 321
216THRTHRGLUGLU(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB322 - 333324 - 335
217SERSERSERSER(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB336 - 391338 - 393
218ASPASPLYSLYS(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB394 - 405396 - 407
219ARGARGSERSER(chain 'B' and (resid 19 through 25 or resid 27...BB408 - 460410 - 462

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要素

#1: タンパク質 Ankyrin repeat-containing protein


分子量: 52703.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: legA15, lpg2456 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZSR1
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 20% Glycerol, 2% acetonitrile and 22% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.94 Å / Num. obs: 67586 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 39.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 11.02
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.454 / Num. unique obs: 4999

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→47.94 Å / SU ML: 0.2908 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.9522
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 1741 5 %
Rwork0.1935 33083 -
obs0.1957 34824 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6790 0 53 254 7097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00477019
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74529440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04221023
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1323953
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.570.29481450.2482752X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.660.28721450.22882742X-RAY DIFFRACTION99.97
2.66-2.750.28851430.23542736X-RAY DIFFRACTION99.93
2.75-2.860.26551440.22522731X-RAY DIFFRACTION99.93
2.86-2.990.29771450.23582756X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.150.25351450.22232741X-RAY DIFFRACTION99.93
3.15-3.350.25981440.2062737X-RAY DIFFRACTION99.93
3.35-3.610.24351440.19992744X-RAY DIFFRACTION99.93
3.61-3.970.26861460.18652780X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.540.19841450.16882748X-RAY DIFFRACTION99.9
4.54-5.720.21791470.16982787X-RAY DIFFRACTION99.83
5.72-47.940.1751480.16382829X-RAY DIFFRACTION99.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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