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- PDB-7kij: Muscovy duck circovirus Rep domain complexed with a single-strand... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kij
タイトルMuscovy duck circovirus Rep domain complexed with a single-stranded DNA 10-mer comprising the cleavage site
要素
  • ATP-dependent helicase Rep
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*C)-3')
キーワードREPLICATION/DNA / HUH-tag / HUH motif / Rep domain / viral protein / single stranded DNA / ssDNA / ssDNA binding / REPLICATION / DNA BINDING PROTEIN / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / endonuclease activity / DNA replication / RNA helicase activity / hydrolase activity / host cell nucleus / DNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Putative viral replication protein / : / CRESS-DNA virus replication initiator protein (Rep) endonuclease domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / Replication-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Muscovy duck circovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Tompkins, K.J. / Gordon, W.R. / Shi, K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM119483 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Watson-Crick Base-Pairing Requirements for ssDNA Recognition and Processing in Replication-Initiating HUH Endonucleases.
著者: Smiley, A.T. / Tompkins, K.J. / Pawlak, M.R. / Krueger, A.J. / Evans 3rd, R.L. / Shi, K. / Aihara, H. / Gordon, W.R.
履歴
登録2020年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: ATP-dependent helicase Rep
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*C)-3')
A: ATP-dependent helicase Rep
B: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,29110
ポリマ－30,7594
非ポリマー5316
水5,062281
1
C: ATP-dependent helicase Rep
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7606
ポリマ－15,3802
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area6450 Å2
手法PISA
2
A: ATP-dependent helicase Rep
B: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5314
ポリマ－15,3802
非ポリマー1512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area6110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.986, 102.986, 138.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-513-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 CADB

#1: タンパク質 ATP-dependent helicase Rep / RepP / Replication-associated protein


分子量: 12385.729 Da / 分子数: 2 / 変異: Y91F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Muscovy duck circovirus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D2JZX8
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量: 2993.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Muscovy duck circovirus (ウイルス)

-
非ポリマー , 4種, 287分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, 2.2M ammonium sulfate, 20% glycerol added to drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→54.65 Å / Num. obs: 48935 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 28.27 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03628 / Rpim(I) all: 0.01275 / Rrim(I) all: 0.03856 / Net I/σ(I): 32.89
反射 シェル解像度: 1.69→1.751 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8253 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique obs: 4791 / CC1/2: 0.784 / CC star: 0.938 / Rpim(I) all: 0.2922 / Rrim(I) all: 0.8776 / % possible all: 99.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WDZ

6wdz


解像度: 1.69→54.65 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1946 2401 4.91 %
Rwork0.1706 46523 -
obs0.1718 48924 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.21 Å2 / Biso mean: 34.3287 Å2 / Biso min: 20.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.69→54.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1570 380 21 281 2252
Biso mean--61.27 46.66 -
残基数----218
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.69-1.720.40221410.334626772818100
1.72-1.760.31051550.297826492804100
1.76-1.80.26951450.254426912836100
1.8-1.850.24331330.228327012834100
1.85-1.90.22531530.206326822835100
1.9-1.950.21581170.183827132830100
1.95-2.020.22761470.165327042851100
2.02-2.090.19031260.15527122838100
2.09-2.170.18511470.151127012848100
2.17-2.270.18851240.146427412865100
2.27-2.390.1841320.156927412873100
2.39-2.540.19411260.162127352861100
2.54-2.740.20441420.172627472889100
2.74-3.010.18541530.17227652918100
3.01-3.450.19511460.166727862932100
3.45-4.340.15611580.143927992957100
4.35-54.650.19711560.18042979313599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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